PDB-4evx: Crystal structure of putative phage endolysin from S. enterica

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4evx

タイトル

Crystal structure of putative phage endolysin from S. enterica

要素

Putative phage endolysin

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins / PCSEP / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / methylation

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Michalska, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Adkins, J.N. / Joachimiak, A. / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP) / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative phage endolysin from S. enterica
著者: Michalska, K. / Jedrzejczak, R. / Li, H. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Adkins, J.N. / Joachimiak, A. / Program for the Characterization of Secreted Effector ...

履歴

登録	2012年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4evx.cif.gz	97.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4evx.ent.gz	76.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4evx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/4evx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/4evx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4k00-1 1z54-d 1s5u-1 4rs7-d 2fmy-1 6nbl-2 1fyr-d 4jwu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC101548

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (2) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (2) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (2) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (2) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative phage endolysin

B: Putative phage endolysin

24.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative phage endolysin

B: Putative phage endolysin

A: Putative phage endolysin

B: Putative phage endolysin

ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Putative phage endolysin

B: Putative phage endolysin

A: Putative phage endolysin

B: Putative phage endolysin

ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

4

A: Putative phage endolysin

B: Putative phage endolysin

ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.400, 54.400, 261.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-235- HOH

#1: タンパク質	Putative phage endolysin 分子量: 12260.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: STM3605 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Magic / 参照: UniProt: Q8ZLC6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.14 M CaCl2, 0.07 M Na acetate/HCl, 14% 2-propanol, 30% glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792914 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月3日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792914 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→35 Å / Num. all: 26515 / Num. obs: 26172 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 31.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique all: 1263 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELX		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
BUSTER	2.10.0	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→20.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9481 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9396 / SU R Cruickshank DPI: 0.12 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: hydrogen atoms have been added at the riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2149	1314	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1949	-	-	-
all	0.1959	26081	-	-
obs	0.1959	26081	98.72 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4317 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.4317 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.8633 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.264 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1570	0	0	96	1666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.014	3236	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.2	5814	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1043	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		46	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		472	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3208	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.77
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.09
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		213	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance		2	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3770	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.77 Å / Total num. of bins used: 13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2465	135	4.78 %
R_work	0.2118	2690	-
all	0.2134	2825	-
obs	-	2825	98.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9014	0.9317	0.2426	0.4468	3.2876	3.3728	-0.1313	0.3424	0.0181	-0.1908	0.1052	-0.1333	0.2345	0.0491	0.0261	0.0443	0.034	-0.0006	-0.0022	-0.0216	-0.0527	9.8517	-8.0067	7.3723
2	-0.2598	0.0943	2.3333	1.9348	1.693	1.6902	-0.1004	0.1246	-0.287	-0.1828	0.3979	0.1005	0.5482	-0.2554	-0.2975	0.1342	-0.1446	-0.058	-0.0498	0.0232	-0.127	-0.4964	-15.7709	9.6091
3	1.4637	-0.1655	-3.1685	3.4434	-0.2542	2.079	0.0547	0.0799	0.1802	-0.0397	0.0168	0.47	0.2485	-0.0439	-0.0715	-0.0288	-0.2154	-0.075	0.0163	0.0761	-0.0625	-15.8298	-10.3495	6.3872
4	7.1106	0.7742	-0.7226	2.3687	2.1462	0.7227	0.1969	0.1551	0.0625	-0.2766	-0.0625	0.2727	0.1138	-0.4442	-0.1344	0.1014	-0.1281	-0.0866	0.0206	0.0543	-0.1107	-9.7723	-9.9736	-0.4645
5	2.6446	2.0476	1.7069	6.9161	2.1105	4.0353	0.1689	0.0007	-0.0064	-0.0322	-0.081	0.1023	0.4689	-0.1594	-0.088	0.0377	-0.0299	-0.0364	-0.0978	0.0121	-0.1124	1.0284	-8.319	1.3662
6	8.3876	-0.607	0.3552	2.3672	0.9071	2.3729	0.1808	0.081	0.726	-0.4051	-0.0987	-0.2093	-0.053	0.1104	-0.0821	-0.0231	0.0061	0.0415	-0.1161	-0.023	-0.0072	8.5054	6.3281	11.4541
7	5.2489	-0.7833	-0.8826	3.6363	0.2527	7.1636	0.0129	0.1567	0.0717	0.0151	0.0988	0.1269	0.0144	-0.4485	-0.1117	0.0153	0.0169	-0.0207	-0.0635	0.0189	-0.0446	1.7235	-2.8468	14.4808
8	-1.2078	0.6694	0.7758	1.3254	0.6267	0.5165	-0.0182	-0.077	-0.0671	0.0208	0.0751	-0.0577	0.0106	0.1267	-0.0569	0.0814	-0.1952	-0.0728	-0.0441	0.0668	0.0261	-8.2024	-19.9202	17.9291
9	-0.5709	2.5808	-1.3972	3.1703	-1.5471	7.4013	0.107	0.0775	0.2901	-0.1612	-0.0525	0.1657	-0.3288	-0.519	-0.0545	0.0515	0.1703	0.0367	-0.073	0.0431	-0.0476	-2.6654	18.127	23.289
10	1.8294	1.0559	-1.2172	0.6094	-0.4949	0	-0.1138	0.1675	0.0475	0.0579	-0.1319	-0.1196	-0.4322	0.287	0.2457	0.1563	-0.0778	0.0482	-0.1048	0.0331	-0.0339	12.4285	27.0719	15.3071
11	2.8196	-0.8191	0.9593	-1.8857	2.8375	2.7831	-0.0547	0.008	-0.2596	0.0494	0.1029	-0.3358	-0.377	0.3608	-0.0482	0.0695	-0.0969	0.0892	-0.1065	0.0206	0.0983	14.1219	20.1802	15.3109
12	8.5222	-1.0683	3.9239	3.0345	-1.0952	0.5429	-0.2467	0.0753	-0.3923	0.1042	0.1821	-0.3655	-0.3901	-0.1554	0.0647	0.0973	-0.012	0.1094	-0.1847	-0.007	-0.0306	6.5259	21.08	12.5963
13	0.7336	1.7795	-1.0249	5.4002	-3.9524	3.8239	-0.0745	0.1496	-0.0532	0.1294	-0.0121	0.0378	-0.213	-0.0207	0.0866	0.1284	-0.2533	-0.0935	0.07	0.0753	0.0101	7.7341	28.9211	7.2204
14	1.7445	1.8467	1.3535	6.3334	1.3232	4.6908	0.0326	0.0327	0.0674	-0.0515	0.0389	-0.0651	-0.4128	-0.3735	-0.0715	0.0407	0.074	0.0645	-0.0704	0.0038	-0.0559	-3.7717	14.5916	12.9449
15	2.9771	-0.7772	-0.4137	4.4149	0.3197	5.1997	-0.0418	0.2706	-0.1355	-0.3262	0.1457	0.1579	-0.0224	-0.6414	-0.1039	-0.0051	0.0168	-0.0034	0.0079	0.0261	-0.1087	-4.7215	6.9171	20.046
16	1.2518	0.1193	-0.405	-0.2311	-0.5471	0.2325	-0.0314	-0.0397	0.0691	0.0881	-0.0086	-0.0965	-0.0746	0.0929	0.04	0.1393	-0.0313	0.0643	0.0007	0.0761	0.0796	10.3587	18.4442	22.2338

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|7 - A\|14}	A	7 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|15 - A\|25}	A	15 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|26 - A\|35}	A	26 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|36 - A\|50}	A	36 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|51 - A\|69}	A	51 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|70 - A\|82}	A	70 - 82
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|83 - A\|97}	A	83 - 97
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|98 - A\|103}	A	98 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|7 - B\|23}	B	7 - 23
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|24 - B\|28}	B	24 - 28
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|29 - B\|36}	B	29 - 36
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|37 - B\|43}	B	37 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|44 - B\|50}	B	44 - 50
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{B\|51 - B\|78}	B	51 - 78
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{B\|79 - B\|95}	B	79 - 95
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{B\|96 - B\|100}	B	96 - 100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)