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- PDB-7kfk: Crystal structure of LILRB1 D3D4 domain in complex with Plasmodiu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kfk
タイトルCrystal structure of LILRB1 D3D4 domain in complex with Plasmodium RIFIN (PF3D7_1373400) V2 domain
要素
  • Isoform 2 of Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
  • Rifin
キーワードIMMUNE SYSTEM / LILRB1 / RIFIN / Malaria
機能・相同性Variant surface antigen Rifin / Rifin / Rifin / Isoform 2 of Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Xu, K. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis of malaria RIFIN binding by LILRB1-containing antibodies.
著者: Yiwei Chen / Kai Xu / Luca Piccoli / Mathilde Foglierini / Joshua Tan / Wenjie Jin / Jason Gorman / Yaroslav Tsybovsky / Baoshan Zhang / Boubacar Traore / Chiara Silacci-Fregni / Claudia ...著者: Yiwei Chen / Kai Xu / Luca Piccoli / Mathilde Foglierini / Joshua Tan / Wenjie Jin / Jason Gorman / Yaroslav Tsybovsky / Baoshan Zhang / Boubacar Traore / Chiara Silacci-Fregni / Claudia Daubenberger / Peter D Crompton / Roger Geiger / Federica Sallusto / Peter D Kwong / Antonio Lanzavecchia /
要旨: Some Plasmodium falciparum repetitive interspersed families of polypeptides (RIFINs)-variant surface antigens that are expressed on infected erythrocytes-bind to the inhibitory receptor LAIR1, and ...Some Plasmodium falciparum repetitive interspersed families of polypeptides (RIFINs)-variant surface antigens that are expressed on infected erythrocytes-bind to the inhibitory receptor LAIR1, and insertion of DNA that encodes LAIR1 into immunoglobulin genes generates RIFIN-specific antibodies. Here we address the general relevance of this finding by searching for antibodies that incorporate LILRB1, another inhibitory receptor that binds to β2 microglobulin and RIFINs through their apical domains. By screening plasma from a cohort of donors from Mali, we identified individuals with LILRB1-containing antibodies. B cell clones isolated from three donors showed large DNA insertions in the switch region that encodes non-apical LILRB1 extracellular domain 3 and 4 (D3D4) or D3 alone in the variable-constant (VH-CH1) elbow. Through mass spectrometry and binding assays, we identified a large set of RIFINs that bind to LILRB1 D3. Crystal and cryo-electron microscopy structures of a RIFIN in complex with either LILRB1 D3D4 or a D3D4-containing antibody Fab revealed a mode of RIFIN-LILRB1 D3 interaction that is similar to that of RIFIN-LAIR1. The Fab showed an unconventional triangular architecture with the inserted LILRB1 domains opening up the VH-CH1 elbow without affecting VH-VL or CH1-CL pairing. Collectively, these findings show that RIFINs bind to LILRB1 through D3 and illustrate, with a naturally selected example, the general principle of creating novel antibodies by inserting receptor domains into the VH-CH1 elbow.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
B: Isoform 2 of Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
E: Rifin
C: Rifin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,37117
ポリマ－81,3714
非ポリマー2,00013
水99155
1
A: Isoform 2 of Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
E: Rifin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4456
ポリマ－40,6862
非ポリマー7604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17450 Å2
手法PISA
2
B: Isoform 2 of Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
C: Rifin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,92611
ポリマ－40,6862
非ポリマー1,2409
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.044, 111.044, 152.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 222 through 275 or resid 277...
21(chain B and (resid 222 through 275 or resid 277...
12(chain C and (resid 184 or resid 186 through 187...
22(chain E and (resid 184 or resid 186 through 187...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 222 through 275 or resid 277...A222 - 275
121(chain A and (resid 222 through 275 or resid 277...A277 - 363
131(chain A and (resid 222 through 275 or resid 277...A365 - 369
141(chain A and (resid 222 through 275 or resid 277...A371 - 401
151(chain A and (resid 222 through 275 or resid 277...A403
161(chain A and (resid 222 through 275 or resid 277...A405 - 427
171(chain A and (resid 222 through 275 or resid 277...A1200
211(chain B and (resid 222 through 275 or resid 277...B222 - 275
221(chain B and (resid 222 through 275 or resid 277...B277 - 363
231(chain B and (resid 222 through 275 or resid 277...B222 - 1201
241(chain B and (resid 222 through 275 or resid 277...B371 - 401
251(chain B and (resid 222 through 275 or resid 277...B403
261(chain B and (resid 222 through 275 or resid 277...B405 - 427
271(chain B and (resid 222 through 275 or resid 277...B1200
112(chain C and (resid 184 or resid 186 through 187...C184
122(chain C and (resid 184 or resid 186 through 187...C186 - 187
132(chain C and (resid 184 or resid 186 through 187...C189 - 218
142(chain C and (resid 184 or resid 186 through 187...C270 - 303
152(chain C and (resid 184 or resid 186 through 187...C270 - 303
162(chain C and (resid 184 or resid 186 through 187...C306 - 307
212(chain E and (resid 184 or resid 186 through 187...E184
222(chain E and (resid 184 or resid 186 through 187...E186 - 187
232(chain E and (resid 184 or resid 186 through 187...E189 - 218
242(chain E and (resid 184 or resid 186 through 187...E270 - 303
252(chain E and (resid 184 or resid 186 through 187...E270 - 303
262(chain E and (resid 184 or resid 186 through 187...E306 - 307

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 1 / CD85 antigen-like family member J / Immunoglobulin-like ...Leukocyte immunoglobulin-like receptor 1 / CD85 antigen-like family member J / Immunoglobulin-like transcript 2 / ILT-2 / Monocyte/macrophage immunoglobulin-like receptor 7 / MIR-7


分子量: 25264.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LILRB1, ILT2, LIR1, MIR7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NHL6-2
#2: タンパク質 Rifin


分子量: 15420.644 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1373400 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C0H5N9
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Tris 8.3, 11% PEG3350, 1.1mM AmSO4, 0.2mM Li2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→50 Å / Num. obs: 28673 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 21.2 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.207 / Χ2: 1.492 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.716.91.30614100.8960.3221.3460.44999.9
2.7-2.7418.81.29314080.9560.3031.3290.45100
2.74-2.8201.20214000.9210.2741.2340.458100
2.8-2.8520.60.99814130.9550.2241.0230.506100
2.85-2.9219.80.83814070.9580.1920.860.557100
2.92-2.9819.40.74514170.9620.1710.7650.577100
2.98-3.0623.80.66813970.9780.140.6830.618100
3.06-3.14250.59514140.9840.1220.6080.661100
3.14-3.2325.40.4714220.9880.0950.480.784100
3.23-3.34250.38314140.9840.0790.3910.939100
3.34-3.4624.80.34314260.9920.070.351.102100
3.46-3.624.40.28114340.9930.0580.2871.325100
3.6-3.7623.70.23814360.9960.050.2431.644100
3.76-3.9622.40.20114250.9950.0440.2061.97799.9
3.96-4.2120.10.16614310.9970.0390.172.491100
4.21-4.5318.10.13614480.9960.0340.1412.95899.9
4.53-4.9921.10.11414590.9980.0270.1183.12299.9
4.99-5.7121.20.11114600.9980.0260.1143.10699.9
5.71-7.1920.50.10115010.9980.0240.1043.02199.9
7.19-5014.50.0715510.9980.0190.0733.79396.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3965精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LLA

4lla


解像度: 2.63→37.44 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2708 1415 4.94 %
Rwork0.2269 27200 -
obs0.2291 28615 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 161.02 Å2 / Biso mean: 64.2505 Å2 / Biso min: 27.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.63→37.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4977 0 119 55 5151
Biso mean--103.85 55.15 -
残基数----671
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1196X-RAY DIFFRACTION9.555TORSIONAL
12B1196X-RAY DIFFRACTION9.555TORSIONAL
21C660X-RAY DIFFRACTION9.555TORSIONAL
22E660X-RAY DIFFRACTION9.555TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.63-2.730.44251250.3838253894
2.73-2.840.39241400.32552677100
2.84-2.970.37061440.28882686100
2.97-3.120.36961410.28952698100
3.12-3.320.33551480.28012712100
3.32-3.570.35871280.26642728100
3.57-3.930.27141470.21822732100
3.93-4.50.22981360.18852763100
4.5-5.670.22241620.17982758100
5.67-100.20891440.2015290898

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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