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Yorodumi- PDB-3q1e: Crystal structure of Y116T/I16A double mutant of 5-hydroxyisourat... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3q1e | ||||||
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Title | Crystal structure of Y116T/I16A double mutant of 5-hydroxyisourate hydrolase in complex with T4 | ||||||
Components | 5-hydroxyisourate hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / HIUASE / TRANSTHYRETIN / TRP / THYROID HORMONES / MOLECULAR EVOLUTION / PURINE METABOLISM / Greek key beta-barrel / Point Mutation / peroxisome | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Danio rerio (zebrafish) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Cendron, L. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Zanotti, G. / Berni, R. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2011 Title: Probing the evolution of hydroxyisourate hydrolase into transthyretin through active-site redesign. Authors: Cendron, L. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Rasore, C. / Zanotti, G. / Berni, R. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2006 Title: Structure of zebra fish HIUase: insights into evolution of an enzyme to a hormone transporter Authors: Zanotti, G. / Cendron, L. / Ramazzina, I. / Folli, C. / Percudani, R. / Berni, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3q1e.cif.gz | 105.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3q1e.ent.gz | 81.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3q1e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3q1e_validation.pdf.gz | 465.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3q1e_full_validation.pdf.gz | 471 KB | Display | |
Data in XML | 3q1e_validation.xml.gz | 18.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3q1e_validation.cif.gz | 25.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/3q1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/3q1e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3iwuSC 3iwvC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 5
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-Components
#1: Protein | Mass: 13171.975 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: residues in UNP 20-138 / Mutation: Y116T, I16A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Danio rerio (zebrafish) / Gene: urah / Plasmid: PET28B-HIUASE / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q06S87, hydroxyisourate hydrolase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES, 20% PEG 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.873 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2009 / Details: SI(111) and Pt coated mirrors in KB geometry |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→51.73 Å / Num. all: 33889 / Num. obs: 33889 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.06 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4721 / % possible all: 94.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3IWU Resolution: 1.95→51.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 13.498 / SU ML: 0.173 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.182 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.866 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→51.73 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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