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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lay | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to SG3-179 | ||||||
要素 | Bromodomain-containing protein 3 | ||||||
キーワード | GENE REGULATION/INHIBITOR / BET / ERK5 / dual BRD-kinase inhibitor / GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / GENE REGULATION-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / lysine-acetylated histone binding / chromatin organization / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Karim, M.R. / Bikowitz, M.J. / Schonbrunn, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Differential BET Bromodomain Inhibition by Dihydropteridinone and Pyrimidodiazepinone Kinase Inhibitors. 著者: Karim, R.M. / Bikowitz, M.J. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Grassie, D. / Becker, A. / Berndt, N. / Gunawan, S. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lay.cif.gz | 126.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lay.ent.gz | 95.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lay.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7lay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7lay | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5v67C 5vboC 5vbpC 5vbqC 5vbrC 7bjyC 7k6gC 7k6hC 7ko0C 7l6dC 7l72C 7l73C 7l9gC 7l9jC 7l9kC 7l9lC 7lahC 7laiC 7lajC 7lakC 7lauC 7lazC 7lb4C 7lbtC 7lejC 7lekC 7lelC 7lemC 3nxbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14586.843 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15059 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.25 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25 % w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月28日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→100 Å / Num. obs: 49274 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 14.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 6.715 / Net I/σ(I): 20.5 / Num. measured all: 185069 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3NXB 解像度: 1.45→42.729 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.48 Å2 / Biso mean: 18.2637 Å2 / Biso min: 9.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→42.729 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -23.6044 Å / Origin y: 7.0484 Å / Origin z: -13.0226 Å
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精密化 TLSグループ |
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