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- PDB-3r0n: Crystal Structure of the Immunoglobulin variable domain of Nectin-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r0n
タイトルCrystal Structure of the Immunoglobulin variable domain of Nectin-2
要素Poliovirus receptor-related protein 2
キーワードCELL ADHESION / Ig-domain / cell-adhesion molecule / Virus entry receptor / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN
機能・相同性
機能・相同性情報


coreceptor-mediated virion attachment to host cell / establishment of mitochondrion localization / sperm mitochondrion organization / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of mast cell activation / susceptibility to T cell mediated cytotoxicity / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of viral entry into host cell / spermatid nucleus differentiation / Nectin/Necl trans heterodimerization ...coreceptor-mediated virion attachment to host cell / establishment of mitochondrion localization / sperm mitochondrion organization / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of mast cell activation / susceptibility to T cell mediated cytotoxicity / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of viral entry into host cell / spermatid nucleus differentiation / Nectin/Necl trans heterodimerization / acrosome assembly / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / adhesion of symbiont to host / zonula adherens / cilium organization / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / cell-cell contact zone / Adherens junctions interactions / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / fertilization / apical junction complex / natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / spermatid development / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / cytoskeleton organization / establishment of localization in cell / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell junction / virus receptor activity / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / focal adhesion / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 1NEU / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Samanta, D. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure of Nectin-2 reveals determinants of homophilic and heterophilic interactions that control cell-cell adhesion.
著者: Samanta, D. / Ramagopal, U.A. / Rubinstein, R. / Vigdorovich, V. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年9月5日Group: Database references
改定 1.32012年9月12日Group: Structure summary
改定 1.42012年10月3日Group: Database references
改定 1.52012年11月7日Group: Data collection
改定 1.62024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poliovirus receptor-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0113
ポリマ－13,9511
非ポリマー602
水2,414134
1
A: Poliovirus receptor-related protein 2
ヘテロ分子

A: Poliovirus receptor-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0216
ポリマ－27,9022
非ポリマー1204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area2260 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.964, 57.964, 67.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-155-

TRP

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要素

#1: タンパク質 Poliovirus receptor-related protein 2 / Herpes virus entry mediator B / Herpesvirus entry mediator B / HveB / Nectin-2


分子量: 13950.778 Da / 分子数: 1 / 断片: Ig-like V-type domain residues 32-158 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HVEB, PRR2, PVRL2 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92692
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M MgCl2.6H20, 0.1M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% PEG 4000, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→28.9 Å / Num. obs: 28989 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.3-1.327.30.53514110.915199.9
1.32-1.358.60.49414200.8991100
1.35-1.3710.20.4314110.9221100
1.37-1.412.60.36514090.9331100
1.4-1.4315.40.33914340.9521100
1.43-1.4615.40.28714220.9681100
1.46-1.515.50.23514271.0091100
1.5-1.5415.50.19514351.0151100
1.54-1.5915.50.15714231.0381100
1.59-1.6415.60.14214371.0431100
1.64-1.715.60.11814241.0071100
1.7-1.7615.60.092144611100
1.76-1.8415.60.07214420.9661100
1.84-1.9415.50.05414550.9221100
1.94-2.0615.50.04314530.8891100
2.06-2.2215.50.04114630.9351100
2.22-2.4515.40.04814591.3411100
2.45-2.815.20.04814871.5841100
2.8-3.5314.60.02915070.8591100
3.53-5014.30.02316240.59199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 1NEU / 解像度: 1.3→28.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / WRfactor Rfree: 0.172 / WRfactor Rwork: 0.1519 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.9184 / SU B: 1.233 / SU ML: 0.025 / SU R Cruickshank DPI: 0.0576 / SU Rfree: 0.0499 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.05 / 位相誤差: 26.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY : SYMMETRY VIOLATING CLASH FOUND BETWEEN ONE OF THE ROTAMERS (~ 50% OCCUPANCY) OF TRP-155.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1733 1423 5.1 %RANDOM
Rwork0.1523 ---
obs0.1534 28078 97.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.64 Å2 / Biso mean: 18.2627 Å2 / Biso min: 7.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→28.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数980 0 2 134 1116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.311.961588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6645156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.69824.450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.04715183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.32157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.271.5727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1221199
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7573421
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3644.5388
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.20431148
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 73 -
Rwork0.208 1279 -
all-1352 -
obs--65.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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