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- PDB-2h1x: Crystal structure of 5-hydroxyisourate Hydrolase (formerly known ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h1x
タイトルCrystal structure of 5-hydroxyisourate Hydrolase (formerly known as TRP, Transthyretin Related Protein)
要素5-hydroxyisourate Hydrolase (formerly known as TRP, Transthyretin Related Protein)
キーワードHYDROLASE / 5-hydroxyisourate Hydrolase / TRP / uric acid degradation / allantoin
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / urate catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / purine nucleobase metabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like ...Hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxyisourate hydrolase / 5-hydroxyisourate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Zanotti, G. / Cendron, L. / Folli, C. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Berni, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of Zebra fish HIUase: Insights into Evolution of an Enzyme to a Hormone Transporter.
著者: Zanotti, G. / Cendron, L. / Ramazzina, I. / Folli, C. / Percudani, R. / Berni, R.
#1: ジャーナル: NAT.CHEM.BIOL. / 年: 2006
タイトル: Completing the uric acid degradation pathway through phylogenetic comparison of whole genomes
著者: Ramazzina, I. / Folli, C. / Secchi, A. / Berni, R. / Percudani, R.
履歴
登録2006年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-hydroxyisourate Hydrolase (formerly known as TRP, Transthyretin Related Protein)
B: 5-hydroxyisourate Hydrolase (formerly known as TRP, Transthyretin Related Protein)
C: 5-hydroxyisourate Hydrolase (formerly known as TRP, Transthyretin Related Protein)
D: 5-hydroxyisourate Hydrolase (formerly known as TRP, Transthyretin Related Protein)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0414
ポリマ－53,0414
非ポリマー00
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area18530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.078, 64.135, 58.937
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 7 - 119 / Label seq-ID: 7 - 119

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細The homo-tetramer present in the asymmetric unit coincides with the biological assembly

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要素

#1: タンパク質
5-hydroxyisourate Hydrolase (formerly known as TRP, Transthyretin Related Protein)


分子量: 13260.125 Da / 分子数: 4 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: GeneID:558664 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q0P422, UniProt: Q06S87*PLUS, hydroxyisourate hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 20% PEG 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月7日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→500 Å / Num. all: 26947 / Num. obs: 26947 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3574 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F41

1f41


解像度: 1.98→58.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 4.35 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0.19 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25168 1367 5.1 %RANDOM
Rwork0.2057 ---
all0.20809 26946 --
obs0.20809 25579 89.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å20.61 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3---0.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→58.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3572 0 0 121 3693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223672
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1591.9435016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6035448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.69422.821156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.1515560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.6021520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.31563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3270.52516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.5343
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3010.357
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.260.516
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.21822320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.12633668
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34921584
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.32231348
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A452medium positional0.220.5
2B452medium positional0.190.5
3C452medium positional0.190.5
4D452medium positional0.230.5
1A441loose positional0.365
2B441loose positional0.375
3C441loose positional0.415
4D441loose positional0.425
1A452medium thermal0.92
2B452medium thermal0.932
3C452medium thermal0.912
4D452medium thermal0.842
1A441loose thermal2.0710
2B441loose thermal1.8710
3C441loose thermal2.0110
4D441loose thermal1.9110
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 89 -
Rwork0.184 1644 -
obs--78.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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