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- PDB-5v52: Structure of TIGIT bound to nectin-2 (CD112) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v52
タイトルStructure of TIGIT bound to nectin-2 (CD112)
要素
  • Nectin-2
  • T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
キーワードIMMUNE SYSTEM / immune receptor / adhesion molecule / immunoglobulin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


coreceptor-mediated virion attachment to host cell / establishment of mitochondrion localization / sperm mitochondrion organization / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of mast cell activation / susceptibility to T cell mediated cytotoxicity / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of viral entry into host cell / spermatid nucleus differentiation / Nectin/Necl trans heterodimerization ...coreceptor-mediated virion attachment to host cell / establishment of mitochondrion localization / sperm mitochondrion organization / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of mast cell activation / susceptibility to T cell mediated cytotoxicity / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of viral entry into host cell / spermatid nucleus differentiation / Nectin/Necl trans heterodimerization / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / acrosome assembly / adhesion of symbiont to host / zonula adherens / cilium organization / negative regulation of T cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / cell-cell contact zone / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / fertilization / Adherens junctions interactions / natural killer cell mediated cytotoxicity / apical junction complex / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / homophilic cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-10 production / spermatid development / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / cytoskeleton organization / establishment of localization in cell / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell junction / signaling receptor activity / virus receptor activity / receptor ligand activity / signaling receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / focal adhesion / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell immunoglobulin and ITIM domain receptor / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...T-cell immunoglobulin and ITIM domain receptor / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains / Nectin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Deuss, F.A. / Gully, B.S. / Rossjohn, J. / Berry, R.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1109901 オーストラリア
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Recognition of nectin-2 by the natural killer cell receptor T cell immunoglobulin and ITIM domain (TIGIT).
著者: Deuss, F.A. / Gully, B.S. / Rossjohn, J. / Berry, R.
履歴
登録2017年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / reflns / Item: _chem_comp.type / _reflns.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.82024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
B: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
C: Nectin-2
D: Nectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3867
ポリマ－53,9764
非ポリマー4093
水00
1
A: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
D: Nectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0803
ポリマ－26,9882
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11100 Å2
手法PISA
2
B: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
C: Nectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3064
ポリマ－26,9882
非ポリマー3172
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.500, 68.500, 253.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 9 / V-set and transmembrane domain-containing protein 3


分子量: 11671.995 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIGIT, VSIG9, VSTM3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q495A1
#2: タンパク質 Nectin-2 / Herpes virus entry mediator B / HveB / Nectin cell adhesion molecule 2 / Poliovirus receptor-related protein 2


分子量: 15316.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NECTIN2, HVEB, PRR2, PVRL2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92692
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.3 M Lithium Sulfate 0.1M Tris ph7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→85 Å / Num. obs: 11784 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 65.19 Å2 / Rpim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 3.27→3.31 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1677 / Rpim(I) all: 0.41 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UCR, 3R0N

3ucr

3r0n


解像度: 3.1→24.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8449 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.398
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 563 4.82 %RANDOM
Rwork0.2176 ---
obs0.2185 11685 99.76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 71.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4839 Å20 Å20 Å2
2---6.4839 Å20 Å2
3---12.9677 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.666 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→24.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3418 0 25 0 3443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0073535HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.934858HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1518SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes74HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes522HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3535HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion486SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3640SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.4 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 137 5.05 %
Rwork0.2444 2578 -
all0.2451 2715 -
obs--99.76 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.8222 Å / Origin y: 8.078 Å / Origin z: -28.4634 Å
111213212223313233
T0.0982 Å2-0.0308 Å20.1492 Å2--0.1164 Å20.0387 Å2---0.1881 Å2
L2.2736 °2-0.7912 °2-2.0189 °2-0.3219 °20.752 °2--2.6036 °2
S-0.0361 Å °-0.1277 Å °-0.0245 Å °0.1448 Å °-0.0931 Å °0.056 Å °0.0328 Å °0.2051 Å °0.1293 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { *|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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