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- PDB-7l4d: The internal aldimine form of the wild-type Salmonella typhimuriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l4d
タイトルThe internal aldimine form of the wild-type Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase with cesium ion at the metal coordination site at 1.60 Angstrom resolution
要素(Tryptophan synthase ...) x 2
キーワードLYASE / internal aldimine / wild-type
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)2R01GM097569-06A1 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The internal aldimine form of the wild-type Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase with cesium ion at the metal coordination site at 1.60 Angstrom resolution
著者: Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J.
履歴
登録2020年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,39051
ポリマ－71,6182
非ポリマー3,77249
水13,331740
1
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,780102
ポリマ－143,2354
非ポリマー7,54598
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area26690 Å2
ΔGint-246 kcal/mol
Surface area44360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.549, 59.188, 67.073
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.480, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: trpA, STM1727 / プラスミド: pEBA-10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpB / プラスミド: pEBA-10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 8種, 789分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物...
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.27 % / 解説: Large plate-like crystal
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 50 mM Bicine-CsOH, 9% PEG 8,000, 2 mM Spermine, pH 7.8
PH範囲: 7.8 / Temp details: constant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: constant / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年3月23日 / 詳細: VariMax HighFlux
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.598→90.995 Å / Num. obs: 86510 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.053 / Rsym value: 0.03 / Net I/av σ(I): 7.3 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.692.50.1295.426522104010.1030.170.1296.576.2
1.69-1.792.70.16.231460118030.0820.1360.18.391.3
1.79-1.912.70.0686.330008112320.0620.1020.06810.492.2
1.91-2.072.70.0523.728251105760.0490.0810.0521393.6
2.07-2.262.70.048.22636698710.040.0660.0415.194.6
2.26-2.532.70.03482418990730.0370.060.03416.595.8
2.53-2.922.70.02918.92152980650.0330.0540.02917.896.6
2.92-3.582.70.02511.21851769570.0270.0450.0251998
3.58-5.062.60.02117.61442654560.0230.0380.02119.998.9
5.06-39.0632.60.0218.8789030760.0290.0470.02119.499.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.429
最高解像度最低解像度
Rotation39.06 Å1.78 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 86422
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.67-10036.60.895625
6.13-8.6743.10.8891124
5.01-6.1339.80.8871420
4.34-5.0128.40.9241672
3.88-4.3426.40.9291860
3.54-3.8826.70.9242086
3.28-3.5426.40.9172220
3.07-3.2827.20.9112398
2.89-3.0727.50.9072514
2.74-2.8927.40.9072667
2.61-2.7424.90.9092762
2.5-2.6124.10.9142918
2.41-2.523.10.9192991
2.32-2.4122.10.923112
2.24-2.32220.9243198
2.17-2.2421.40.9283310
2.1-2.1721.60.9243394
2.04-2.121.70.9223454
1.99-2.0421.30.9193555
1.94-1.9921.40.9173652
1.89-1.9421.20.9193705
1.85-1.8921.90.9153751
1.81-1.8521.40.9153871
1.77-1.8122.30.9073948
1.73-1.7722.60.9133953
1.7-1.73220.9164066
1.67-1.724.80.9064104
1.64-1.6727.50.8793962
1.6-1.6432.70.8694130

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia20.5.902データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.7.02位相決定
直接法7.0.078位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7K0B

7k0b


解像度: 1.6→39.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.719 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.0904 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1947 4190 4.8 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.1693 82231 91.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.77 Å2 / Biso mean: 20.893 Å2 / Biso min: 3.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→39.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4921 0 187 774 5882
Biso mean--38.22 34.27 -
残基数----652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0125274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5161.6337110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3295675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.61722.374257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.98615851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7231533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024015
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 235 -
Rwork0.205 4203 -
all-4438 -
obs--64.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7064-0.67190.48080.47750.00640.6717-0.02760.01640.03560.07380.00990.0139-0.13820.05940.01770.1191-0.01720.01050.0060.00220.050645.344320.543613.3096
20.78590.06980.26140.06650.16070.58450.0037-0.03330.05160.0401-0.03590.008-0.0003-0.08810.03210.0817-0.01660.02250.01860.00130.06832.898114.979715.5933
30.8650.8430.10331.1631-0.09990.19940.0230.05820.02230.0260.00010.0628-0.04940.0093-0.02310.06380.01320.01760.03530.00340.055438.079713.24774.4073
40.48140.4969-0.05130.6263-0.33190.7290.0173-0.0326-0.0394-0.0027-0.0353-0.0440.0017-0.00290.0180.06410.00490.00110.0232-0.00180.054239.6930.76346.9959
51.66960.6547-0.18881.525-0.31232.24580.1732-0.1984-0.1488-0.0741-0.0602-0.06540.06420.0469-0.1130.05-0.0257-0.04630.02520.02350.075346.8749-4.348717.2164
60.6962-0.50010.21993.79881.38830.7653-0.0238-0.0478-0.09340.32240.1243-0.07810.12710.0275-0.10050.08530.0122-0.00940.019-0.00480.057352.0502-0.210221.996
71.7288-1.40280.85421.9291-0.32280.61790.0371-0.1587-0.03640.04220.0136-0.02650.0024-0.1239-0.05070.1049-0.02960.01060.0483-0.00510.022946.14916.733924.1194
84.0621-3.64311.38564.3603-1.11230.6773-0.1079-0.08610.25070.22080.0053-0.1798-0.15710.04740.10260.1317-0.0533-0.02860.055-0.01710.037449.970424.321220.7805
90.5848-0.0122-0.30670.0152-0.0430.33340.006-0.0085-0.0538-0.0172-0.02980.00110.03950.11790.02370.05450.0138-0.01260.07910.00070.04127.9611-12.734319.4075
100.2991-0.15490.06480.1529-0.18430.3524-0.0183-0.0599-0.0242-0.01440.03750.00950.0653-0.0581-0.01920.0579-0.0088-0.010.04920.00840.04561.2984-17.313727.7447
110.25820.0320.30270.19660.1050.3819-0.0141-0.03720.01570.01840.0064-0.00850.004-0.03950.00770.05940.0011-0.00660.05440.00630.03356.0847-11.65727.6675
120.1069-0.1444-0.03590.9422-0.26570.82490.08850.01460.05140.04210.0027-0.0026-0.07140.006-0.09120.10110.00890.04660.0260.01960.051115.1953.411332.8719
130.180.08580.0170.08910.07210.11990.0078-0.01050.0006-0.0062-0.0053-0.00420.02590.0201-0.00250.06470.0022-0.0010.04230.00290.047111.1909-9.663918.3687
141.6825-0.1556-0.01240.1266-0.12230.13620.0199-0.02640.2053-0.0246-0.0129-0.01160.02840.0175-0.0070.042-0.01490.00520.025200.089716.6853.56349.5015
150.4632-0.0968-0.09120.0239-0.00960.34510.0086-0.0130.0258-0.00610.0089-0.0061-0.0191-0.0104-0.01750.0615-0.00310.00260.0321-0.00090.049-0.2168-4.066313.0099
160.52550.1385-0.07190.19320.20380.62760.0461-0.04870.03840.00220.04440.0166-0.0593-0.0001-0.09050.0580.00350.02290.05340.02050.0424-6.9967-0.791517.7749
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 77
3X-RAY DIFFRACTION3A78 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4A111 - 159
5X-RAY DIFFRACTION5A160 - 192
6X-RAY DIFFRACTION6A193 - 216
7X-RAY DIFFRACTION7A217 - 247
8X-RAY DIFFRACTION8A248 - 268
9X-RAY DIFFRACTION9B2 - 37
10X-RAY DIFFRACTION10B38 - 70
11X-RAY DIFFRACTION11B71 - 100
12X-RAY DIFFRACTION12B101 - 165
13X-RAY DIFFRACTION13B166 - 269
14X-RAY DIFFRACTION14B270 - 301
15X-RAY DIFFRACTION15B302 - 364
16X-RAY DIFFRACTION16B365 - 396

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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