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- PDB-7mwx: Structure of the core ectodomain of the hepatitis C virus envelop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mwx
タイトルStructure of the core ectodomain of the hepatitis C virus envelope glycoprotein 2 with tamarin CD81
要素
  • 2A12 Fab Heavy Chain
  • 2A12 Fab Light Chain
  • CD81 protein
  • Core protein precursor eE2
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Glycoprotein / Receptor / Viral protein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage fusion / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / osteoclast fusion / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of macrophage migration / positive regulation of B cell activation / immunological synapse formation ...macrophage fusion / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / osteoclast fusion / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of macrophage migration / positive regulation of B cell activation / immunological synapse formation / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cholesterol binding / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / immunological synapse / host cell mitochondrion / positive regulation of receptor clustering / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / protein localization to plasma membrane / receptor internalization / integrin binding / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / basolateral plasma membrane / RNA helicase activity / positive regulation of MAPK cascade / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain ...Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / CD81 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepacivirus C (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Saguinus oedipus (ワタボウシタマリン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Kumar, A. / Hossain, R.A. / Yost, S.A. / Bu, W. / Wang, Y. / Dearborn, A.D. / Grakoui, A. / Cohen, J.I. / Marcotrigiano, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural insights into hepatitis C virus receptor binding and entry.
著者: Kumar, A. / Hossain, R.A. / Yost, S.A. / Bu, W. / Wang, Y. / Dearborn, A.D. / Grakoui, A. / Cohen, J.I. / Marcotrigiano, J.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Core protein precursor eE2
G: Core protein precursor eE2
A: 2A12 Fab Heavy Chain
B: 2A12 Fab Light Chain
D: CD81 protein
E: 2A12 Fab Heavy Chain
F: 2A12 Fab Light Chain
H: CD81 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,22413
ポリマ－173,5498
非ポリマー1,6755
水00
1
C: Core protein precursor eE2
A: 2A12 Fab Heavy Chain
B: 2A12 Fab Light Chain
D: CD81 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8047
ポリマ－86,7754
非ポリマー1,0293
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Core protein precursor eE2
E: 2A12 Fab Heavy Chain
F: 2A12 Fab Light Chain
H: CD81 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4206
ポリマ－86,7754
非ポリマー6462
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.954, 127.774, 212.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 CGDH

#1: タンパク質 Core protein precursor eE2 / Envelope glycoprotein E1 / Envelope glycoprotein E2 / Genome polyprotein / Gp32 / Hepacivirin / ...Envelope glycoprotein E1 / Envelope glycoprotein E2 / Genome polyprotein / Gp32 / Hepacivirin / Mature core protein / NS1 / NS3 helicase / NS3 protease / NS3P / NS5B / Non-structural protein 4A / Non-structural protein 4B / Non-structural protein 5A / Protease NS2 / RNA-directed RNA polymerase / Serine protease/helicase NS3 / Viroporin p7 / Viroporin p70 / gp35 / gp68 / gp70 / p21 / p23 / p27 / p56/58 / p68 / p8


分子量: 29314.105 Da / 分子数: 2 / 断片: DeltaHVR1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: J6 genotype / 由来: (組換発現) Hepacivirus C (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 gnti- cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: A0A2I6PIY1, RNA-directed RNA polymerase, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#4: タンパク質 CD81 protein


分子量: 10141.375 Da / 分子数: 2 / 断片: second extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saguinus oedipus (ワタボウシタマリン)
遺伝子: CD81 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GNTI- cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9N0J9

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抗体 , 2種, 4分子 AEBF

#2: 抗体 2A12 Fab Heavy Chain


分子量: 23207.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 2A12 Fab Light Chain


分子量: 24111.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 5分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2M sodium acetate pH 4.5, 4% v/v tacsimate pH 4.0, 12% v/v PEG Smear Medium

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→54.74 Å / Num. obs: 31609 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.32→3.5 Å / Num. unique obs: 4559 / CC1/2: 0.39

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
Coot0.8.9.2 ELモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WEB

4web


解像度: 3.32→53.093 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 33.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2831 1590 5.04 %
Rwork0.2392 --
obs0.2414 31528 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.32→53.093 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10350 0 109 0 10459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66814746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5086406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051876
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3202-3.42730.4331320.37342674X-RAY DIFFRACTION100
3.4273-3.54980.36431410.33372724X-RAY DIFFRACTION100
3.5498-3.69190.39221260.30632623X-RAY DIFFRACTION97
3.6919-3.85990.36981490.26972700X-RAY DIFFRACTION100
3.8599-4.06330.31251420.24242710X-RAY DIFFRACTION100
4.0633-4.31780.27111540.19122690X-RAY DIFFRACTION100
4.3178-4.6510.23241510.17552703X-RAY DIFFRACTION100
4.651-5.11870.23321460.18182752X-RAY DIFFRACTION100
5.1187-5.85850.26311510.19812700X-RAY DIFFRACTION99
5.8585-7.3780.29041510.28632773X-RAY DIFFRACTION100
7.378-530.27151470.24112889X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.9078 Å / Origin y: 16.0699 Å / Origin z: -28.4282 Å
111213212223313233
T1.0021 Å20.1469 Å2-0.0286 Å2-0.9044 Å20.038 Å2--0.9289 Å2
L0.2482 °20.3166 °2-0.096 °2-1.2885 °20.2554 °2--1.3515 °2
S-0.0406 Å °-0.1823 Å °0.0663 Å °0.1825 Å °-0.0937 Å °-0.0846 Å °-0.0896 Å °-0.0718 Å °0.109 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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