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- PDB-6jtj: Crystal structure of NagZ from Neisseria gonorrhoeae in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jtj
タイトルCrystal structure of NagZ from Neisseria gonorrhoeae in complex with N-acetylglucosamine
要素Beta-hexosaminidase
キーワードHYDROLASE / Neisseria gonorrhoeae / acetylglucosaminidase / peptidoglycan recycling
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, bacterial / : / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Beta-hexosaminidase, bacterial / : / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-hexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Chen, Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of native NagZ from Neisseria gonorrhoeae in complex with N-acetylglucosamine
著者: Chen, Y.
履歴
登録2019年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase
B: Beta-hexosaminidase
C: Beta-hexosaminidase
D: Beta-hexosaminidase
E: Beta-hexosaminidase
F: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,32010
ポリマ－257,4356
非ポリマー8854
水19,1321062
1
A: Beta-hexosaminidase
C: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2544
ポリマ－85,8122
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-hexosaminidase
F: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0333
ポリマ－85,8122
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Beta-hexosaminidase
E: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0333
ポリマ－85,8122
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.184, 125.307, 190.614
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA3 - 34739 - 383
21SERSERBB3 - 34739 - 383
12SERSERAA3 - 34739 - 383
22SERSERCC3 - 34739 - 383
13SERSERAA3 - 34739 - 383
23SERSERDD3 - 34739 - 383
14SERSERAA3 - 34739 - 383
24SERSEREE3 - 34739 - 383
15SERSERAA3 - 34739 - 383
25SERSERFF3 - 34739 - 383
16SERSERBB3 - 34739 - 383
26SERSERCC3 - 34739 - 383
17PROPROBB3 - 34839 - 384
27PROPRODD3 - 34839 - 384
18SERSERBB3 - 34739 - 383
28SERSEREE3 - 34739 - 383
19SERSERBB3 - 34739 - 383
29SERSERFF3 - 34739 - 383
110SERSERCC3 - 34739 - 383
210SERSERDD3 - 34739 - 383
111SERSERCC3 - 34739 - 383
211SERSEREE3 - 34739 - 383
112SERSERCC3 - 34739 - 383
212SERSERFF3 - 34739 - 383
113SERSERDD3 - 34739 - 383
213SERSEREE3 - 34739 - 383
114SERSERDD3 - 34739 - 383
214SERSERFF3 - 34739 - 383
115SERSEREE3 - 34739 - 383
215SERSERFF3 - 34739 - 383

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

#1: タンパク質
Beta-hexosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-glucosaminidase


分子量: 42905.863 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: nagZ, NGO0135 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5FA94, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1062 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 % / 解説: rod shaped single crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3,350 pH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→104.71 Å / Num. obs: 127747 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.18→2.22 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 6244 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JTI

6jti


解像度: 2.18→104.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 6.4 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.201 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24395 6401 5 %RANDOM
Rwork0.21443 ---
obs0.21593 120987 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.848 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.18→104.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15608 0 60 1062 16730
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01915963
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0215488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3671.96521583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.238335521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.06852030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.06723.702732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.809152669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.34815138
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.22401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02118274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023666
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2833.4058156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2833.4048155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6525.09510174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6525.09510175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5983.7317807
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5983.7317808
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2715.48711410
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.47727.33718762
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.42927.20818360
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A210020.07
12B210020.07
21A210170.07
22C210170.07
31A208690.08
32D208690.08
41A210120.08
42E210120.08
51A208620.09
52F208620.09
61B212230.07
62C212230.07
71B212820.08
72D212820.08
81B208770.08
82E208770.08
91B209230.09
92F209230.09
101C209940.08
102D209940.08
111C211230.08
112E211230.08
121C208330.09
122F208330.09
131D208980.09
132E208980.09
141D209920.09
142F209920.09
151E210550.08
152F210550.08
LS精密化 シェル解像度: 2.181→2.237 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 454 -
Rwork0.285 8604 -
obs--96.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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