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- PDB-7lao: Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-IIb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lao
タイトルCrystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-IIb
要素Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
キーワードTRANSFERASE / AAC(3)-IIb / RESISTANCE / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / NIAID
機能・相同性aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / response to antibiotic / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
機能・相同性情報
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Osipiuk, J. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular rationale for the diversification of resistance mediated by the Antibiotic_NAT family.
著者: Stogios, P.J. / Bordeleau, E. / Xu, Z. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Chou, S. / Diorio-Toth, L. / D'Souza, A.W. / Patel, S. / Dantas, G. / Wright, G.D. / Savchenko, A.
履歴
登録2021年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2803
ポリマ－29,0181
非ポリマー2632
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.174, 61.434, 112.031
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III / ACC(3)-III / Aminocyclitol 3-N-acetyltransferase type III / Gentamicin-(3)-N-acetyl-transferase


分子量: 29017.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: aac3-Vb / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Gold
参照: UniProt: Q01515, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M citric acid, Bis-tris propane pH 6.4, 25% (w/v) PEG3350, 2 mM magnesium chloride, 1 mM tobramycin

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→40 Å / Num. obs: 22563 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 27.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 3.13 / Num. unique obs: 935 / CC1/2: 0.983 / Rpim(I) all: 0.159 / % possible all: 79.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3448精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6bc3

6bc3


解像度: 1.92→35.32 Å / SU ML: 0.2062 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3955
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2294 1127 5 %RANDOM
Rwork0.1798 21401 --
obs0.1823 22528 95.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→35.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2057 0 1 203 2261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01372110
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25972871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0815312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.02775
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-20.29371140.23582168X-RAY DIFFRACTION79.04
2-2.110.26721360.21312574X-RAY DIFFRACTION93.51
2.11-2.240.24841430.20152724X-RAY DIFFRACTION98.93
2.24-2.410.23181450.18892752X-RAY DIFFRACTION98.87
2.41-2.660.25041440.18342727X-RAY DIFFRACTION98.22
2.66-3.040.24991460.18722772X-RAY DIFFRACTION99.25
3.04-3.830.23071470.17382801X-RAY DIFFRACTION98.76
3.83-35.320.19791520.16272883X-RAY DIFFRACTION96.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88212744482-0.0567436969332-0.5810945238934.2340828814-0.1901722651361.31949495879-0.0304198993418-0.233853189725-0.121309390190.2200662984140.00674565043026-0.8294566453440.03703658606110.2622590170250.01630108734990.1719404309540.020911433072-0.0537320434980.2273474546860.02991987232590.51237691773611.1981267139-5.08674868365-22.6521052016
21.44068191053-0.2804733852-0.532227558020.59420394314-1.286033963173.93383852960.191564356859-1.69456120021.625403697911.864229868440.35084617124-0.329119013047-1.449299957550.634981784166-0.05958690675771.42326794125-0.0364237674243-0.2858158781850.985434859321-0.1968878798610.7061180559358.263817175679.646881025312.55001776015
33.158940076430.697990875978-0.1734333250443.6212580338-0.6373232708761.860974506790.0150138867053-0.3481891340260.3760451143490.6882559867370.0166769266041-0.206382591611-0.2749738905110.00851578730957-0.03481988392110.3233379628990.035637448428-0.04976949949940.19798743757-0.04419377632860.3805567153120.6718682133611.81904025641-15.3240171058
43.558302074571.114708840180.6854692506313.842460543531.36470949820.995195863667-0.656569851651-0.5227150758240.9666281387061.230334166480.7661307552740.0666899701395-1.442860911460.180166232363-0.06075370850651.2624337871-0.100172467946-0.1809274103530.466474954343-0.2467469903160.674386460806-1.0599655096210.184087108-3.77249816917
56.29947058181-0.497472185613-3.372301422764.027847326821.19578741424.60720659581-0.138796199361-0.370480622549-0.4501254424110.451375244828-0.02414280208280.2345366912350.137677709741-0.1529209880410.1759055791060.238572382380.0156048880976-0.004948415056670.1850079307150.0389482684670.44655642439-6.8301529316-13.3789891433-17.351831229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 68 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 69 through 92 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 189 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 190 through 211 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 212 through 269 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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