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- PDB-5dzl: Crystal structure of the protein human CEACAM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dzl
タイトルCrystal structure of the protein human CEACAM1
要素Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
キーワードCELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / negative regulation of hepatocyte proliferation / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / filamin binding ...regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / negative regulation of hepatocyte proliferation / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / filamin binding / regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of endothelial cell migration / negative regulation of granulocyte differentiation / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / insulin catabolic process / Fibronectin matrix formation / common myeloid progenitor cell proliferation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of vasculogenesis / negative regulation of platelet aggregation / bile acid transmembrane transporter activity / negative regulation of vascular permeability / regulation of immune system process / wound healing, spreading of cells / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / microvillus membrane / bile acid and bile salt transport / transport vesicle membrane / blood vessel development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / tertiary granule membrane / lateral plasma membrane / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / specific granule membrane / regulation of cell migration / protein tyrosine kinase binding / basal plasma membrane / negative regulation of protein kinase activity / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / adherens junction / regulation of cell growth / kinase binding / cellular response to insulin stimulus / cell junction / cell-cell junction / cell migration / actin binding / protein phosphatase binding / angiogenesis / calmodulin binding / protein dimerization activity / cell adhesion / apical plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell adhesion molecule CEACAM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4006 Å
データ登録者Huang, Y.H. / Russell, A. / Gandhi, A.K. / Kondo, Y. / Chen, Q. / Petsko, G.A. / Blumberg, R.S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: CEACAM1 regulates TIM-3-mediated tolerance and exhaustion.
著者: Huang, Y.H. / Zhu, C. / Kondo, Y. / Anderson, A.C. / Gandhi, A. / Russell, A. / Dougan, S.K. / Petersen, B.S. / Melum, E. / Pertel, T. / Clayton, K.L. / Raab, M. / Chen, Q. / Beauchemin, N. / ...著者: Huang, Y.H. / Zhu, C. / Kondo, Y. / Anderson, A.C. / Gandhi, A. / Russell, A. / Dougan, S.K. / Petersen, B.S. / Melum, E. / Pertel, T. / Clayton, K.L. / Raab, M. / Chen, Q. / Beauchemin, N. / Yazaki, P.J. / Pyzik, M. / Ostrowski, M.A. / Glickman, J.N. / Rudd, C.E. / Ploegh, H.L. / Franke, A. / Petsko, G.A. / Kuchroo, V.K. / Blumberg, R.S.
履歴
登録2015年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年10月7日ID: 4QYC
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
C: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
D: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9454
ポリマ－47,9454
非ポリマー00
水00
1
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9722
ポリマ－23,9722
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10140 Å2
手法PISA
2
C: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
D: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9722
ポリマ－23,9722
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.760, 75.760, 147.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 / Biliary glycoprotein 1 / BGP-1


分子量: 11986.249 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM1, BGP, BGP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13688

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris 8.0, 25% PEG 3350, 12% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月10日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→36.88 Å / Num. obs: 6397 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.4→3.72 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. measured obs: 1474 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QXW

4qxw


解像度: 3.4006→36.855 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2877 291 4.63 %
Rwork0.2321 5998 -
obs0.2346 6289 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.79 Å2 / Biso mean: 33.3492 Å2 / Biso min: 14.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4006→36.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3366 0 0 0 3366
残基数----429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9084684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004621
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1331238
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4006-4.28330.31471440.2762877302198
4.2833-36.85710.26371470.19731213268100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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