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万見
- PDB-4u45: MAP4K4 in complex with inhibitor (compound 25) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u45
タイトルMAP4K4 in complex with inhibitor (compound 25)
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / kinase / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ARF protein signal transduction / MAP kinase kinase kinase kinase activity / positive regulation of hippo signaling / creatine kinase activity / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of JNK cascade / regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly ...positive regulation of ARF protein signal transduction / MAP kinase kinase kinase kinase activity / positive regulation of hippo signaling / creatine kinase activity / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of JNK cascade / regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of GTPase activity / neuron projection morphogenesis / MAPK cascade / microtubule binding / Oxidative Stress Induced Senescence / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3DC / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Harris, S.F. / Wu, P. / Coons, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Fragment-based identification and optimization of a class of potent pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazine MAP4K4 inhibitors.
著者: Wang, L. / Stanley, M. / Boggs, J.W. / Crawford, T.D. / Bravo, B.J. / Giannetti, A.M. / Harris, S.F. / Magnuson, S.R. / Nonomiya, J. / Schmidt, S. / Wu, P. / Ye, W. / Gould, S.E. / Murray, L. ...著者: Wang, L. / Stanley, M. / Boggs, J.W. / Crawford, T.D. / Bravo, B.J. / Giannetti, A.M. / Harris, S.F. / Magnuson, S.R. / Nonomiya, J. / Schmidt, S. / Wu, P. / Ye, W. / Gould, S.E. / Murray, L.J. / Ndubaku, C.O. / Chen, H.
履歴
登録2014年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2616
ポリマ－75,7402
非ポリマー5214
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area26930 Å2
手法PISA
2
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1964
ポリマ－37,8701
非ポリマー3263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0652
ポリマ－37,8701
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.915, 89.018, 91.396
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4 / HPK/GCK-like kinase HGK / MAPK/ERK kinase kinase kinase 4 / MEKKK 4 / Nck-interacting kinase


分子量: 37870.078 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain (UNP residues 2-328) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K4, HGK, KIAA0687, NIK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: O95819, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-3DC / 6-(1H-pyrazol-4-yl)-N-(pyridin-4-yl)pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-4-amine


分子量: 277.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11N7
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.69 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 0.2 M potassium citrate, pH 8.3, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月12日
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→91.4 Å / Num. obs: 21377 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 67.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 24.9 / Num. measured all: 129087
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.57-2.876.20.4524.63679359790.9330.194100
5.75-91.45.50.02160.511310204810.00999.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS0.1.27データ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BUSTER2.11.4精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.58→63.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9356 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9091 / SU R Cruickshank DPI: 0.992 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.81 / SU Rfree Blow DPI: 0.306 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.304
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2441 1077 5.1 %RANDOM
Rwork0.1947 ---
obs0.1972 21109 99.86 %-
原子変位パラメータBiso max: 165.62 Å2 / Biso mean: 64.8 Å2 / Biso min: 25.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.6769 Å20 Å20 Å2
2---9.9499 Å20 Å2
3----1.727 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.336 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→63.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4713 0 36 206 4955
Biso mean--67.52 53.81 -
残基数----584
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1729SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes120HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes719HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4866HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion624SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5741SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4866HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6579HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.63
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.71 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2979 143 5.17 %
Rwork0.2211 2621 -
all0.2247 2764 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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