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- PDB-7kcn: Reconstructed ancestor of HIUases and Transthyretins -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kcn
タイトルReconstructed ancestor of HIUases and Transthyretins
要素HIUase-TTR ancestor
キーワードUNKNOWN FUNCTION / probably a 5-hydroxyisourate hydrolase
機能・相同性Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Nagem, R.A.P. / Bleicher, L. / Costa, M.A.F.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel23038.010059/2013-15 AUXPE 3379/2013 ブラジル
引用ジャーナル: J.Mol.Evol. / 年: 2021
タイトル: Reenacting the Birth of a Function: Functional Divergence of HIUases and Transthyretins as Inferred by Evolutionary and Biophysical Studies.
著者: Carrijo de Oliveira, L. / Figueiredo Costa, M.A. / Goncalves Pedersolli, N. / Heleno Batista, F.A. / Migliorini Figueira, A.C. / Salgado Ferreira, R. / Alves Pinto Nagem, R. / Alves Nahum, L. / Bleicher, L.
履歴
登録2020年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年8月18日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: database_2 / entity_src_gen
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIUase-TTR ancestor
B: HIUase-TTR ancestor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,99012
ポリマ－27,3372
非ポリマー65410
水3,657203
1
A: HIUase-TTR ancestor
B: HIUase-TTR ancestor
ヘテロ分子

A: HIUase-TTR ancestor
B: HIUase-TTR ancestor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,98024
ポリマ－54,6734
非ポリマー1,30720
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
Buried area9660 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.030, 67.030, 116.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-317-

HOH

21B-320-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HIUase-TTR ancestor


分子量: 13668.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This protein sequence was designed (reconstructed) to represent an HIUase-TTR ancestor before gene duplication
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20-24% (w/v) PEG 1,500, 20-30% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→44.05 Å / Num. obs: 45814 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 18.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.46→1.55 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 11794 / CC1/2: 0.933 / Rrim(I) all: 0.353 / % possible all: 82.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHENIX1.14_3260位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.46→30.1 Å / SU ML: 0.1254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.9076 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1817 2202 4.81 %
Rwork0.1613 43591 -
obs0.1623 45793 97.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→30.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1849 0 41 203 2093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01551991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.52372718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1209304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0102340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0337725
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.46-1.490.2505960.22911931X-RAY DIFFRACTION70.63
1.49-1.530.20661240.19512597X-RAY DIFFRACTION95.41
1.53-1.570.22581410.18942657X-RAY DIFFRACTION97.36
1.57-1.610.19771340.17662732X-RAY DIFFRACTION99.07
1.61-1.660.22681440.17622741X-RAY DIFFRACTION99.9
1.66-1.710.20851270.17782758X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.770.20971440.17072754X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.840.19381430.17022753X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.920.17531460.16852778X-RAY DIFFRACTION100
1.92-2.030.19651430.15812766X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.150.17521370.1572787X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.320.19571310.15662810X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.550.18411470.17012797X-RAY DIFFRACTION99.93
2.55-2.920.20171390.16222839X-RAY DIFFRACTION99.93
2.92-3.680.16131490.14452863X-RAY DIFFRACTION100
3.68-30.10.16331570.15833028X-RAY DIFFRACTION99.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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