PDB-7lr3: Complex of Fab 2/6.14 with domain 3 of P. berghei HAP2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lr3

タイトル

Complex of Fab 2/6.14 with domain 3 of P. berghei HAP2

要素

(D3_2/6.14 Fab ...) x 2
(Hapless 2) x 2

キーワード

SURFACTANT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / transmission-blocking malaria vaccine / membrane fusion / gamete fusogen / monoclonal antibody / SURFACTANT PROTEIN / SURFACTANT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

HAP2/GCS1 / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / fertilization / plasma membrane => GO:0005886 / lipid binding / plasma membrane / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Hapless 2

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Feng, J. / Dong, X.C. / Lu, C.F. / Springer, T.A.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structural basis of malaria transmission blockade by a monoclonal antibody to gamete fusogen HAP2.
著者: Feng, J. / Dong, X. / DeCosta, A. / Su, Y. / Angrisano, F. / Sala, K.A. / Blagborough, A.M. / Lu, C. / Springer, T.A.

履歴

登録	2021年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年1月19日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lr3.cif.gz	530.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lr3.ent.gz	447.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lr3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7lr3_validation.pdf.gz	509.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lr3_full_validation.pdf.gz	542 KB	表示
XML形式データ	7lr3_validation.xml.gz	40.4 KB	表示
CIF形式データ	7lr3_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lr4C 2a6dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nmv-d 6txz-3 5d71-d 7elx-2 2o1w-2 7elx-1 6nmt-d 6p4b-1 4ffz-1 3r1x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: D3_2/6.14 Fab light chain

H: D3_2/6.14 Fab heavy chain

D: Hapless 2

C: Hapless 2

A: D3_2/6.14 Fab heavy chain

B: D3_2/6.14 Fab light chain

ヘテロ分子

124 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: D3_2/6.14 Fab light chain

H: D3_2/6.14 Fab heavy chain

D: Hapless 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
62.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Hapless 2

A: D3_2/6.14 Fab heavy chain

B: D3_2/6.14 Fab light chain

登録者が定義した集合体
62 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.250, 122.580, 168.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	16
Space group name H-M	P222

-
タンパク質 , 2種, 2分子 DC

#3: タンパク質	Hapless 2 / Generative cell specific-1 分子量: 13897.661 Da / 分子数: 1 / Mutation: N516T, S533N, N539Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫) 遺伝子: HAP2, GCS1, PB000710.01.0 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4YCF6
#4: タンパク質	Hapless 2 / Generative cell specific-1 分子量: 13865.662 Da / 分子数: 1 / Mutation: N516T, S533N, N539Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫) 遺伝子: HAP2, GCS1, PB000710.01.0 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4YCF6

-
抗体 , 2種, 4分子 LBHA

#1: 抗体	D3_2/6.14 Fab light chain 分子量: 23633.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	D3_2/6.14 Fab heavy chain 分子量: 24540.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 20分子

#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.23 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10 mM HEPES, 20 mM Proline

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 40463 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/av σ(I): 8.42 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 4935 / CC_1/2: 0.109 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XSCALE		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2A6D

2a6d

解像度: 2.8→42.767 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 38.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2918	1263	3.14 %
R_work	0.2529	-	-
obs	0.2541	40262	98.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.767 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7945	0	22	18	7985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10586
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.548	14375
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.6	6303
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1607
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1811

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.9121	0.4514	137	0.3651	4223	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9121-3.0446	0.4077	138	0.3365	4241	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0446-3.2051	0.3626	137	0.3035	4261	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2051-3.4058	0.3133	139	0.2793	4289	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4058-3.6686	0.2937	140	0.2573	4310	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6686-4.0375	0.3217	140	0.2495	4340	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0375-4.6212	0.2631	142	0.2258	4366	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6212-5.8199	0.2499	142	0.2297	4407	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8199-42.767	0.2842	148	0.2504	4562	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7561	0.8464	-1.1824	7.7426	-1.0353	2.9026	-0.1473	-0.6474	-0.2129	0.4679	0.3623	-0.3953	-0.0564	0.0215	-0.1599	0.331	0.0833	-0.0478	1.0928	-0.3995	0.5755	10.7172	8.111	33.7464
2	1.98	1.6682	-1.4309	8.6703	1.4324	7.8985	-0.1535	-0.9761	0.1321	0.5759	0.3634	-0.1833	-0.1062	-0.694	-0.2078	0.4701	0.1123	-0.1208	1.0393	-0.1804	0.421	10.6292	6.1384	37.024
3	8.1868	-0.9129	0.2332	0.1878	-0.3409	1.3147	0.132	0.0066	-1.8221	-0.0161	-0.0281	0.3519	0.3656	0.2435	-0.2143	0.6032	-0.0042	-0.0565	1.8231	-1.132	2.4952	-12.684	25.8361	57.7618
4	2.5637	-3.4212	0.4275	4.5853	-0.6779	5.3032	0.2122	-0.2116	0.7515	-0.2753	0.0716	-0.3256	-0.7822	0.1841	-0.2275	0.6126	-0.0671	0.1829	0.5327	-0.1627	1.0789	7.9518	26.9899	21.9612
5	8.171	-2.4716	-0.3035	1.2743	-0.2116	4.0523	0.1898	0.1882	0.5887	-0.3116	-0.1018	-0.4604	-0.5109	-0.1251	-0.043	0.4656	-0.0082	0.1357	0.6684	-0.3852	1.2058	7.3137	23.8996	23.9905
6	8.0461	0.3817	2.3618	1.893	-0.6551	1.226	0.381	0.1013	0.4527	0.1588	-0.5018	0.3279	-0.1097	0.2763	0.073	0.6062	0.0369	0.0108	2.1981	-1.2146	1.8468	-3.2036	36.6347	51.0068
7	1.8008	-3.0939	-2.1768	5.6926	2.6926	5.5985	-0.5756	0.0427	-2.0477	0.592	0.3111	-0.1555	0.8488	0.5278	0.2524	0.7299	0.1482	-0.1273	1.0071	-0.5193	2.1267	26.739	30.5529	67.5744
8	2.1093	-0.8218	-1.3249	0.6178	0.5583	1.3401	-0.057	0.2251	-0.5659	0.1224	-0.101	0.3351	0.3136	0.364	-0.0019	0.7449	0.3302	-0.0429	1.9081	-1.6299	2.947	49.7175	14.6863	42.8003
9	2.546	-1.7718	-1.308	2.1196	0.658	2.0016	0.0738	0.9669	-0.4286	-0.3449	0.0757	-0.6242	-0.2693	0.1661	-0.2206	0.5196	0.1433	0.0537	1.5999	-0.7409	1.1699	29.0098	47.2083	53.2347
10	2.3833	-0.796	-0.2342	0.6736	-0.1772	0.4946	0.3706	0.7385	-0.7078	-0.3248	-0.0648	0.539	0.294	-0.0043	0.142	0.4214	0.3214	-0.3146	2.2304	-1.5708	2.7134	39.2928	25.2692	35.2958
11	2.0766	2.6657	-0.5064	9.3734	-0.8598	9.0383	0.6451	0.0984	0.4913	-0.1274	-0.3457	-0.5318	-1.0261	1.3322	-0.282	0.5832	0.0871	0.1041	0.8428	-0.1224	0.6798	17.5474	62.0769	72.4451
12	6.1922	-2.506	-4.0283	7.6587	-2.2271	4.8751	0.8277	1.0717	-0.0237	-1.1251	-0.2972	-0.3183	-0.1699	0.9556	-0.5106	0.7354	0.0726	0.1176	1.1337	-0.3472	0.815	23.775	12.8003	4.8206
13	8.9046	-4.4777	-2.8887	8.1968	-0.9477	1.9084	0.9767	1.6454	0.1137	-1.4496	-0.0798	-0.3942	0.0864	0.9275	-0.8687	0.9395	0.2574	0.1312	1.0846	-0.4344	1.0991	23.0748	8.5829	8.1084

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain B and resseq 1:106 and altloc A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and resseq 1:106 and altloc B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and resseq 107:211
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resseq 1:119 and altloc A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resseq 1:119 and altloc B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resseq 120:219
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain L and resseq 1:106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain L and resseq 107:210
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain H and resseq 1:119
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain H and resseq 120:216
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain C and altloc A
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain C and altloc B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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