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- PDB-3fdo: Structure of human MDMX in complex with high affinity peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fdo
タイトルStructure of human MDMX in complex with high affinity peptide
要素
  • Protein Mdm4
  • Synthetic high affinity peptide
キーワードCELL CYCLE / MDMX / MDM4 / MDM-X / MDM-4 / p53 / MDM2
機能・相同性
機能・相同性情報


atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / ventricular septum development / transcription repressor complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of protein catabolic process ...atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / ventricular septum development / transcription repressor complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Methylation / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of TP53 Degradation / protein-containing complex assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / protein stabilization / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
MDM4 / : / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...MDM4 / : / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Czarna, A.L. / Popowicz, G.M. / Holak, T.A.
引用ジャーナル: Cell Cycle / 年: 2009
タイトル: High affinity interaction of the p53 peptide-analogue with human Mdm2 and Mdmx.
著者: Czarna, A. / Popowicz, G.M. / Pecak, A. / Wolf, S. / Dubin, G. / Holak, T.A.
履歴
登録2008年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Mdm4
B: Synthetic high affinity peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8927
ポリマ－11,7712
非ポリマー1225
水2,972165
1
A: Protein Mdm4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3474
ポリマ－10,2741
非ポリマー733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Synthetic high affinity peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5453
ポリマ－1,4971
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA, PQS
3
A: Protein Mdm4
B: Synthetic high affinity peptide
ヘテロ分子

A: Protein Mdm4
B: Synthetic high affinity peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,78414
ポリマ－23,5414
非ポリマー24310
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
4
A: Protein Mdm4
ヘテロ分子

A: Protein Mdm4
ヘテロ分子

B: Synthetic high affinity peptide
ヘテロ分子

B: Synthetic high affinity peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,78414
ポリマ－23,5414
非ポリマー24310
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1/2,y-1/2,-z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.230, 30.950, 50.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein Mdm4 / p53-binding protein Mdm4 / Mdm2-like p53-binding protein / Protein Mdmx / Double minute 4 protein


分子量: 10274.058 Da / 分子数: 1 / 断片: p53 binding domain, UNP residues 23-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM4, MDMX / プラスミド: pET-46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O15151
#2: タンパク質・ペプチド Synthetic high affinity peptide


分子量: 1496.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide designed to bind MDMX
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.02 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 4.3M NaCl, 100mM Hepes, pH7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月15日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 17646 / Num. obs: 14843 / % possible obs: 84.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / % possible all: 46.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DAB

3dab


解像度: 1.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 2.973 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24708 768 5.2 %RANDOM
Rwork0.17936 ---
all0.1881 17646 --
obs0.18286 13765 84.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.143 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å2-0.29 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数818 0 5 165 988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.9731129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.0285100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.04924.59537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.86915150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.448153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9161.5506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5522813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2923329
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4934.5316
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.313835
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.273170
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.8233818
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 23 -
Rwork0.188 469 -
obs--39.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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