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- PDB-4ggq: Crystal structure of a SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ggq
タイトルCrystal structure of a SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Burkholderia pseudomallei complexed with CJ40
要素Ubiquitin-like protein SMT3, Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードIsomerase / protein binding / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / protein tag activity / protein folding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) ...Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-861 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ubiquitin-like protein SMT3 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2014
タイトル: A structural biology approach enables the development of antimicrobials targeting bacterial immunophilins.
著者: Begley, D.W. / Fox, D. / Jenner, D. / Juli, C. / Pierce, P.G. / Abendroth, J. / Muruthi, M. / Safford, K. / Anderson, V. / Atkins, K. / Barnes, S.R. / Moen, S.O. / Raymond, A.C. / Stacy, R. / ...著者: Begley, D.W. / Fox, D. / Jenner, D. / Juli, C. / Pierce, P.G. / Abendroth, J. / Muruthi, M. / Safford, K. / Anderson, V. / Atkins, K. / Barnes, S.R. / Moen, S.O. / Raymond, A.C. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Harmer, N.J. / Norville, I.H. / Holzgrabe, U. / Sarkar-Tyson, M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D.
履歴
登録2012年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Ubiquitin-like protein SMT3, Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
A: Ubiquitin-like protein SMT3, Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Ubiquitin-like protein SMT3, Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
D: Ubiquitin-like protein SMT3, Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,16011
ポリマ－92,0074
非ポリマー2,1537
水7,638424
1
C: Ubiquitin-like protein SMT3, Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5343
ポリマ－23,0021
非ポリマー5322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Ubiquitin-like protein SMT3, Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6404
ポリマ－23,0021
非ポリマー6383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Ubiquitin-like protein SMT3, Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4932
ポリマ－23,0021
非ポリマー4921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ubiquitin-like protein SMT3, Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4932
ポリマ－23,0021
非ポリマー4921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.440, 76.150, 76.350
Angle α, β, γ (deg.)95.070, 90.130, 92.650
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Ubiquitin-like protein SMT3, Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 23001.830 Da / 分子数: 4 / 断片: Q12306 residues 13-98, Q3JK38 residues 2-113 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b, S288c / 遺伝子: BURPS1710b_A0907, SMT3, YDR510W, D9719.15 / プラスミド: pET28-HisSMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q12306, UniProt: Q3JK38, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-861 / 3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)propyl (2S)-1-(benzylsulfonyl)piperidine-2-carboxylate


分子量: 491.597 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H33NO7S
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Internal tracking number 235051a1. Puck IBH5-4, Morpheus well A1. 10% PEG 20,000, 20% PEG MME550, 0.03M Divalent Catios (MgCl2, CaCl2), 0.1M MES/Imidazole pH 6.5, Direct Cryo. BupsA.00130.a. ...詳細: Internal tracking number 235051a1. Puck IBH5-4, Morpheus well A1. 10% PEG 20,000, 20% PEG MME550, 0.03M Divalent Catios (MgCl2, CaCl2), 0.1M MES/Imidazole pH 6.5, Direct Cryo. BupsA.00130.a.D21, 20.00 mg/ml, CJ40 (EBSI2855), vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976484 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月29日
放射モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976484 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→38.02 Å / Num. all: 56274 / Num. obs: 54575 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 34.152 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 12.61
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.95-20.5071.994773990195.8
2-2.060.3882.494163925196.2
2.06-2.120.312390413770196.2
2.12-2.180.2653.588673697196
2.18-2.250.2324.186183587196.7
2.25-2.330.1984.883943498196.8
2.33-2.420.1645.979973329196.9
2.42-2.520.1257.277743228197
2.52-2.630.1068.575993157197.3
2.63-2.760.091069832913197.4
2.76-2.910.06813.168912881197.5
2.91-3.080.0517.163572660197.2
3.08-3.30.03821.660422541198.2
3.3-3.560.0326.555482353197.9
3.56-3.90.02529.851092161197.3
3.9-4.360.0223545641950197.5
4.36-5.030.01937.438711716197.1
5.03-6.170.0234.933951453198.5
6.17-8.720.01935.927091156198.6
8.72-38.020.01544.51415610198.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å38.02 Å
Translation2.5 Å38.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
BOSデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→38.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.649 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 2786 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.189 56274 --
obs0.189 54575 96.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.607 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20.16 Å20.03 Å2
2---0.12 Å2-0.12 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5398 0 145 424 5967
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0195672
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.023687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.9897698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.24139003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3985744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.94124.505222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.43415830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.8681527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021144
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 177 -
Rwork0.278 3795 -
all-3972 -
obs--95.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5191-0.5304-0.09582.6116-0.37054.09560.00460.10860.1247-0.1459-0.0366-0.0222-0.02670.06520.0320.027-0.01160.00810.06340.00440.009-44.4006-27.6052-69.7345
21.4257-0.6013-0.44871.50420.2591.84410.0640.01710.0799-0.0987-0.0336-0.0236-0.1566-0.0286-0.03040.03610.0031-0.00020.06090.02110.0465-23.0383-16.9595-52.2166
36.21721.41810.1024.5835-0.35333.5688-0.06890.5399-0.6767-0.338-0.07020.4730.1737-0.19160.13910.2445-0.0084-0.11420.1589-0.17510.2786-25.6177-68.678-68.047
41.3520.23410.17211.9681-0.13111.94050.00740.09650.03120.02790.01540.05680.08340.0327-0.02280.0677-0.00490.02120.0078-0.00240.0684-47.1702-54.5569-52.6371
53.08430.4466-0.17182.6183-0.24053.33950.0063-0.1434-0.13090.0882-0.0378-0.0385-0.02820.09810.03150.04560.0163-0.01960.07320.010.016-27.0636-28.1061-14.0734
61.27220.35710.12231.3642-0.02081.5482-0.0090.0066-0.06260.0475-0.0328-0.00040.17880.020.04180.05450.00590.00380.0580.01330.0422-5.7289-38.5274-31.4224
75.7863-0.9386-2.17027.46891.85043.8107-0.0987-0.01240.13360.6427-0.16930.1895-0.0684-0.14240.2680.2564-0.00190.06790.0296-0.02490.0734-3.3506-63.151-13.8125
81.0309-0.2718-0.38312.35150.14932.27110.0812-0.04670.02650.0653-0.0364-0.0012-0.1288-0.0138-0.04480.058-0.00420.00390.00420.00560.0723-26.1675-77.1176-30.8799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-77 - -6
2X-RAY DIFFRACTION2A-5 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3B-76 - -5
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 113
5X-RAY DIFFRACTION5C-77 - -6
6X-RAY DIFFRACTION6C-5 - 113
7X-RAY DIFFRACTION7D-76 - -7
8X-RAY DIFFRACTION8D-6 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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