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- PDB-6nbl: Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex bound to camphor and cyanide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nbl
タイトルCytochrome P450cam-putidaredoxin complex bound to camphor and cyanide
要素
  • Camphor 5-monooxygenase
  • Putidaredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


P450-containing electron transport chain / camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Cytochrome P450, B-class / Beta-grasp domain superfamily / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. ...Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Cytochrome P450, B-class / Beta-grasp domain superfamily / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,1'-hexane-1,6-diyldipyrrolidine-2,5-dione / CAMPHOR / CYANIDE ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Camphor 5-monooxygenase / Putidaredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Follmer, A.H. / Tripathi, S.M. / Poulos, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM057353 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019
タイトル: Ligand and Redox Partner Binding Generates a New Conformational State in Cytochrome P450cam (CYP101A1).
著者: Follmer, A.H. / Tripathi, S. / Poulos, T.L.
履歴
登録2018年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 2.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Camphor 5-monooxygenase
B: Camphor 5-monooxygenase
C: Putidaredoxin
D: Putidaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,23716
ポリマ－117,6554
非ポリマー2,58212
水7,116395
1
A: Camphor 5-monooxygenase
C: Putidaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1188
ポリマ－58,8272
非ポリマー1,2916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Camphor 5-monooxygenase
D: Putidaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1188
ポリマ－58,8272
非ポリマー1,2916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.360, 110.300, 88.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Camphor 5-monooxygenase / Cytochrome P450-cam / Cytochrome P450cam


分子量: 46597.715 Da / 分子数: 2 / 変異: C334A, K344C, C59S, C86S, C137S, C268S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: camC, cyp101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase
#2: タンパク質 Putidaredoxin / PDX


分子量: 12229.779 Da / 分子数: 2 / 変異: D19C, C74S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: camB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00259

-
非ポリマー , 7種, 407分子

#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION


分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#5: 化合物 ChemComp-CAM / CAMPHOR


分子量: 152.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16O
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-1N0 / 1,1'-hexane-1,6-diyldipyrrolidine-2,5-dione / bis(maleimido)hexane, bound form


分子量: 280.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N2O4
#8: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, 50 mM KCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月28日
放射モノクロメーター: Si(111) Side scattering bent cube-root I-beam single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40.603 Å / Num. obs: 54970 / % possible obs: 96.26 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 31.8668364658 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.04968 / Rpim(I) all: 0.04968 / Rsym value: 0.07026 / Net I/σ(I): 10.42
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3476 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique obs: 5453 / CC1/2: 0.632 / Rpim(I) all: 0.3476 / Rrim(I) all: 0.4916 / % possible all: 96.33

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JWS

4jws


解像度: 2.15→40.603 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 2790 5.08 %
Rwork0.1949 --
obs0.1978 54963 96.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→40.603 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8108 0 42 395 8545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66711438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6695028
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.18710.34671370.26592572X-RAY DIFFRACTION96
2.1871-2.22680.34291240.26732621X-RAY DIFFRACTION96
2.2268-2.26970.31351400.25032607X-RAY DIFFRACTION97
2.2697-2.3160.3351350.24692614X-RAY DIFFRACTION97
2.316-2.36630.30071290.24392624X-RAY DIFFRACTION97
2.3663-2.42140.29851170.23652621X-RAY DIFFRACTION96
2.4214-2.48190.29391360.23682646X-RAY DIFFRACTION97
2.4819-2.5490.30391350.24372586X-RAY DIFFRACTION97
2.549-2.6240.27911480.22162642X-RAY DIFFRACTION97
2.624-2.70870.28231250.20892629X-RAY DIFFRACTION97
2.7087-2.80550.29191560.21382596X-RAY DIFFRACTION97
2.8055-2.91780.27491560.22062603X-RAY DIFFRACTION97
2.9178-3.05050.29391690.21842628X-RAY DIFFRACTION97
3.0505-3.21130.30531310.21242639X-RAY DIFFRACTION97
3.2113-3.41240.25291440.19362630X-RAY DIFFRACTION97
3.4124-3.67570.26951530.18322614X-RAY DIFFRACTION97
3.6757-4.04530.23171420.17012631X-RAY DIFFRACTION96
4.0453-4.630.20051400.14712550X-RAY DIFFRACTION95
4.63-5.83050.18471480.15892397X-RAY DIFFRACTION88
5.8305-40.61010.19111250.16192723X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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