PDB-3r1x: Crystal structure of 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase from Klebsie...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r1x

タイトル

Crystal structure of 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase from Klebsiella pneumoniae

要素

2-oxo-3-deoxygalactonate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase / 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase / 2-keto-3-deoxygalactonate kinase / DeLey-Doudoroff pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

2-dehydro-3-deoxygalactonokinase activity / D-galactonate catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.093 Å

データ登録者

Michalska, K. / Cuff, M.E. / Tesar, C. / Feldmann, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structure of 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase from Klebsiella pneumoniae.
著者: Michalska, K. / Cuff, M.E. / Tesar, C. / Feldmann, B. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2011年6月15日	ID: 3NUW
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月10日	Group: Database references
改定 1.3	2011年9月21日	Group: Other
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3r1x.ent.gz	407.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	3r1x_validation.pdf.gz	474.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r1x_full_validation.pdf.gz	488 KB	表示
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CIF形式データ	3r1x_validation.cif.gz	76.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/3r1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/3r1x	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6nmv-d 1o89-1 6bt9-2 2o1w-2 3c0b-2 4o8k-d 1gle-d 3cet-d 6txz-4 4i77-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC38818 TargetDB: APC106681

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase

B: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase

C: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase

D: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase

ヘテロ分子

128 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase

B: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase

D: 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.1 kDa, 2 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.509, 134.026, 139.906
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	2-oxo-3-deoxygalactonate kinase 分子量: 31673.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) 株: ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: dgoK, KPN78578_40560, KPN_04097 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21, pRK1037 / 参照: UniProt: A6TFZ6, 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID 分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.12 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M magnesium formate, 15%(w/v) PEG3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792064 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792064 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.093→50 Å / Num. all: 95105 / Num. obs: 94834 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 29.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.093→2.14 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4700 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELX		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.093→35.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 8.316 / SU ML: 0.099 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19915	1902	2 %	RANDOM
R_work	0.17398	-	-	-
all	0.17448	94473	-	-
obs	0.17448	94473	99.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.093→35.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8795	0	114	540	9449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	9438
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.476	1.954	12863
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.95	3	15255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.124	5	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.211	23.079	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.758	15	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.848	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	10804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.647	1.5	6026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.179	1.5	2479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.17	2	9638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.102	3	3412
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.252	4.5	3221

LS精密化シェル

解像度: 2.093→2.147 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	166	-
R_work	0.234	6482	-
obs	-	6482	95.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.574	-0.0042	0.303	6.1754	1.9326	4.4038	0.0538	-0.064	-0.1653	0.2523	-0.0901	-0.1605	0.037	-0.0715	0.0363	0.0832	-0.0193	-0.0267	0.0966	0.029	0.1371	66.8041	121.3405	34.6966
2	1.2353	1.1526	1.1092	11.0904	3.8442	6.0511	-0.0457	-0.2028	-0.1401	0.3982	0.0934	-0.5185	0.0026	0.4069	-0.0477	0.198	-0.0482	-0.0669	0.1991	0.0366	0.2256	74.2954	128.3731	41.4875
3	3.3263	-0.149	2.4952	2.2287	-1.048	4.836	0.0516	0.1714	0.0766	-0.1897	-0.1501	-0.2609	-0.2827	0.1843	0.0985	0.0987	-0.0154	0.0652	0.0873	-0.0045	0.1112	67.6432	134.5693	24.9509
4	7.3485	-4.1933	1.046	5.7978	-0.8438	1.5604	0.0495	0.1859	0.141	-0.1356	-0.1538	-0.3469	-0.0808	0.1198	0.1043	0.111	-0.0256	0.0437	0.0751	-0.0236	0.0534	64.1478	136.5511	22.8985
5	1.4072	-0.7393	-1.0514	1.4648	0.6846	1.2832	-0.0292	-0.0586	-0.1936	0.033	-0.0311	0.241	0.0522	-0.0074	0.0603	0.1065	-0.0128	-0.0026	0.1042	-0.0133	0.1351	40.9235	136.8812	32.6631
6	8.2913	-2.5834	0.4247	3.2695	0.3937	0.7784	0.0665	0.3388	-0.1581	-0.1998	-0.1932	0.404	0.0764	-0.1201	0.1267	0.1805	-0.036	0.0068	0.1198	-0.0497	0.1411	48.8374	125.6763	24.3955
7	1.5376	-1.6714	0.9588	8.4279	-1.2086	3.8331	0.0209	-0.0195	0.0545	0.1156	-0.0645	-0.2542	-0.0923	0.1796	0.0435	0.1283	-0.0179	0.0345	0.1432	0.0394	0.0768	31.8666	173.559	57.3656
8	2.221	-3.3547	-1.3895	8.5241	2.4629	3.5673	-0.1549	-0.2827	-0.0426	0.4922	0.202	-0.3532	0.1056	0.207	-0.0471	0.2165	0.0169	0.0005	0.2408	0.0701	0.1201	33.4874	165.9889	66.5175
9	2.337	1.3136	1.9038	3.7307	3.5636	4.9986	0.0639	-0.0718	-0.397	0.2903	-0.1267	0.2392	0.4926	-0.2355	0.0628	0.1524	-0.0019	0.0848	0.1359	0.0639	0.1948	24.0498	158.2499	55.0314
10	1.1021	0.0595	-0.5248	2.7714	0.1089	2.4799	0.0445	-0.0434	-0.213	0.1456	-0.0499	0.2553	-0.0207	-0.2114	0.0054	0.0824	0.0149	0.0357	0.1291	0.0086	0.2094	21.9627	161.3661	45.9709
11	3.9294	-0.4511	-0.8828	1.3553	0.2538	0.7971	0.0644	-0.0374	0.1087	-0.0678	-0.0428	0.016	-0.1449	0.0455	-0.0216	0.1302	0.016	0.0051	0.0682	-0.0037	0.058	43.4827	155.7571	32.316
12	2.9291	-1.7295	-3.0621	2.2596	1.9953	5.7713	0.1908	0.2488	0.0827	-0.3168	-0.1795	0.108	-0.2087	-0.1988	-0.0113	0.1576	0.034	0.0012	0.0941	0.034	0.1392	30.6656	168.6147	36.6121
13	24.9001	2.9709	-1.4837	3.1312	-9.0931	28.7822	0.4871	-1.9337	-2.0653	-0.6887	0.359	0.0992	2.5057	-1.3221	-0.8461	0.8677	-0.1372	-0.0285	0.3927	0.2169	0.6641	53.3451	112.6776	60.9175
14	3.767	-1.338	0.0675	7.463	1.1083	3.902	0.1174	0.0334	-0.5161	-0.1927	-0.2624	0.4081	0.4929	-0.3936	0.145	0.2486	-0.0272	-0.0008	0.2596	0.0002	0.2737	50.625	123.7982	50.4423
15	2.9838	0.6154	0.239	2.0467	0.3008	1.5988	0.0372	-0.1864	-0.2969	0.3012	-0.0742	0.0896	0.2904	-0.2226	0.037	0.2839	-0.0232	0.0152	0.3098	0.0778	0.1252	57.8884	134.702	65.3703
16	2.1063	0.631	-1.3123	1.5268	0.1383	2.2297	-0.0906	-0.0672	-0.1717	-0.0093	0.1281	-0.3227	0.1045	0.1312	-0.0375	0.0838	0.0235	-0.0302	0.1687	-0.0234	0.1845	76.3648	146.0735	50.6053
17	2.4404	-0.4648	3.4735	0.4253	1.247	15.845	0.0455	-0.2055	0.3954	0.114	0.1861	-0.2462	0.4676	0.3139	-0.2316	0.5751	0.0055	-0.1547	0.5043	0.1117	0.3593	74.4626	136.9823	70.3787
18	9.9523	5.6363	0.1514	6.0879	-0.0592	1.055	0.2074	-0.4797	-0.2796	0.4424	-0.1394	-0.2151	0.4122	0.1441	-0.068	0.3442	0.0937	-0.0316	0.2685	0.117	0.2313	69.5475	128.4657	60.9865
19	4.2841	-0.1953	-0.1408	7.5028	0.5466	3.9374	-0.0676	0.6669	0.4217	-1.1801	0.0694	0.5785	-0.5859	-0.4505	-0.0018	0.5718	-0.0914	-0.0239	0.4603	0.0675	0.2864	71.8888	175.2068	25.3282
20	2.1276	0.3661	-0.698	4.7845	-2.4354	4.484	-0.0711	0.2604	0.176	-0.3472	-0.0073	-0.4055	-0.2114	0.3765	0.0784	0.2118	-0.1189	0.0974	0.2711	-0.0905	0.2887	85.7948	169.0156	36.9148
21	2.4579	1.697	-0.2607	3.5665	-0.1565	1.356	-0.1116	0.1626	0.2258	-0.2353	0.2693	-0.289	-0.3622	0.1308	-0.1577	0.1792	-0.0595	0.0462	0.2133	-0.0502	0.1955	77.7718	169.3828	48.0636
22	5.6817	0.2602	2.1258	3.281	0.5201	3.1878	0.0533	0.009	-0.0573	-0.0457	0.1151	0.1702	0.1548	-0.4354	-0.1684	0.1225	0.0108	0.0661	0.2912	0.0464	0.1191	58.8252	158.2737	56.236
23	5.6557	1.0951	-1.3101	3.7869	-0.5532	2.0826	0.0575	-0.0534	0.0403	0.1679	0.0881	0.1811	0.0025	-0.2741	-0.1457	0.1114	0.0261	-0.0087	0.2353	0.0039	0.0206	61.2566	155.8498	57.8035
24	1.3544	1.3978	-2.1891	2.7772	-3.0071	7.2987	-0.0086	-0.0803	0.2943	0.1445	0.0227	-0.1487	-0.624	0.2336	-0.0141	0.3138	-0.0053	0.0476	0.1992	-0.0387	0.32	73.6992	176.3461	49.1122

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	57 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	88 - 121
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	122 - 238
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	239 - 292
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 58
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	59 - 82
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	83 - 135
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	136 - 238
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	239 - 292
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	1 - 5
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	6 - 75
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	76 - 148
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	149 - 238
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	239 - 249
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	250 - 292
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	1 - 75
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	76 - 121
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	122 - 168
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	169 - 198
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	199 - 239
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	240 - 292

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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