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Yorodumi- PDB-6mn4: Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-IVa,... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6mn4 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-IVa, H154A mutant, in complex with apramycin | |||||||||
Components | Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / ANTIBIOTIC_NAT FAMILY / ACETYLTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / COENZYME A / APRAMYCIN / AAC(3)-IVA / CSGID / TRANSFERASE / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationaminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / response to antibiotic / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | |||||||||
Authors | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Michalska, K. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2022Title: Structural and molecular rationale for the diversification of resistance mediated by the Antibiotic_NAT family. Authors: Stogios, P.J. / Bordeleau, E. / Xu, Z. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Chou, S. / Diorio-Toth, L. / D'Souza, A.W. / Patel, S. / Dantas, G. / Wright, G.D. / Savchenko, A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6mn4.cif.gz | 622.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6mn4.ent.gz | 518.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6mn4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6mn4_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6mn4_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
| Data in XML | 6mn4_validation.xml.gz | 67.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 6mn4_validation.cif.gz | 87.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/6mn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/6mn4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5ht0C ![]() 6mmzC ![]() 6mn0C ![]() 6mn3C ![]() 6mn5C ![]() 7kesC ![]() 7laoC ![]() 7lapC ![]() 3smaS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 28057.070 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: H154A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: aacC4, aac(3), aac(3)-IV, aac(3)IV, B9T59_28975, BEN53_26235, BJJ90_27515, BK373_27930, BK400_28640, BVL39_27730, BZL31_07055, BZL69_29365, C5P01_27985, C7235_00480, CR538_26885, CWS33_26775, ...Gene: aacC4, aac(3), aac(3)-IV, aac(3)IV, B9T59_28975, BEN53_26235, BJJ90_27515, BK373_27930, BK400_28640, BVL39_27730, BZL31_07055, BZL69_29365, C5P01_27985, C7235_00480, CR538_26885, CWS33_26775, CXB56_01995, DK267_24825, DK268_23980, DK278_24785, DK279_23955, DK288_24810, DK289_23980, pEC012_00026 Plasmid: pET19bTEV / Production host: ![]() References: UniProt: Q306W4, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 369 molecules 












| #2: Chemical | ChemComp-AM2 / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-PO4 / #6: Chemical | ChemComp-EPE / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.99 Å3/Da / Density % sol: 69.18 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES pH 7, 30% (w/v) PEG1k, 2.5 mM apramycin |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97933 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Dec 6, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97933 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.8→30 Å / Num. obs: 66374 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 12.77 |
| Reflection shell | Resolution: 2.8→2.85 Å / Redundancy: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 1.771 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 3328 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.613 / % possible all: 97.1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3SMA Resolution: 2.8→29.327 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 32.91
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→29.327 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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