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- PDB-3k13: Structure of the pterin-binding domain MeTr of 5-methyltetrahydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k13
タイトルStructure of the pterin-binding domain MeTr of 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase from Bacteroides thetaiotaomicron
要素5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / 5-methyltetrahydrofolate / methyltransferase / TIM barrel / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine synthase / methionine synthase activity / homocysteine metabolic process / methionine biosynthetic process / cobalamin binding / tetrahydrofolate metabolic process / methylation / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cobalamin-dependent methionine synthase / Methionine synthase, B12-binding domain / B12-binding N-terminal domain profile. / B12 binding domain / Homocysteine-binding domain / Homocysteine-binding domain superfamily / Homocysteine S-methyltransferase / Homocysteine-binding domain profile. / : / Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain ...Cobalamin-dependent methionine synthase / Methionine synthase, B12-binding domain / B12-binding N-terminal domain profile. / B12 binding domain / Homocysteine-binding domain / Homocysteine-binding domain superfamily / Homocysteine S-methyltransferase / Homocysteine-binding domain profile. / : / Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Methionine synthase domain / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-THH / Methionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Li, H. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of the pterin-binding domain MeTr of 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase from Bacteroides thetaiotaomicron
著者: Cuff, M.E. / Li, H. / Cobb, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase
B: 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase
C: 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,45723
ポリマ－100,9653
非ポリマー2,49220
水12,322684
1
A: 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4928
ポリマ－33,6551
非ポリマー8377
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5298
ポリマ－33,6551
非ポリマー8747
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4377
ポリマ－33,6551
非ポリマー7826
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.652, 79.992, 127.068
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase


分子量: 33654.863 Da / 分子数: 3 / 断片: sequence database residues 345-641 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_0180 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): modified BL21 / 参照: UniProt: Q8ABD0

-
非ポリマー , 5種, 704分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-THH / N-[4-({[(6S)-2-AMINO-4-HYDROXY-5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROPTERIDIN-6-YL]METHYL}AMINO)BENZOYL]-L-GLUTAMIC ACID / 5-METHYLTETRAHYDROFOLATE / (6S)-5-メチルテトラヒドロ葉酸


分子量: 459.456 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N7O6
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.09M Na HEPES pH 7.5, 1.26 Na citrate, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 ,0.97951
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月13日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979371
20.979511
Reflection冗長度: 4.7 % / Av σ(I) over netI: 19.57 / 数: 433679 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 1.79 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 92713 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.435098.510.0935.7774.6
4.315.4310010.0793.774.6
3.764.3110010.0863.6114.6
3.423.7610010.0993.3374.7
3.173.4210010.1042.7924.7
2.993.1710010.1142.2384.7
2.842.9910010.1251.9524.7
2.712.8410010.1391.6824.7
2.612.7110010.1541.3524.7
2.522.6110010.1691.2544.7
2.442.5210010.1841.1364.7
2.372.4410010.1991.0284.7
2.312.3710010.2180.9724.7
2.252.3110010.2490.8654.7
2.22.2510010.2630.8074.7
2.152.210010.3020.7454.7
2.112.1510010.3450.7054.7
2.072.1110010.410.6374.7
2.032.0710010.470.6194.7
22.0310010.5310.5954.7
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 92713 / Num. obs: 92713 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 1.792 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Num. unique all: 4593 / Χ2: 0.595 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.377 / FOM acentric: 0.382 / FOM centric: 0.249 / 反射: 92695 / Reflection acentric: 89295 / Reflection centric: 3400
Phasing MAD set

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
11.4110.40.400892953400
20.890.8514.522.50.820.62773033095
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
112.5-501.52121.10030877
17.14-12.51.1611.81.4001512171
15-7.141.3211.30.9003688280
13.85-51.0511.10.9006822377
13.12-3.851.1610.70.60010923480
12.63-3.121.610.40.20015912581
12.27-2.632.1210.30.10021813676
12-2.273.1810.100028317758
212.5-500.710.6826.623.91.661.3530777
27.14-12.50.730.7224.428.51.51.091510171
25-7.140.690.6918.223.91.721.233686280
23.85-50.820.820.226.91.160.796817377
23.12-3.850.870.8417.925.10.920.6210921480
22.63-3.120.910.8913.419.80.820.5315909581
22.27-2.630.970.9912.219.90.560.2921792676
22-2.2711.0111.919.80.380.1916361453
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se33.41588-0.928-0.201-0.4760
2Se35.72654-1.011-0.473-0.1460
3Se34.64759-0.734-0.135-0.4740
4Se31.42091-0.986-0.583-0.1050
5Se34.49593-1.08-0.265-0.1870
6Se37.93533-0.963-0.732-0.0880
7Se35.12867-0.985-0.63-0.0560
8Se40.06611-1.096-0.277-0.1430
9Se33.91522-0.828-0.299-0.5470
10Se30.5891-0.926-0.593-0.1190
11Se37.70253-1.145-0.148-0.2780
12Se36.27307-1.123-0.173-0.2290
13Se33.06654-0.93-0.232-0.5210
14Se45.16746-0.98-0.175-0.5810
15Se37.05326-0.839-0.193-0.6110
16Se44.48857-1.226-0.018-0.1410
17Se36.16846-1.098-0.079-0.2140
18Se44.84163-0.961-0.816-0.1910
19Se34.8021-0.777-0.174-0.5790
20Se45.11645-1.185-0.063-0.2450
21Se61.7084-1.069-0.452-0.0830
22Se43.05812-1.025-0.491-0.190
23Se40.73581-0.863-0.213-0.5620
24Se48.63437-0.742-0.4-0.6430
25Se155.98828-1.1-0.361-0.2510
26Se349.888-0.592-0.043-0.5140
27Se30.94011-0.928-0.202-0.476-0.178
28Se33.35274-1.011-0.473-0.146-0.167
29Se32.50113-0.733-0.134-0.474-0.158
30Se26.23591-0.986-0.583-0.105-0.132
31Se30.86985-1.08-0.265-0.187-0.148
32Se33.85485-0.963-0.732-0.088-0.101
33Se35.52032-0.985-0.63-0.056-0.147
34Se38.46782-1.096-0.277-0.143-0.132
35Se32.18943-0.828-0.299-0.547-0.109
36Se32.62672-0.926-0.592-0.119-0.153
37Se40.39467-1.145-0.147-0.278-0.124
38Se33.07479-1.123-0.173-0.228-0.102
39Se29.01975-0.93-0.232-0.521-0.082
40Se46.19651-0.98-0.175-0.581-0.083
41Se35.40531-0.84-0.193-0.61-0.075
42Se42.45826-1.226-0.019-0.141-0.077
43Se34.49064-1.098-0.078-0.213-0.079
44Se40.53364-0.96-0.817-0.192-0.056
45Se29.31851-0.777-0.176-0.579-0.058
46Se41.30637-1.185-0.062-0.245-0.053
47Se62.78091-1.068-0.451-0.083-0.096
48Se33.14703-1.025-0.492-0.191-0.05
49Se38.40618-0.863-0.213-0.562-0.024
50Se100.02-0.742-0.402-0.642-0.05
51Se167.28235-1.1-0.361-0.25-0.049
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
12.5-500.6760.730.46338530877
7.14-12.50.6930.7160.48816831512171
5-7.140.7460.7620.53539683688280
3.85-50.6380.6490.44271996822377
3.12-3.850.5880.5980.3541140310923480
2.63-3.120.4930.5020.2491649315912581
2.27-2.630.3150.3220.1072248921813676
2-2.270.1410.1430.0332907528317758
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 92695
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
10.84-10055.90.67603
7.67-10.8439.70.9271069
6.26-7.6737.50.9361405
5.42-6.26360.9431691
4.85-5.4237.90.9441875
4.43-4.8542.10.9432074
4.1-4.4344.50.9392274
3.83-4.146.20.9272392
3.61-3.8346.30.9272579
3.43-3.61480.9152748
3.27-3.4346.80.9082848
3.13-3.2750.20.9052979
3.01-3.1349.50.8993086
2.9-3.0149.20.8923250
2.8-2.950.50.8943350
2.71-2.854.10.8833445
2.63-2.7155.80.8773565
2.56-2.63570.8763663
2.49-2.56580.8743725
2.42-2.4960.10.8813870
2.37-2.42630.8774026
2.31-2.3762.20.8744026
2.26-2.3167.80.8634125
2.21-2.2667.80.8694245
2.17-2.2171.40.8794348
2.13-2.1772.70.8744424
2.09-2.1375.50.8654446
2.05-2.0979.40.8514597
2-2.0582.10.7915967

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→46.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.195 / WRfactor Rwork: 0.165 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.92 / SU B: 5.719 / SU ML: 0.074 / SU R Cruickshank DPI: 0.12 / SU Rfree: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.113
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 4638 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
all0.162 92703 --
obs0.162 92703 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.56 Å2 / Biso mean: 30.564 Å2 / Biso min: 14.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.71 Å20 Å2-0.45 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3---1.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6682 0 166 684 7532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227164
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3831.9789707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8663.00211812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.385909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74324.444351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.625151255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1341557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21087
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8561.54361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2111.51783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64627045
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.60532803
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4034.52635
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 327 -
Rwork0.223 6053 -
all-6380 -
obs--92.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95870.1894-0.02531.4142-0.21070.7286-0.00790.0098-0.08050.07950.05130.0039-0.03330.0147-0.04330.0269-0.00280.01180.06450.00550.012764.068268.549716.1096
21.13860.3323-0.13641.1948-0.13860.77260.00410.08490.03730.00350.039-0.07240.0279-0.0196-0.04310.04350.01020.00060.03520.01430.013988.270430.841526.3134
31.56670.05430.12780.83850.04630.77060.0756-0.04040.060.0446-0.0279-0.06350.0016-0.0329-0.04760.03940.0116-0.0120.04110.00630.015293.003222.772258.5295
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A350 - 636
2X-RAY DIFFRACTION1A1 - 647
3X-RAY DIFFRACTION1A4 - 759
4X-RAY DIFFRACTION2B350 - 636
5X-RAY DIFFRACTION2B1 - 647
6X-RAY DIFFRACTION2B3 - 758
7X-RAY DIFFRACTION3C350 - 637
8X-RAY DIFFRACTION3C1 - 646
9X-RAY DIFFRACTION3C2 - 767

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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