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万見
- PDB-7lr4: Complex of Fab 2/1.12 with domain 3 of P. berghei HAP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lr4
タイトルComplex of Fab 2/1.12 with domain 3 of P. berghei HAP2
要素
  • (D3_2/1.12 Fab ...) x 2
  • Hapless 2
キーワードCELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM / transmission-blocking malaria vaccine / membrane fusion / gamete fusogen / monoclonal antibody / SURFACTANT PROTEIN / CELL ADHESION / CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性HAP2/GCS1 / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / fertilization / plasma membrane => GO:0005886 / lipid binding / plasma membrane / Hapless 2
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Feng, J. / Dong, X.C. / Su, Y. / Lu, X.F. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structural basis of malaria transmission blockade by a monoclonal antibody to gamete fusogen HAP2.
著者: Feng, J. / Dong, X. / DeCosta, A. / Su, Y. / Angrisano, F. / Sala, K.A. / Blagborough, A.M. / Lu, C. / Springer, T.A.
履歴
登録2021年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: D3_2/1.12 Fab heavy chain
L: D3_2/1.12 Fab light chain
A: D3_2/1.12 Fab heavy chain
B: D3_2/1.12 Fab light chain
C: Hapless 2
D: Hapless 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,41313
ポリマ－123,6426
非ポリマー7727
水6,377354
1
H: D3_2/1.12 Fab heavy chain
L: D3_2/1.12 Fab light chain
D: Hapless 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2086
ポリマ－61,8213
非ポリマー3873
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area24680 Å2
手法PISA
2
A: D3_2/1.12 Fab heavy chain
B: D3_2/1.12 Fab light chain
C: Hapless 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2057
ポリマ－61,8213
非ポリマー3844
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5800 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area24160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.880, 187.100, 74.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Hapless 2 / Generative cell specific-1


分子量: 13865.662 Da / 分子数: 2 / Mutation: N516T, S533N, N539Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
遺伝子: HAP2, GCS1, PB000710.01.0 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4YCF6

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抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体 D3_2/1.12 Fab heavy chain


分子量: 24236.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 D3_2/1.12 Fab light chain


分子量: 23719.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 361分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris pH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 68138 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.55 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 8.42
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.69 % / Rmerge(I) obs: 1.53 / Mean I/σ(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 4935 / CC1/2: 0.109 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XSCALEデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A6D

2a6d


解像度: 2.1→47.685 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2309 2000 2.94 %
Rwork0.1887 --
obs0.1899 68128 98.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8151 0 42 354 8547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55611489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9735018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031451
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.15260.39281400.37014612X-RAY DIFFRACTION97
2.1526-2.21080.36981420.33984729X-RAY DIFFRACTION98
2.2108-2.27580.35271430.31614694X-RAY DIFFRACTION98
2.2758-2.34930.33351420.3084689X-RAY DIFFRACTION98
2.3493-2.43320.36021430.31374770X-RAY DIFFRACTION98
2.4332-2.53070.36131410.29194656X-RAY DIFFRACTION98
2.5307-2.64580.33571430.26464715X-RAY DIFFRACTION98
2.6458-2.78530.28791430.24064727X-RAY DIFFRACTION98
2.7853-2.95980.28421430.22694765X-RAY DIFFRACTION99
2.9598-3.18830.27611440.20594723X-RAY DIFFRACTION99
3.1883-3.5090.23161420.18514729X-RAY DIFFRACTION99
3.509-4.01660.22021440.16044746X-RAY DIFFRACTION98
4.0166-5.05960.14641440.12134751X-RAY DIFFRACTION99
5.0596-47.6850.17671460.15064822X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0153-0.0675-0.18083.1559-1.47343.42240.1183-0.0357-0.09250.1206-0.2764-0.26950.25020.3320.14140.59490.0672-0.12750.4814-0.04260.4545.06432.666-2.516
21.25931.99961.40874.93821.04612.66980.2496-0.1128-0.0590.5924-0.48440.34720.8141-0.32140.26020.7399-0.00560.15480.5043-0.10170.6508-11.8324.059-3.416
31.42281.7147-0.69735.15310.28391.1977-0.0780.3631-0.0177-0.8519-0.03760.6834-0.1434-0.22740.10790.76580.181-0.23180.5188-0.08410.5402-7.64230.08-21.394
43.03310.72270.89992.93640.82386.5983-0.0948-0.84940.40830.4588-0.82931.4176-0.0675-1.58220.57470.6717-0.09140.2090.9715-0.53541.2673-27.9937.784-5.952
56.5866-0.09721.81118.1651-0.59548.5093-0.1695-0.44890.50780.9730.1739-0.3426-0.32360.4652-0.04380.54270.0549-0.13240.5425-0.00350.44810.74254.096-15.9
66.4640.69960.18946.22960.56537.61810.01750.3392-0.5593-0.1310.0008-0.80491.06490.0855-0.02340.66090.0623-0.04940.46890.08270.56213.993-61.087-18.56
71.25780.27040.78773.418-0.78324.33720.07940.0622-0.13990.12660.0194-0.37110.01530.1984-0.07510.3137-0.0085-0.03520.45240.00460.401610.768-39.245-32.644
86.8202-1.7696-4.76044.60582.21147.30040.4256-0.16910.89320.0287-0.11250.1513-0.49160.2346-0.27490.3716-0.08170.05610.40540.01520.5085-8.882-8.664-37.591
93.8761-3.1697-1.44725.58571.7412.1566-0.1195-0.1718-0.30840.6088-0.03790.27930.3565-0.3290.18850.5046-0.0822-0.00080.49180.06060.3714-4.246-40.394-16.959
105.05550.2226-0.6313.5515-2.888.08860.02230.73860.7472-0.29020.1740.2835-0.0249-0.2997-0.20570.3253-0.03230.03920.41020.0710.4841-22.72-16.222-37.874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:108 )A2 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 109:213 )A109 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 1:119 )B1 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 120:212 )B120 - 212
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 502:613 )C502 - 613
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 502:612 )D502 - 612
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 1:119 )H1 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 120:221 )H120 - 221
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN L AND RESID 1:108 )L1 - 108
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 109:213 )L109 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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