PDB-7lau: Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD2 bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lau

タイトル

Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD2 bound to ERK5-IN-1

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

GENE REGULATION / BET / ERK5 / dual BRD-kinase inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

chromosome / chromatin organization / nuclear speck / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Karim, M.R. / Bikowitz, M. / Schonbrunn, E.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Differential BET Bromodomain Inhibition by Dihydropteridinone and Pyrimidodiazepinone Kinase Inhibitors.
著者: Karim, R.M. / Bikowitz, M.J. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Grassie, D. / Becker, A. / Berndt, N. / Gunawan, S. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E.

履歴

登録	2021年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年11月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lau.cif.gz	63.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lau.ent.gz	44.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lau.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lau_validation.pdf.gz	647.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lau_full_validation.pdf.gz	649.9 KB	表示
XML形式データ	7lau_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	7lau_validation.cif.gz	9.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7lau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7lau	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v67C 5vboC 5vbpC 5vbqC 5vbrC 7bjyC 7k6gC 7k6hC 7ko0C 7l6dC 7l72C 7l73C 7l9gC 7l9jC 7l9kC 7l9lC 7lahSC 7laiC 7lajC 7lakC 7layC 7lazC 7lb4C 7lbtC 7lejC 7lekC 7lelC 7lemC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ahi-d 6fff-d 1pbj-d 7lbt-2 4a9k-2 3i3j-8 3i3j-6 5mpz-d 7d3d-1 5mpk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.740, 80.840, 55.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 分子量: 14471.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U3KQA6
#2: 化合物	ChemComp-VYJ / 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one 分子量: 638.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₄₆N₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25 % w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→44.171 Å / Num. obs: 4838 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.109 % / B_iso Wilson estimate: 28.57 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.135 / R_rim(I) all: 0.145 / Χ²: 0.921 / Net I/σ(I): 13.82 / Num. measured all: 34394 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.46	7.322	0.652	3.57	2453	342	335	0.866	0.701	98
2.46-2.53	7.195	0.688	3.33	2504	356	348	0.864	0.741	97.8
2.53-2.6	7.241	0.487	4.66	2288	319	316	0.921	0.524	99.1
2.6-2.68	7.217	0.456	4.76	2396	339	332	0.918	0.492	97.9
2.68-2.77	7.228	0.374	5.66	2248	313	311	0.955	0.402	99.4
2.77-2.87	7.217	0.307	6.77	2158	304	299	0.971	0.331	98.4
2.87-2.98	7.221	0.249	8.18	2152	301	298	0.977	0.268	99
2.98-3.1	7.192	0.233	8.51	2064	291	287	0.983	0.251	98.6
3.1-3.24	7.272	0.183	10.5	1978	272	272	0.99	0.197	100
3.24-3.39	7.182	0.14	13.48	1896	266	264	0.991	0.15	99.2
3.39-3.58	7.167	0.105	17.6	1720	242	240	0.995	0.114	99.2
3.58-3.8	7.1	0.084	21.71	1768	249	249	0.996	0.091	100
3.8-4.06	7.083	0.063	27.05	1629	233	230	0.998	0.068	98.7
4.06-4.38	7.144	0.054	30.36	1493	209	209	0.999	0.058	100
4.38-4.8	6.964	0.057	30.38	1372	198	197	0.997	0.062	99.5
4.8-5.37	6.91	0.061	25.37	1223	177	177	0.999	0.066	100
5.37-6.2	6.877	0.068	24.41	1121	164	163	0.998	0.074	99.4
6.2-7.59	6.684	0.063	25.66	889	134	133	0.998	0.069	99.3
7.59-10.73	6.345	0.036	37.16	698	111	110	0.999	0.039	99.1
10.73-44.171	5.059	0.035	33.08	344	72	68	0.999	0.039	94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4085	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LAH

7lah

解像度: 2.4→44.17 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2497	484	10.01 %
R_work	0.2034	4351	-
obs	0.208	4835	98.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.97 Å² / B_iso mean: 34.1954 Å² / B_iso min: 20.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→44.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	900	0	47	27	974
B_iso mean	-	-	44.58	28.53	-
残基数	-	-	-	-	108

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.75	0.2837	156	0.2501	1401	1557	98
2.75-3.46	0.2686	160	0.2319	1445	1605	99
3.46-44.17	0.227	168	0.1717	1505	1673	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8964	-0.3766	-0.4554	4.0663	-0.4224	4.1853	0.0221	0.3727	-0.4409	0.0232	-0.3435	0.4485	0.5432	-0.2248	0.2131	0.3231	-0.0418	0.1219	0.2206	-0.0533	0.4078	-12.222	-18.313	14.749
2	2.8213	-0.4787	0.6158	4.1117	-0.6413	3.8347	0.1429	-0.1295	0.185	-0.1949	-0.1158	0.4648	0.1123	-0.3631	-0.0277	0.1789	0.0586	0.0397	0.232	-0.0138	0.2178	-15.894	2.022	16.233
3	3.7575	1.1111	-0.4116	7.5968	-0.6384	3.7172	0.0485	0.3436	-0.2088	-0.7396	-0.2093	-0.0774	-0.5088	-0.1623	0.0641	0.3212	0.0482	0.0333	0.2528	-0.0315	0.2227	-9.833	3.537	5.527
4	2.2128	1.8719	-0.5053	6.9196	1.3343	5.4752	-0.3883	0.1237	-0.5818	0.0512	-0.497	1.1673	0.3654	-0.9398	-0.0843	0.2512	-0.0833	0.0968	0.2588	-0.012	0.4859	-16.815	-11.139	8.845
5	2.8135	-0.0876	-0.7007	5.0647	0.0628	2.7044	-0.1549	0.4268	-0.2682	-0.0197	0.0018	0.119	0.7042	0.2763	0.1057	0.2257	0.0365	0.0427	0.2775	0.0172	0.2393	-7.612	-8.229	8.038
6	7.0364	1.0296	0.6211	4.1086	-0.5046	5.4026	0.5207	-0.4237	0.9026	0.1244	-0.3036	-0.1171	-1.3583	0.3045	0.0636	0.3459	-0.0633	0.0412	0.27	-0.0305	0.3016	-3.851	9.001	19.777
7	3.5887	-0.8586	-0.6585	6.4517	0.6568	2.8104	0.0676	0.006	-0.1602	-0.2639	-0.0256	-0.5208	0.3318	0.1243	0.141	0.2746	-0.0131	0.0364	0.2429	0.0298	0.1403	-4.195	-11.688	18.313

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 76:91 )	A	76 - 91
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 92:112 )	A	92 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 113:122 )	A	113 - 122
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 123:131 )	A	123 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 132:155 )	A	132 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 156:160 )	A	156 - 160
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 161:183 )	A	161 - 183

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)