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- PDB-5fh9: Crystal structure of NFeoB from Escherichia coli BL21 in the apo ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fh9
タイトルCrystal structure of NFeoB from Escherichia coli BL21 in the apo state.
要素Ferrous iron transport protein B
キーワードMETAL TRANSPORT / GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrous iron transmembrane transporter activity / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1770 / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...Helix Hairpins - #1770 / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferrous iron transport protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.159 Å
データ登録者Hagelueken, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB813 C8 ドイツ
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2016
タイトル: Studies on the X-Ray and Solution Structure of FeoB from Escherichia coli BL21.
著者: Hagelueken, G. / Hoffmann, J. / Schubert, E. / Duthie, F.G. / Florin, N. / Konrad, L. / Imhof, D. / Behrmann, E. / Morgner, N. / Schiemann, O.
履歴
登録2015年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrous iron transport protein B
B: Ferrous iron transport protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1412
ポリマ－60,1412
非ポリマー00
水00
1
A: Ferrous iron transport protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0701
ポリマ－30,0701
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferrous iron transport protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0701
ポリマ－30,0701
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)166.675, 166.675, 65.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Ferrous iron transport protein B


分子量: 30070.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 遺伝子: feoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7QA66

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 26.9 % PEG 8000, 0.39 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl pH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9085 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.159→48.12 Å / Num. obs: 18052 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2328 / Net I/σ(I): 9.11
反射 シェル解像度: 3.159→3.272 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.384 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.159→48.115 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2284 903 5 %
Rwork0.2078 --
obs0.2088 18049 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.159→48.115 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4011 0 0 0 4011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044064
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7525518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5032496
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004714
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.159-3.35690.36421470.32322792X-RAY DIFFRACTION98
3.3569-3.6160.28351500.25332842X-RAY DIFFRACTION100
3.616-3.97970.22841490.22592845X-RAY DIFFRACTION100
3.9797-4.55520.19561500.18362850X-RAY DIFFRACTION100
4.5552-5.73760.21891520.18622877X-RAY DIFFRACTION100
5.7376-48.12050.21550.17792940X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.2261 Å / Origin y: 124.0805 Å / Origin z: -68.1904 Å
111213212223313233
T0.7044 Å2-0.0262 Å2-0.0738 Å2-0.316 Å2-0.0383 Å2--0.5016 Å2
L0.0693 °2-0.1717 °2-0.0997 °2-1.4461 °2-0.9314 °2--1.8372 °2
S-0.0049 Å °0.0767 Å °0.0218 Å °-0.2032 Å °0.0648 Å °-0.0535 Å °-0.1718 Å °-0.0136 Å °-0.0429 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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