[日本語] English
万見
- PDB-7mp3: Grb7-SH2 domain in complex with bicyclic peptide B8 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mp3
タイトルGrb7-SH2 domain in complex with bicyclic peptide B8
要素
  • Growth factor receptor-bound protein 7
  • bicyclic peptide B8
キーワードSIGNALING PROTEIN / Grb7 / SH2 / bicyclic-peptide / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / stress granule assembly / Tie2 Signaling / Downstream signal transduction / phosphatidylinositol binding / cell projection / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by SCF-KIT ...GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / stress granule assembly / Tie2 Signaling / Downstream signal transduction / phosphatidylinositol binding / cell projection / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / positive regulation of cell migration / focal adhesion / protein kinase binding / RNA binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain ...Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth factor receptor-bound protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Colson, R. / Wilce, M.C.J. / Wilce, J.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biomedicines / 年: 2022
タイトル: Enhancing the Bioactivity of Bicyclic Peptides Targeted to Grb7-SH2 by Restoring Cell Permeability.
著者: Sturre, N.P. / Colson, R.N. / Shah, N. / Watson, G.M. / Yang, X. / Wilce, M.C.J. / Price, J.T. / Wilce, J.A.
履歴
登録2021年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年4月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.entity_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Growth factor receptor-bound protein 7
B: Growth factor receptor-bound protein 7
C: Growth factor receptor-bound protein 7
D: Growth factor receptor-bound protein 7
L: bicyclic peptide B8
N: bicyclic peptide B8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5766
ポリマ－57,5766
非ポリマー00
水93752
1
A: Growth factor receptor-bound protein 7
B: Growth factor receptor-bound protein 7
L: bicyclic peptide B8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7883
ポリマ－28,7883
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Growth factor receptor-bound protein 7
D: Growth factor receptor-bound protein 7
N: bicyclic peptide B8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7883
ポリマ－28,7883
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.156, 53.122, 54.809
Angle α, β, γ (deg.)103.983, 101.997, 100.048
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 425 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 425 through 429 or (resid 430...
d_1ens_2(chain "B" and ((resid 429 through 430 and (name N...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 429 through 460 or resid 464 through 527))
d_1ens_3chain "L"
d_2ens_3chain "N"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ILETHRA1 - 102
d_21ens_1ILETHRC1 - 102
d_11ens_2GLNCYSB1 - 96
d_21ens_2GLNSERD2 - 33
d_22ens_2PROCYSD36 - 99
d_11ens_3LYSPROE1 - 10
d_12ens_3KCUKCUF
d_21ens_3LYSPROG1 - 10
d_22ens_3KCUKCUH

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.964493129116, 0.262238043966, 0.0313721562145), (0.263707986759, 0.949679507889, 0.169017543512), (0.0145293361314, 0.171289347573, -0.985113626847)-5.24390176116, 3.30623998564, -28.8041660811
2given(0.803346765472, 0.314163389446, 0.505900522967), (0.313868415735, -0.945320404459, 0.0886338000812), (0.50608358204, 0.0875825190562, -0.858026054584)-9.37062873604, 17.5200842589, 22.195026286
3given(-0.678190072262, 0.60601793194, -0.415692785662), (-0.56438949549, -0.791789172078, -0.233526025019), (-0.470662005335, 0.0762376097955, 0.879013710693)-26.8404562901, 10.2821261596, 44.7272612842
4given(0.800442172442, 0.325040252155, 0.503628000667), (0.32303740611, -0.941673016565, 0.0943332609824), (0.504915005551, 0.0871823626256, -0.858754955046)-9.39270321818, 17.586809633, 22.2074125642

-
要素

#1: タンパク質
Growth factor receptor-bound protein 7 / B47 / Epidermal growth factor receptor GRB-7 / GRB7 adapter protein


分子量: 13690.711 Da / 分子数: 4 / 断片: SH2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14451
#2: タンパク質・ペプチド bicyclic peptide B8


分子量: 1406.495 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M BIS TRIS pH 6.6, 16% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→52.5 Å / Num. obs: 14036 / % possible obs: 98.18 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 35.42 Å2 / CC1/2: 0.912 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 4.94
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.781 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 1408 / CC1/2: 0.564 / Rpim(I) all: 0.4345 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALS2021データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP13.07.2020位相決定
Coot0.9.3モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EEQ

5eeq


解像度: 2.55→51.33 Å / SU ML: 0.3821 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 30.4663
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 653 4.65 %
Rwork0.2209 13383 -
obs0.223 14036 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→51.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3193 0 20 52 3265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00193281
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49674433
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0377497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5677449
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.601604371758
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.553929563497
ens_3d_2LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.889913401756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.750.31651400.26512645X-RAY DIFFRACTION97.48
2.75-3.020.36321110.26972694X-RAY DIFFRACTION97.8
3.02-3.460.30821280.23022680X-RAY DIFFRACTION98.28
3.46-4.360.22731500.19482653X-RAY DIFFRACTION98.52
4.36-51.330.23561240.20592711X-RAY DIFFRACTION98.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.87689819396-0.7259038963580.3847309925974.851212950670.09217589082784.714330871210.1221072084840.110304770513-0.15256067529-0.12835844553-0.1538504787650.1537036089760.1578108850620.1311535082840.02655827385580.3350853525670.02322432265060.0248291926360.1701790561970.0004424663001630.198796793751-0.740657479921-0.254772832149-0.707203890097
24.74102436711-1.026096821831.288050510213.603941400210.2399209777185.699142106660.1080033386830.296196187357-0.0989752499411-0.177453538189-0.04376494972790.189985630674-0.203310382054-0.0450096596936-0.0606111076060.2634594749640.00766572076043-0.006460402523770.164835585225-0.008229611002190.218880490146-4.953060804513.22696328191-27.8895385793
33.744742407730.0660937995682-0.5398007192465.147296130020.3500447551914.580966520440.1374111748710.006949666615680.1112634149820.110682150333-0.0848454972088-0.0773143212236-0.2380744392440.0850118876829-0.02388578937150.2965616336130.0490761432943-0.003185217875210.1919749882010.008828745444210.204261647259-10.568286016717.403408162722.4425974194
43.46699943558-0.837408673358-0.3041297765733.910475300880.02488971540486.116613059060.181338404497-0.15465051709-0.03167940659720.0465128106525-0.1339136563630.01699594072330.0823368411911-0.200046878639-0.0192158299980.2651854917480.01605311683830.005973408264610.1774880581340.01262348754010.245261760292-25.809785230710.888534361744.2596580054
58.40067048346-4.171417130034.449370225586.49945738428-3.289445468872.6648902254-0.183121078016-0.1640880492750.9085476389080.0801909758971-0.0972585437439-0.4175221732710.00670358842974-0.2618468845680.2954004864040.5557498990680.01922051431580.1028268250240.2543354194110.03440186674260.284790144557-3.6744097097612.31867572193.1956679856
60.1770165878110.260277319477-0.9671917080190.385437392409-1.460985065068.11100746236-0.362764588549-0.0803879248775-0.0450592954632-0.4370055329350.193342699319-0.2532950354110.337713696084-0.4697146203960.162636841770.332577791472-0.00886129975066-0.06627646131440.2558473293-0.01418344548740.303521794351-6.750770185755.0972278944618.6948730226
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 425 through 528)AA425 - 5281 - 102
22(chain 'B' and resid 429 through 528)BB429 - 5281 - 97
33(chain 'C' and resid 425 through 528)CC425 - 5281 - 102
44(chain 'D' and resid 428 through 527)DD428 - 5271 - 99
55(chain 'L' and resid 1 through 10)LE1 - 101 - 10
66(chain 'N' and resid 1 through 10)NG1 - 101 - 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る