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- PDB-3r1x: Crystal structure of 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase from Klebsie... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r1x
タイトルCrystal structure of 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase from Klebsiella pneumoniae
要素2-oxo-3-deoxygalactonate kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase / 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase / 2-keto-3-deoxygalactonate kinase / DeLey-Doudoroff pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxygalactonokinase activity / D-galactonate catabolic process
類似検索 - 分子機能
2-keto-3-deoxy-galactonokinase, substrate binding domain / 2-keto-3-deoxy-galactonokinase, C-terminal domain / 2-keto-3-deoxy-galactonokinase / 2-keto-3-deoxy-galactonokinase, C-terminal domain / 2-keto-3-deoxy-galactonokinase, N-terminal / 2-keto-3-deoxy-galactonokinase / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.093 Å
データ登録者Michalska, K. / Cuff, M.E. / Tesar, C. / Feldmann, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structure of 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase from Klebsiella pneumoniae.
著者: Michalska, K. / Cuff, M.E. / Tesar, C. / Feldmann, B. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2011年6月15日ID: 3NUW
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32011年9月21日Group: Other
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase
B: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase
C: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase
D: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,44225
ポリマ－126,6924
非ポリマー1,75021
水9,728540
1
A: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase
B: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,35914
ポリマ－63,3462
非ポリマー1,01312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area23490 Å2
手法PISA
2
C: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase
D: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,08311
ポリマ－63,3462
非ポリマー7379
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16060 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area42720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.509, 134.026, 139.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
2-oxo-3-deoxygalactonate kinase


分子量: 31673.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: dgoK, KPN78578_40560, KPN_04097 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21, pRK1037 / 参照: UniProt: A6TFZ6, 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M magnesium formate, 15%(w/v) PEG3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792064 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792064 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.093→50 Å / Num. all: 95105 / Num. obs: 94834 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.093→2.14 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4700 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.093→35.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 8.316 / SU ML: 0.099 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19915 1902 2 %RANDOM
Rwork0.17398 ---
all0.17448 94473 --
obs0.17448 94473 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2---0.82 Å20 Å2
3---1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.093→35.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8795 0 114 540 9449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0219438
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.95412863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95315255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12451237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.21123.079406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.758151448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8481586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6471.56026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1791.52479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1729638
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10233412
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2524.53221
LS精密化 シェル解像度: 2.093→2.147 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 166 -
Rwork0.234 6482 -
obs-6482 95.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.574-0.00420.3036.17541.93264.40380.0538-0.064-0.16530.2523-0.0901-0.16050.037-0.07150.03630.0832-0.0193-0.02670.09660.0290.137166.8041121.340534.6966
21.23531.15261.109211.09043.84426.0511-0.0457-0.2028-0.14010.39820.0934-0.51850.00260.4069-0.04770.198-0.0482-0.06690.19910.03660.225674.2954128.373141.4875
33.3263-0.1492.49522.2287-1.0484.8360.05160.17140.0766-0.1897-0.1501-0.2609-0.28270.18430.09850.0987-0.01540.06520.0873-0.00450.111267.6432134.569324.9509
47.3485-4.19331.0465.7978-0.84381.56040.04950.18590.141-0.1356-0.1538-0.3469-0.08080.11980.10430.111-0.02560.04370.0751-0.02360.053464.1478136.551122.8985
51.4072-0.7393-1.05141.46480.68461.2832-0.0292-0.0586-0.19360.033-0.03110.2410.0522-0.00740.06030.1065-0.0128-0.00260.1042-0.01330.135140.9235136.881232.6631
68.2913-2.58340.42473.26950.39370.77840.06650.3388-0.1581-0.1998-0.19320.4040.0764-0.12010.12670.1805-0.0360.00680.1198-0.04970.141148.8374125.676324.3955
71.5376-1.67140.95888.4279-1.20863.83310.0209-0.01950.05450.1156-0.0645-0.2542-0.09230.17960.04350.1283-0.01790.03450.14320.03940.076831.8666173.55957.3656
82.221-3.3547-1.38958.52412.46293.5673-0.1549-0.2827-0.04260.49220.202-0.35320.10560.207-0.04710.21650.01690.00050.24080.07010.120133.4874165.988966.5175
92.3371.31361.90383.73073.56364.99860.0639-0.0718-0.3970.2903-0.12670.23920.4926-0.23550.06280.1524-0.00190.08480.13590.06390.194824.0498158.249955.0314
101.10210.0595-0.52482.77140.10892.47990.0445-0.0434-0.2130.1456-0.04990.2553-0.0207-0.21140.00540.08240.01490.03570.12910.00860.209421.9627161.366145.9709
113.9294-0.4511-0.88281.35530.25380.79710.0644-0.03740.1087-0.0678-0.04280.016-0.14490.0455-0.02160.13020.0160.00510.0682-0.00370.05843.4827155.757132.316
122.9291-1.7295-3.06212.25961.99535.77130.19080.24880.0827-0.3168-0.17950.108-0.2087-0.1988-0.01130.15760.0340.00120.09410.0340.139230.6656168.614736.6121
1324.90012.9709-1.48373.1312-9.093128.78220.4871-1.9337-2.0653-0.68870.3590.09922.5057-1.3221-0.84610.8677-0.1372-0.02850.39270.21690.664153.3451112.677660.9175
143.767-1.3380.06757.4631.10833.9020.11740.0334-0.5161-0.1927-0.26240.40810.4929-0.39360.1450.2486-0.0272-0.00080.25960.00020.273750.625123.798250.4423
152.98380.61540.2392.04670.30081.59880.0372-0.1864-0.29690.3012-0.07420.08960.2904-0.22260.0370.2839-0.02320.01520.30980.07780.125257.8884134.70265.3703
162.10630.631-1.31231.52680.13832.2297-0.0906-0.0672-0.1717-0.00930.1281-0.32270.10450.1312-0.03750.08380.0235-0.03020.1687-0.02340.184576.3648146.073550.6053
172.4404-0.46483.47350.42531.24715.8450.0455-0.20550.39540.1140.1861-0.24620.46760.3139-0.23160.57510.0055-0.15470.50430.11170.359374.4626136.982370.3787
189.95235.63630.15146.0879-0.05921.0550.2074-0.4797-0.27960.4424-0.1394-0.21510.41220.1441-0.0680.34420.0937-0.03160.26850.1170.231369.5475128.465760.9865
194.2841-0.1953-0.14087.50280.54663.9374-0.06760.66690.4217-1.18010.06940.5785-0.5859-0.4505-0.00180.5718-0.0914-0.02390.46030.06750.286471.8888175.206825.3282
202.12760.3661-0.6984.7845-2.43544.484-0.07110.26040.176-0.3472-0.0073-0.4055-0.21140.37650.07840.2118-0.11890.09740.2711-0.09050.288785.7948169.015636.9148
212.45791.697-0.26073.5665-0.15651.356-0.11160.16260.2258-0.23530.2693-0.289-0.36220.1308-0.15770.1792-0.05950.04620.2133-0.05020.195577.7718169.382848.0636
225.68170.26022.12583.2810.52013.18780.05330.009-0.0573-0.04570.11510.17020.1548-0.4354-0.16840.12250.01080.06610.29120.04640.119158.8252158.273756.236
235.65571.0951-1.31013.7869-0.55322.08260.0575-0.05340.04030.16790.08810.18110.0025-0.2741-0.14570.11140.0261-0.00870.23530.00390.020661.2566155.849857.8035
241.35441.3978-2.18912.7772-3.00717.2987-0.0086-0.08030.29430.14450.0227-0.1487-0.6240.2336-0.01410.3138-0.00530.04760.1992-0.03870.3273.6992176.346149.1122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2A37 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3A57 - 87
4X-RAY DIFFRACTION4A88 - 121
5X-RAY DIFFRACTION5A122 - 238
6X-RAY DIFFRACTION6A239 - 292
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 32
8X-RAY DIFFRACTION8B33 - 58
9X-RAY DIFFRACTION9B59 - 82
10X-RAY DIFFRACTION10B83 - 135
11X-RAY DIFFRACTION11B136 - 238
12X-RAY DIFFRACTION12B239 - 292
13X-RAY DIFFRACTION13C1 - 5
14X-RAY DIFFRACTION14C6 - 75
15X-RAY DIFFRACTION15C76 - 148
16X-RAY DIFFRACTION16C149 - 238
17X-RAY DIFFRACTION17C239 - 249
18X-RAY DIFFRACTION18C250 - 292
19X-RAY DIFFRACTION19D1 - 75
20X-RAY DIFFRACTION20D76 - 121
21X-RAY DIFFRACTION21D122 - 168
22X-RAY DIFFRACTION22D169 - 198
23X-RAY DIFFRACTION23D199 - 239
24X-RAY DIFFRACTION24D240 - 292

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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