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Yorodumi- PDB-7sue: Crystal Structure of Human Fab S24-188 in the complex with the N-... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7sue | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Human Fab S24-188 in the complex with the N-teminal Domain of Nucleocapsid protein from SARS CoV-2 | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / SARS Coronavirus 2 / Nucleocapsid protein / Human antibody Fab / COVID-19 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
| Function / homology | Function and homology information: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / poly(U) RNA binding / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / poly(U) RNA binding / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / MHC class I protein complex / RNA stem-loop binding / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / viral nucleocapsid / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / host cell Golgi apparatus / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Dugan, H. / Stamper, C. / Wilson, P. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Iscience / Year: 2024Title: Epitopes recognition of SARS-CoV-2 nucleocapsid RNA binding domain by human monoclonal antibodies. Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Endres, M. / Ma, H. / Dugan, H.L. / Stamper, C.T. / Chang, C. / Li, L. / Changrob, S. / Zheng, N.Y. / Huang, M. / Ramanathan, A. / ...Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Endres, M. / Ma, H. / Dugan, H.L. / Stamper, C.T. / Chang, C. / Li, L. / Changrob, S. / Zheng, N.Y. / Huang, M. / Ramanathan, A. / Wilson, P. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7sue.cif.gz | 793.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7sue.ent.gz | 589.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7sue.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7sue_validation.pdf.gz | 518.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7sue_full_validation.pdf.gz | 538.1 KB | Display | |
| Data in XML | 7sue_validation.xml.gz | 58.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 7sue_validation.cif.gz | 80 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/7sue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/7sue | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6vyoC ![]() 6wkpC ![]() 7n3cC ![]() 7n3dC ![]() 7strC ![]() 7stsC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Antibody | Mass: 22900.201 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human)#2: Antibody | Mass: 24632.709 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human)#3: Protein | Mass: 14303.961 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: N-terminal RNA binding domain, residues 47-173 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.88 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 0.1 M Sodium Citrate pH 5.6, 20 % (w/v) PEG 4000, 20 % (v/v) 2-propanol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97911 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 3, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97911 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.9→39.2 Å / Num. obs: 55485 / % possible obs: 91.6 % / Redundancy: 3.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 8.6 |
| Reflection shell | Resolution: 2.9→2.95 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 1.428 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2773 / CC1/2: 0.481 / % possible all: 92.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: swiss model Resolution: 2.9→39.2 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 3.95 / Phase error: 35.28 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 119.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→39.2 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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