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- PDB-2fx0: Crystal Structure of HlyIIR, a Hemolysin II transcriptional Regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fx0
タイトルCrystal Structure of HlyIIR, a Hemolysin II transcriptional Regulator
要素hemolysin II regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor NicS, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...HTH-type transcriptional repressor NicS, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Hemolysin II regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kovalevskiy, O.V. / Lebedev, A.A. / Solonin, A.S. / Antson, A.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Bacillus cereus HlyIIR, a Transcriptional Regulator of the Gene for Pore-forming Toxin Hemolysin II.
著者: Kovalevskiy, O.V. / Lebedev, A.A. / Surin, A.K. / Solonin, A.S. / Antson, A.A.
履歴
登録2006年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hemolysin II regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5751
ポリマ－23,5751
非ポリマー00
水2,054114
1
A: hemolysin II regulatory protein

A: hemolysin II regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1502
ポリマ－47,1502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+11/61
Buried area3580 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17300 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.208, 124.208, 79.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-269-

HOH

詳細The second subunit of biological dimer is generated by the operations: ROTATION MATRIX: 0.50000 -0.86603 0.00000 -0.86603 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 -1.00000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.00001 0.00000 66.38908 or 1-y, 1-x, 11/6-z

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要素

#1: タンパク質 hemolysin II regulatory protein


分子量: 23575.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: B771 / 遺伝子: hlyIIR / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: GenBank: 31322346, UniProt: Q7X506*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 40% saturation ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9792,0.9794,0.9184
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月10日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL CUT / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97941
30.91841
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. all: 14561 / Num. obs: 14561 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 1431 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→24.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 15.633 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27648 695 4.8 %RANDOM
Rwork0.22085 ---
all0.22335 14590 --
obs0.22335 13895 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.916 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.39 Å20.7 Å20 Å2
2--1.39 Å20 Å2
3----2.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1476 0 0 114 1590
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1721.9562025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9545177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.87924.86574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.64415287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.018155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021121
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2746
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21059
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3890.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2240.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2743930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89541437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5698667
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.78712588
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 58 -
Rwork0.281 995 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.76740.14640.46916.1794-2.18026.9948-0.1466-0.19630.36710.54890.0147-0.1999-0.54640.9860.13190.02870.15410.0119-0.1394-0.0175-0.082824.453776.528463.9587
25.7889-5.05350.468618.287-0.7237.6762-0.4506-0.9415-0.06391.18910.37070.6710.1427-0.13960.07990.04540.1920.1729-0.09810.121-0.130917.113671.186768.9095
35.1151-2.6923.42896.7550.02196.23080.35670.4152-0.1572-0.1867-0.08610.38910.1090.8644-0.2706-0.09190.15870.0538-0.09410.0474-0.097222.14170.567559.03
450.1055-2.0415-2.98456.77585.59874.660.4788-0.19571.1123-0.3941-0.51981.035-0.8585-0.83140.041-0.12550.3705-0.01390.54110.1120.015443.943666.798859.5596
514.94870.6586-3.62067.9947-0.65988.8537-0.1977-0.42490.11170.0830.4376-0.0092-1.00160.3899-0.2399-0.30320.1061-0.02560.1248-0.0144-0.133956.280661.277762.131
65.4853-2.9911-2.92648.37910.839514.224-0.5652-0.26791.16310.47410.20220.5686-1.2022-0.89340.363-0.25490.3659-0.02010.50860.0792-0.099246.912963.633168.3292
726.202322.746513.797124.00967.061412.93390.4781-2.39791.3372-0.0041-1.02360.71370.1410.3560.5455-0.12910.4832-0.00710.6398-0.19520.007536.483866.875972.6266
88.5237-4.3009-0.4744.42441.2210.4540.69970.8447-0.405-0.4447-0.83580.17360.15990.56870.1361-0.10080.37020.00290.39010.1892-0.11931.526357.186561.4708
99.1861-2.7630.31712.4177-1.98228.3918-0.0814-0.3192-0.5515-0.1340.25230.12020.1634-0.7874-0.1709-0.37110.0151-0.01420.21990.0817-0.018253.712351.134562.0258
104.0089-2.4065-4.92081.44462.95396.0402-0.55030.1562-0.07330.56470.3933-0.22820.4511-0.08930.157-0.24530.0652-0.00370.47970.22570.101841.594351.28674.1652
1115.5502-5.5539-2.414614.25932.738310.2844-0.3623-1.2222-0.25390.99580.596-0.0839-0.0766-0.295-0.2337-0.28240.0625-0.00620.3310.0964-0.22453.616153.587774.8327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2A22 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3A42 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4A63 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5A72 - 84
6X-RAY DIFFRACTION6A85 - 91
7X-RAY DIFFRACTION7A92 - 102
8X-RAY DIFFRACTION8A103 - 128
9X-RAY DIFFRACTION9A129 - 143
10X-RAY DIFFRACTION10A144 - 169
11X-RAY DIFFRACTION11A186 - 198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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