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万見
- PDB-3br6: Crystal Structure of the Complex of Rhodamine 6G Bound to QacR(E1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3br6
タイトルCrystal Structure of the Complex of Rhodamine 6G Bound to QacR(E120Q), a Mutant of a Multidrug Binding Transcriptional Repressor
要素HTH-type transcriptional regulator qacR
キーワードTRANSCRIPTION / QacR / multidrug resistance / TetR / Rhodamine 6G / DNA-binding / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator QacR, C-terminal / QacR-like protein, C-terminal region / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...Transcription regulator QacR, C-terminal / QacR-like protein, C-terminal region / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RHODAMINE 6G / HTH-type transcriptional regulator QacR
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Brooks, B.E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Formal electrostatic interactions do not govern QacR-cation affinity
著者: Brooks, B.E. / Hardie, K.M. / Brown, M.H. / Skurray, R.A. / Brennan, R.G.
履歴
登録2007年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HTH-type transcriptional regulator qacR
D: HTH-type transcriptional regulator qacR
A: HTH-type transcriptional regulator qacR
E: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,02824
ポリマ－91,7604
非ポリマー2,26920
水543
1
B: HTH-type transcriptional regulator qacR
A: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9009
ポリマ－45,8802
非ポリマー1,0207
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: HTH-type transcriptional regulator qacR
E: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,12915
ポリマ－45,8802
非ポリマー1,24913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: HTH-type transcriptional regulator qacR
A: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator qacR
A: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator qacR
A: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator qacR
A: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子

D: HTH-type transcriptional regulator qacR
E: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子

D: HTH-type transcriptional regulator qacR
E: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子

D: HTH-type transcriptional regulator qacR
E: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子

D: HTH-type transcriptional regulator qacR
E: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)376,11496
ポリマ－367,03916
非ポリマー9,07580
水21612
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation6_545x+1/2,-y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z+1/21
crystal symmetry operation5_455-x-1/2,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation3_455-y-1/2,x+1/2,z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area56390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.099, 173.099, 95.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional regulator qacR


分子量: 22939.936 Da / 分子数: 4 / 変異: E120Q,K67S,C72A,C141S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: qacR / プラスミド: pTTQ18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-alpha / 参照: UniProt: P0A0N3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-RHQ / RHODAMINE 6G


分子量: 443.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31N2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.47 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1:1 10mg/ml protein with 2.3M Ammonium sulfate with 100mM Sodium Acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月3日 / 詳細: Rosenbaum-Rock monochromator
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.4 Å / Num. all: 24505 / Num. obs: 22888 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.16 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique all: 2324 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1jt6

1jt6


解像度: 3.2→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 51.895 / SU ML: 0.4 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.493 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28286 1152 5 %RANDOM
Rwork0.2285 ---
all0.23118 23264 --
obs0.23118 21706 93.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 100.356 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20 Å20 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----2.05 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5812 0 128 3 5943
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0226044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023790
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8941.9518207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78939284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8225730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.3525.822292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.78815978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.674158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2899
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21659
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.160.23842
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.23106
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22935
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1290.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1050.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0760.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.58923741
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.04121499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09245804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.80342789
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.27762402
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 82 -
Rwork0.304 1613 -
obs--97.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.429-1.75795.4863.96412.424417.385-0.07490.0230.21180.64920.14360.090.3640.4496-0.0687-0.72940.04070.0668-0.85010.0004-0.2722-53.835-58.2615.897
23.9265-2.0921.44935.3141-2.22553.04520.2032-0.09590.2487-0.0132-0.0821-0.0704-0.3338-0.1349-0.1211-0.77480.06740.114-0.8189-0.1223-0.3069-70.102-40.5952.007
36.52971.4231-4.76934.954.775316.5510.88890.8768-2.91810.8158-0.1439-0.22611.7805-0.3521-0.745-1.1084-0.1254-0.4127-0.98590.08370.2173-84.581-72.2679.518
45.4802-0.85010.56177.4685-2.07623.69150.39540.277-0.4122-0.3673-0.2120.0622-0.0667-0.2318-0.1834-1.03120.10430.055-0.7006-0.1814-0.3053-89.067-48.318-0.205
55.6977-0.0529-1.385315.36830.066111.8020.21710.53690.63271.0233-0.20620.8837-1.3774-0.3441-0.0109-0.7116-0.08390.0252-0.78950.0235-0.1877-36.827-28.82639.172
64.6161-0.5762-1.63012.73291.26472.81320.05050.64670.3012-0.1858-0.2422-0.0999-0.29790.31730.1918-0.992-0.0835-0.1555-0.5490.0973-0.2943-18.735-42.1525.554
712.12911.9883-0.68794.84821.557618.68170.1924-0.5885-0.05790.2824-0.30340.42760.9643-1.3940.111-0.7102-0.0963-0.0183-0.5828-0.1116-0.3395-49.738-54.54237.425
85.94030.4134-1.12082.1910.5494.00650.2314-0.0232-0.45820.2952-0.1653-0.21470.29980.605-0.0662-0.78850.0762-0.1185-0.6829-0.0755-0.3413-27.12-61.15125.737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC2 - 472 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2AC48 - 18748 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3BA3 - 473 - 47
4X-RAY DIFFRACTION4BA48 - 18748 - 187
5X-RAY DIFFRACTION5DB2 - 472 - 47
6X-RAY DIFFRACTION6DB48 - 18748 - 187
7X-RAY DIFFRACTION7ED2 - 472 - 47
8X-RAY DIFFRACTION8ED48 - 18748 - 187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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