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Yorodumi- PDB-3iwv: Crystal structure of Y116T mutant of 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (TRP) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3iwv | ||||||
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Title | Crystal structure of Y116T mutant of 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (TRP) | ||||||
Components | 5-hydroxyisourate hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Transthyretin / molecular evolution / uric acid degradation / thyroid hormones / Peroxisome / Purine metabolism | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Danio rerio (zebrafish) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.68 Å | ||||||
Authors | Cendron, L. / Ramazzina, I. / Berni, R. / Percudani, R. / Zanotti, G. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2011 Title: Probing the evolution of hydroxyisourate hydrolase into transthyretin through active-site redesign. Authors: Cendron, L. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Rasore, C. / Zanotti, G. / Berni, R. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2006 Title: Structure of zebra fish HIUase: insights into evolution of an enzyme to a hormone transporter Authors: Zanotti, G. / Cendron, L. / Ramazzina, I. / Folli, C. / Percudani, R. / Berni, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3iwv.cif.gz | 110 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3iwv.ent.gz | 85.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3iwv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/3iwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/3iwv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3iwuC 3q1eC 2h1xS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 5
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-Components
#1: Protein | Mass: 15441.656 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: Y116T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Danio rerio (zebrafish) / Gene: urah / Plasmid: pET28b-HIUase / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q06S87, hydroxyisourate hydrolase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 35.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES, 20% PEG10,000, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 25, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.68→44.91 Å / Num. all: 43900 / Num. obs: 43900 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.68→1.77 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 5810 / % possible all: 75.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2H1X Resolution: 1.68→25.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 9.155 / SU ML: 0.124 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.145 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.493 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.68→25.44 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.683→1.727 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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