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- PDB-6mn0: Crystal structure of meta-AAC0038, an environmental aminoglycosid... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mn0 | |||||||||
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Title | Crystal structure of meta-AAC0038, an environmental aminoglycoside resistance enzyme, H168A mutant in complex with acetyl-CoA | |||||||||
![]() | Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / ANTIBIOTIC_NAT FAMILY / ACETYLTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / METAGENOME / SOIL / COENZYME A / gentamicin / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID | |||||||||
Function / homology | aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / response to antibiotic / ACETYL COENZYME *A / Chem-PE3 / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Zu, X. / Yim, V. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and molecular rationale for the diversification of resistance mediated by the Antibiotic_NAT family. Authors: Stogios, P.J. / Bordeleau, E. / Xu, Z. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Chou, S. / Diorio-Toth, L. / D'Souza, A.W. / Patel, S. / Dantas, G. / Wright, G.D. / Savchenko, A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 544.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 82.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 115.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ht0SC ![]() 6mmzC ![]() 6mn3C ![]() 6mn4C ![]() 6mn5C ![]() 7kesC ![]() 7laoC ![]() 7lapC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 28654.350 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: H168A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A059X981, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase |
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-Non-polymers , 6 types, 1688 molecules ![](data/chem/img/ACO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PE3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PE3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ACO / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | ChemComp-PE3 / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.59 Å3/Da / Density % sol: 65.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-Tris pH 5.5, 10 mM Neomycin |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 12, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→25 Å / Num. obs: 94732 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 10.75 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.44 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique obs: 4670 / Rpim(I) all: 0.249 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5HT0 Resolution: 2.4→24.931 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.59
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→24.931 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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