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- PDB-5d0j: Grb7 SH2 with inhibitor peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d0j
タイトルGrb7 SH2 with inhibitor peptide
要素
  • G7-TEdFP peptide
  • Growth factor receptor-bound protein 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / inhibitor / SH2
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / Tie2 Signaling / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / Downstream signal transduction / cell projection / Signaling by SCF-KIT / epidermal growth factor receptor signaling pathway ...GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / Tie2 Signaling / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / Downstream signal transduction / cell projection / Signaling by SCF-KIT / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / positive regulation of cell migration / focal adhesion / protein kinase binding / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain ...Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Growth factor receptor-bound protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gunzburg, M.J. / Watson, G.M. / Wilce, J.A. / Wilce, M.C.J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Unexpected involvement of staple leads to redesign of selective bicyclic peptide inhibitor of Grb7.
著者: Gunzburg, M.J. / Kulkarni, K. / Watson, G.M. / Ambaye, N.D. / Del Borgo, M.P. / Brandt, R. / Pero, S.C. / Perlmutter, P. / Wilce, M.C. / Wilce, J.A.
履歴
登録2015年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Growth factor receptor-bound protein 7
B: Growth factor receptor-bound protein 7
C: Growth factor receptor-bound protein 7
D: Growth factor receptor-bound protein 7
L: G7-TEdFP peptide
M: G7-TEdFP peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9958
ポリマ－56,8056
非ポリマー1902
水19811
1
A: Growth factor receptor-bound protein 7
B: Growth factor receptor-bound protein 7
L: G7-TEdFP peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4974
ポリマ－28,4023
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Growth factor receptor-bound protein 7
D: Growth factor receptor-bound protein 7
M: G7-TEdFP peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4974
ポリマ－28,4023
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.980, 94.040, 131.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B
31chain C and segid C
41chain D and segid D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0
311chain C and segid CC0
411chain D and segid DD0

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要素

#1: タンパク質
Growth factor receptor-bound protein 7 / B47 / Epidermal growth factor receptor GRB-7 / GRB7 adapter protein


分子量: 13690.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14451
#2: タンパク質・ペプチド G7-TEdFP peptide


分子量: 1021.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: sodium fluoride, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→38.245 Å / Num. obs: 13653 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1791 / Net I/σ(I): 9.56
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 10.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / % possible all: 99.55

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QMS

2qms


解像度: 2.6→38.245 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2457 685 5.07 %
Rwork0.1869 12837 -
obs0.1899 13522 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.14 Å2 / Biso mean: 41.2794 Å2 / Biso min: 9.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→38.245 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 10 11 3241
Biso mean--45.6 36.25 -
残基数----434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0774478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.851097
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1786X-RAY DIFFRACTION9.281TORSIONAL
12B1786X-RAY DIFFRACTION9.281TORSIONAL
13C1786X-RAY DIFFRACTION9.281TORSIONAL
14D1786X-RAY DIFFRACTION9.281TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.80070.35391270.25082523265099
2.8007-3.08250.29021600.23532514267499
3.0825-3.52820.28811300.18042526265699
3.5282-4.44410.20531340.1572577271199
4.4441-38.24950.20621340.18092697283198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0365-0.02910.06820.0133-0.05620.03320.31740.41070.0407-0.31750.0471-0.21690.0278-0.2691-0.00120.4321-0.0099-0.05510.4875-0.150.4416-8.93949.05138.1628
20.03450.0301-0.0010.0218-0.05010.05560.010.16950.1123-0.5329-0.00280.06130.00020.1404-0.00010.48230.0245-0.09550.648-0.0770.3348-7.104320.2936-0.1468
30.63870.0691-0.54480.0446-0.05130.4228-0.42120.1535-0.1951-0.29150.1255-0.15360.0586-0.1232-0.09410.3346-0.0332-0.02270.36580.01580.2025-2.068316.67938.0607
40.05930.05340.12870.13120.08370.12720.1570.21-0.21440.0449-0.288-0.29230.4008-0.23160.12380.24170.03130.07130.35210.02130.20580.882316.708413.6888
50.00680.02560.00780.0226-0.0187-0.01270.3761-0.1449-0.54830.1333-0.07460.04010.36570.1834-0.00020.3631-0.0831-0.09760.42670.09230.3431-0.68999.128124.6186
60.0247-0.03960.01180.0255-0.0750.07120.3756-0.23650.04450.0422-0.5806-0.1603-0.0415-0.15620.00060.3546-0.0476-0.07450.3510.0230.2912-1.264317.429923.2743
70.02380.0131-0.0628-0.0038-0.01190.05720.0805-0.30720.0927-0.11680.02360.2638-0.4885-0.4301-0.00010.3414-0.0455-0.03620.3372-0.0350.2299-9.316921.998317.0444
8-0.01310.01730.00620.00420.03360.0031-0.2437-0.6179-0.06-0.11970.11820.0068-0.2503-0.30520.00120.3848-0.0381-0.15870.61310.04230.5075-14.795715.94652.7524
90.1781-0.05370.39860.0175-0.09170.81570.03730.32970.17940.05910.12270.31840.0046-0.23410.00050.5404-0.0921-0.15460.4384-0.16110.6519-26.138714.623630.2622
100.51660.16070.11620.09050.01130.1570.2539-0.4456-0.2072-0.0333-0.13230.51310.4515-0.40510.01120.3793-0.0571-0.11250.29340.0640.4109-20.748214.999744.4697
110.182-0.1431-0.0336-0.0044-0.13730.25140.42280.3446-0.35750.0105-0.1270.35730.5056-0.10730.00990.2448-0.0526-0.0540.13310.12280.2809-17.755318.496542.584
120.8889-0.15390.07860.41260.25990.47740.599-0.03380.21960.1832-0.3329-0.1243-0.77660.00920.16360.0403-0.2236-0.20010.05040.02210.1951-14.290322.910341.2971
130.0353-0.01080.01230.0049-0.0056-0.00490.06190.37180.2748-0.292-0.02380.3919-0.0856-0.11460.00040.35020.0758-0.12460.2668-0.04170.4209-22.035126.174623.5308
140.113-0.25450.09870.519-0.20270.0960.10020.0326-0.0467-0.18160.23290.67180.1210.41990.02410.3526-0.02020.01530.232-0.03660.2211-14.362726.590227.3607
150.0686-0.13720.04470.0384-0.1350.4707-0.07860.13020.06040.1768-0.1081-0.11760.48790.83720.00280.32830.0334-0.02080.34530.05690.2793-10.726716.123334.8058
160.0637-0.2924-0.0680.9050.14611.1383-0.04640.11-0.06031.14540.56480.5142-0.09340.42250.20520.2317-0.1523-0.01110.0235-0.12470.2108-24.0757-5.649732.9305
170.6408-0.59390.33470.3714-0.0081.20040.03110.38-0.16070.0917-0.22030.039-0.11660.0673-0.60350.1141-0.04650.07040.1496-0.08040.1717-20.179-9.245422.3517
180.0304-0.0593-0.01980.0773-0.04820.03610.2772-0.03980.4114-0.3333-0.0520.15180.1502-0.08960.00010.3124-0.07550.04760.2416-0.12390.376-17.47582.0871-3.6004
190.89390.2028-0.45741.208-0.06531.6981-0.0766-0.3025-0.1356-0.28820.00980.34780.06730.3385-0.3570.1687-0.10570.02430.2454-0.10060.1773-14.1393-8.7751-6.9568
200.4844-0.24770.39670.2882-0.26680.4222-0.12370.22460.08050.4158-0.22070.13250.3889-0.1765-0.12660.2619-0.08270.10160.3072-0.12220.2639-25.4119-9.60812.9792
210.14590.0134-0.35010.0187-0.00290.5257-0.0659-0.3690.06290.08360.03130.19820.08810.83080.00250.2564-0.13220.0560.364-0.04840.1966-13.4255-9.00975.0641
220.04-0.0027-0.02160.06580.12160.2307-0.15920.0503-0.03410.287-0.02570.09790.15180.18040.00360.4946-0.25360.00890.58920.08180.3696.466321.155410.8983
230.00850.00890.01150.02560.00050.0134-0.28290.1304-0.1342-0.2214-0.0094-0.2282-0.0974-0.0992-0.00050.4895-0.0690.00740.3625-0.09090.3864-23.8649-17.0634-5.2801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 426 through 437 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 438 through 454 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 455 through 475 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 476 through 487 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 488 through 494 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 495 through 504 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 505 through 523 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 524 through 531 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 422 through 427 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 428 through 447 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 448 through 466 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 467 through 485 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 486 through 494 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 495 through 504 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 505 through 529 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 429 through 475 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 476 through 530 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 424 through 437 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 438 through 475 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 476 through 504 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 505 through 528 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'L' and (resid 3 through 9 )L0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'M' and (resid 1 through 8 )M0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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