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Yorodumi- PDB-6mmz: Crystal structure of meta-AAC0038, an environmental aminoglycosid... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mmz | |||||||||
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Title | Crystal structure of meta-AAC0038, an environmental aminoglycoside resistance enzyme, H29A mutant apoenzyme | |||||||||
Components | Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / ANTIBIOTIC_NAT FAMILY / ACETYLTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / METAGENOME / SOIL / COENZYME A / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID | |||||||||
Function / homology | aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / response to antibiotic / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase Function and homology information | |||||||||
Biological species | uncultured bacterium (environmental samples) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.3 Å | |||||||||
Authors | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Xu, Z. / Yim, V. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2022 Title: Structural and molecular rationale for the diversification of resistance mediated by the Antibiotic_NAT family. Authors: Stogios, P.J. / Bordeleau, E. / Xu, Z. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Chou, S. / Diorio-Toth, L. / D'Souza, A.W. / Patel, S. / Dantas, G. / Wright, G.D. / Savchenko, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mmz.cif.gz | 611.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mmz.ent.gz | 515.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mmz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mmz_validation.pdf.gz | 485.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6mmz_full_validation.pdf.gz | 499.8 KB | Display | |
Data in XML | 6mmz_validation.xml.gz | 54.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6mmz_validation.cif.gz | 72.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/6mmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/6mmz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ht0SC 6mn0C 6mn3C 6mn4C 6mn5C 7kesC 7laoC 7lapC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28888.826 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: H29A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) uncultured bacterium (environmental samples) Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)-Magic References: UniProt: A0A059X981, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.48 Å3/Da / Density % sol: 64.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris propane pH 7, 10 mM gentamicin |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Aug 25, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.3→19.75 Å / Num. obs: 35143 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 4.6 % / CC1/2: 0.964 / Rmerge(I) obs: 0.268 / Rpim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 6.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.3→3.46 Å / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4652 / CC1/2: 0.809 / Rpim(I) all: 0.395 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5HT0 Resolution: 3.3→19.75 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.14
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→19.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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