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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lem | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRDT bound to LRRK2-IN-1 | ||||||
要素 | Bromodomain testis-specific protein | ||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Bromodomain (ブロモドメイン) / LRRK / kinase (キナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone reader activity / RNA splicing / lysine-acetylated histone binding / 転写後修飾 / histone binding / transcription coactivator activity ...sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone reader activity / RNA splicing / lysine-acetylated histone binding / 転写後修飾 / histone binding / transcription coactivator activity / クロマチンリモデリング / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å | ||||||
データ登録者 | Chan, A. / Karim, M.R. / Schonbrunn, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Differential BET Bromodomain Inhibition by Dihydropteridinone and Pyrimidodiazepinone Kinase Inhibitors. 著者: Karim, R.M. / Bikowitz, M.J. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Grassie, D. / Becker, A. / Berndt, N. / Gunawan, S. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lem.cif.gz | 117.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lem.ent.gz | 89.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lem.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/7lem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/7lem | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5v67C 5vboC 5vbpC 5vbqC 5vbrC 7bjyC 7k6gC 7k6hC 7ko0C 7l6dC 7l72C 7l73SC 7l9gC 7l9jC 7l9kC 7l9lC 7lahC 7laiC 7lajC 7lakC 7lauC 7layC 7lazC 7lb4C 7lbtC 7lejC 7lekC 7lelC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13319.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58F21 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), and 30 % w/v PEG 8,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.89→35.25 Å / Num. obs: 23495 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.645 % / Biso Wilson estimate: 34.851 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 17.14 / Num. measured all: 85628 / Scaling rejects: 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7L73 解像度: 1.89→35.25 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.52 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.96 Å2 / Biso mean: 44.6938 Å2 / Biso min: 18.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.89→35.25 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -8.1012 Å / Origin y: -2.6173 Å / Origin z: -21.4932 Å
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精密化 TLSグループ |
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