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- PDB-4i3r: Crystal structure of the outer domain of HIV-1 gp120 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i3r
タイトルCrystal structure of the outer domain of HIV-1 gp120 in complex with VRC-PG04 space group P3221
要素
  • Heavy chain of VRC-PG04 Fab
  • Light chain of VRC-PG04 Fab
  • Outer domain of HIV-1 gp120 (KER2018 OD4.2.2)
キーワードViral Protein/Immune System / Antibody Affinity / Antibody Specificity / Binding Sites / HIV Infections / Antibodies / HIV Envelope Protein gp120 / AIDS Vaccines / Amino Acid Sequence / Antigens / Epitopes / HIV Antibodies / CD4 / Somatic Mutation / Sequence engineering / Complementarity Determining Regions / Immunoglobulin Fab Fragments / Sera / Viral Protein-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human Immunodeficiency Virus (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Joyce, M.G. / Biertumpfel, C. / Nabel, G.J. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Outer Domain of HIV-1 gp120: Antigenic Optimization, Structural Malleability, and Crystal Structure with Antibody VRC-PG04.
著者: Joyce, M.G. / Kanekiyo, M. / Xu, L. / Biertumpfel, C. / Boyington, J.C. / Moquin, S. / Shi, W. / Wu, X. / Yang, Y. / Yang, Z.Y. / Zhang, B. / Zheng, A. / Zhou, T. / Zhu, J. / Mascola, J.R. / ...著者: Joyce, M.G. / Kanekiyo, M. / Xu, L. / Biertumpfel, C. / Boyington, J.C. / Moquin, S. / Shi, W. / Wu, X. / Yang, Y. / Yang, Z.Y. / Zhang, B. / Zheng, A. / Zhou, T. / Zhu, J. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D. / Nabel, G.J.
履歴
登録2012年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22013年2月13日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年5月26日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Outer domain of HIV-1 gp120 (KER2018 OD4.2.2)
H: Heavy chain of VRC-PG04 Fab
L: Light chain of VRC-PG04 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3787
ポリマ－68,4933
非ポリマー8854
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area29680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.910, 158.910, 80.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The Biological unit is identical to that found in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Outer domain of HIV-1 gp120 (KER2018 OD4.2.2)


分子量: 20774.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human Immunodeficiency Virus (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3ZLH8*PLUS
#2: 抗体 Heavy chain of VRC-PG04 Fab


分子量: 24644.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain of VRC-PG04 Fab


分子量: 23073.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.2 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.5
詳細: 10% peg400, 20% peg8000, 100 mM Na-acetate pH5.5, 500 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月20日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 22975 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 21.82
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / % possible all: 88.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SE9

3se9


解像度: 3→43.65 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 1380 6.01 %
Rwork0.183 --
obs0.186 22971 97.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→43.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4806 0 53 4 4863
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2996774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3391816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083763
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005871
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.001-3.10820.35641310.30991985X-RAY DIFFRACTION91
3.1082-3.23270.39981580.29582143X-RAY DIFFRACTION98
3.2327-3.37970.30851410.26042162X-RAY DIFFRACTION99
3.3797-3.55780.31871350.22732157X-RAY DIFFRACTION99
3.5578-3.78060.28651460.19862188X-RAY DIFFRACTION99
3.7806-4.07230.23931340.1752151X-RAY DIFFRACTION98
4.0723-4.48180.17841320.13892178X-RAY DIFFRACTION98
4.4818-5.12940.1871580.13062175X-RAY DIFFRACTION98
5.1294-6.45920.20761320.17242189X-RAY DIFFRACTION98
6.4592-43.65640.25981130.17932263X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.05031.9634.95532.02834.8252.09790.406-1.1721-0.74842.13640.43711.08454.0807-1.3793-0.71591.3534-0.3162-0.26170.90150.36791.131159.6013-36.2938-5.3695
21.5122-0.2754-0.32987.8521-1.49772.53260.25750.0816-0.4949-1.02730.08650.38070.8403-0.1249-0.35821.2051-0.1047-0.28130.49110.02410.643361.9825-38.9028-22.4094
33.58740.6104-0.33860.1368-0.60374.7013-0.91860.2872-1.21230.369-0.6606-0.07141.52621.34241.20782.10350.06250.6961.5575-0.4551.565671.5015-40.225-37.7009
48.6899-1.7955-0.32372.1521-4.30019.1584-0.47090.0439-0.758-1.17510.5278-0.01150.20520.6182-0.39181.7849-0.1328-0.37140.5416-0.04860.894670.8701-49.278-17.1153
57.52283.39996.11641.52412.70934.91441.2067-0.541-0.67912.64080.68-2.1366-0.0453-0.0657-1.69142.3569-0.0776-0.35431.15140.29781.490369.3692-60.0448-2.931
64.0619-6.21651.97967.1883-5.04094.7952-0.05660.18530.1751-1.10930.56960.50350.3705-0.5336-0.48630.8867-0.026-0.18770.4469-0.03410.420263.7623-35.4022-21.7967
71.9134-9.35172.73869.35950.88922.02131.17842.0863-1.0173-1.0515-0.24164.08330.5988-1.2323-0.84041.2738-0.1696-0.35041.30380.18711.45651.1789-31.4962-11.4577
85.01982.54916.71574.82071.10672.1040.717-2.21923.76171.5796-0.8827-0.704-1.44730.40140.06961.8532-0.4754-0.16030.8566-0.15341.042171.6704-12.65344.2473
92.39412.78841.25925.84251.49762.69080.4912-0.3619-0.5381.037-0.205-0.92450.10470.305-0.28170.8042-0.1531-0.20160.4880.15230.684874.777-15.9269-6.2527
10-0.0003-0.0033-0.0052-0.03420.01310.0007-1.5586-0.0722-0.2801-2.55740.22-2.4025-0.1355-1.21930.83113.4149-0.1950.02161.20710.01871.218393.018329.6381-4.3366
115.745-0.66431.84913.43136.6886.73370.1137-0.5066-0.43770.91140.1736-1.08190.09910.6552-0.32261.0861-0.3577-0.2870.79980.19270.985392.169211.76972.3806
125.1241-0.4121.77786.4003-0.69395.51370.0666-0.22540.66770.5536-0.20260.4944-0.5237-0.06710.13660.7519-0.10850.09750.37910.06390.565660.17230.2492-12.1805
138.3423-2.3955-0.55444.62440.27022.0360.15690.37180.3209-0.3643-0.1072-0.9651-0.52440.737-0.07271.0597-0.35070.04590.78020.030.774391.117718.2558-13.0073
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain G and resid 252:257)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain G and resid 258:396)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain G and resid 397:412)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain G and resid 413:421)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain G and resid 422:441)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain G and resid 442:470)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain G and resid 471:484)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resid 1:9)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain H and resid 10:126)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain H and resid 127:134)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain H and resid 135:215)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain L and resid 1:104)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain L and resid 105:214)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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