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万見
- PDB-7mww: Structure of hepatitis C virus envelope full-length glycoprotein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mww
タイトルStructure of hepatitis C virus envelope full-length glycoprotein 2 (eE2) from J6 genotype
要素
  • 2A12 Fab Heavy chain
  • 2A12 Fab light chain
  • Core protein precursor eE2
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Glycoprotein / Viral protein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization ...host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal ...: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepacivirus C (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Kumar, A. / Hossain, R.A. / Yost, S.A. / Bu, W. / Wang, Y. / Dearborn, A.D. / Grakoui, A. / Cohen, J.I. / Marcotrigiano, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural insights into hepatitis C virus receptor binding and entry.
著者: Kumar, A. / Hossain, R.A. / Yost, S.A. / Bu, W. / Wang, Y. / Dearborn, A.D. / Grakoui, A. / Cohen, J.I. / Marcotrigiano, J.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Core protein precursor eE2
H: 2A12 Fab Heavy chain
L: 2A12 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9857
ポリマ－80,5323
非ポリマー1,4534
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area29410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)95.840, 155.561, 129.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 2A12 Fab Heavy chain


分子量: 23462.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 2A12 Fab light chain


分子量: 26553.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 103分子 E

#1: タンパク質 Core protein precursor eE2 / Envelope glycoprotein E1 / Envelope glycoprotein E2 / Genome polyprotein / Gp32 / Hepacivirin / ...Envelope glycoprotein E1 / Envelope glycoprotein E2 / Genome polyprotein / Gp32 / Hepacivirin / Mature core protein / NS1 / NS3 helicase / NS3 protease / NS3P / NS5B / Non-structural protein 4A / Non-structural protein 4B / Non-structural protein 5A / Protease NS2 / RNA-directed RNA polymerase / Serine protease/helicase NS3 / Viroporin p7 / Viroporin p70 / gp35 / gp68 / gp70 / p21 / p23 / p27 / p56/58 / p68 / p8


分子量: 30515.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: J6 genotype / 由来: (組換発現) Hepacivirus C (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T GnTI- cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): Liver
参照: UniProt: A0A2I6PIY1, RNA-directed RNA polymerase, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 3種, 4分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 4% v/v tacsimate pH 5.0, 14% w/v PEG3350, and 4% D-(+)-trehalose dihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→33.34 Å / Num. obs: 49955 / % possible obs: 99.01 % / 冗長度: 1.98 % / Biso Wilson estimate: 35.82 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.71→2.807 Å / Num. unique obs: 2583 / CC1/2: 0.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Coot0.8.9.2 ELモデル構築
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WEB

4web


解像度: 2.71→33.334 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.26 / 位相誤差: 26.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 2458 4.92 %
Rwork0.218 --
obs0.2205 49955 98.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→33.334 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4605 0 95 102 4802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8476660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.3662819
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007838
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.71-2.76210.34871450.30992575X-RAY DIFFRACTION96
2.7621-2.81850.3851310.31742602X-RAY DIFFRACTION97
2.8185-2.87970.37541720.30272579X-RAY DIFFRACTION98
2.8797-2.94670.40421500.29592611X-RAY DIFFRACTION97
2.9467-3.02030.29721320.27842612X-RAY DIFFRACTION98
3.0203-3.10190.3091240.27292655X-RAY DIFFRACTION98
3.1019-3.19310.32721630.27072611X-RAY DIFFRACTION99
3.1931-3.29610.34521350.24832657X-RAY DIFFRACTION99
3.2961-3.41380.29881610.24672610X-RAY DIFFRACTION99
3.4138-3.55030.2851470.22372654X-RAY DIFFRACTION99
3.5503-3.71170.27021120.20932661X-RAY DIFFRACTION99
3.7117-3.90710.26791510.19992626X-RAY DIFFRACTION99
3.9071-4.15150.24771390.18412680X-RAY DIFFRACTION99
4.1515-4.47130.20721140.16582656X-RAY DIFFRACTION99
4.4713-4.920.16371270.14892660X-RAY DIFFRACTION99
4.92-5.6290.19671020.16732714X-RAY DIFFRACTION99
5.629-7.08070.20111110.20732668X-RAY DIFFRACTION99
7.0807-33.330.22381420.20162666X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.788 Å / Origin y: 26.6205 Å / Origin z: -13.4119 Å
111213212223313233
T0.1856 Å20.0304 Å20.0212 Å2-0.1631 Å20.0641 Å2--0.1471 Å2
L1.075 °2-0.0348 °20.0118 °2-0.6434 °20.2709 °2--2.4534 °2
S-0.0222 Å °0.0631 Å °-0.2254 Å °-0.0808 Å °-0.0998 Å °-0.0486 Å °0.4839 Å °-0.0436 Å °0.0482 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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