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- PDB-7k7h: Density-fitted Model Structure of Antibody Variable Domains of Ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k7h
タイトルDensity-fitted Model Structure of Antibody Variable Domains of TyTx1 in Complex with PltB pentamer of Typhoid Toxin
要素
  • Fab Heavy Chain Variable Domain
  • Fab Light Chain Variable Domain
  • Pertussis like toxin subunit B
  • Pertussis toxin-like subunit ArtA
キーワードTOXIN / Typhoid Toxin / A2B5 / Antibody / Fab
機能・相同性Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Enterotoxin / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / extracellular region / Pertussis like toxin subunit B / Pertussis toxin-like subunit ArtA
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Nguyen, T. / Feathers, J.R. / Fromme, J.C. / Song, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R03 AI135767 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 GM098621 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 GM116942 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: The structural basis of Salmonella AB toxin neutralization by antibodies targeting the glycan-receptor binding subunits.
著者: Tri Nguyen / Angelene F Richards / Durga P Neupane / J Ryan Feathers / Yi-An Yang / Ji Hyun Sim / Haewon Byun / Sohyoung Lee / Changhwan Ahn / Greta Van Slyke / J Christopher Fromme / ...著者: Tri Nguyen / Angelene F Richards / Durga P Neupane / J Ryan Feathers / Yi-An Yang / Ji Hyun Sim / Haewon Byun / Sohyoung Lee / Changhwan Ahn / Greta Van Slyke / J Christopher Fromme / Nicholas J Mantis / Jeongmin Song /
要旨: Many bacterial pathogens secrete AB toxins comprising two functionally distinct yet complementary "A" and "B" subunits to benefit the pathogens during infection. The lectin-like pentameric B subunits ...Many bacterial pathogens secrete AB toxins comprising two functionally distinct yet complementary "A" and "B" subunits to benefit the pathogens during infection. The lectin-like pentameric B subunits recognize specific sets of host glycans to deliver the toxin into target host cells. Here, we offer the molecular mechanism by which neutralizing antibodies, which have the potential to bind to all glycan-receptor binding sites and thus completely inhibit toxin binding to host cells, are inhibited from exerting this action. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM)-based analyses indicate that the skewed positioning of the toxin A subunit(s) toward one side of the toxin B pentamer inhibited neutralizing antibody binding to the laterally located epitopes, rendering some glycan-receptor binding sites that remained available for the toxin binding and endocytosis process, which is strikingly different from the counterpart antibodies recognizing the far side-located epitopes. These results highlight additional features of the toxin-antibody interactions and offer important insights into anti-toxin strategies.
履歴
登録2020年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22699
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pertussis like toxin subunit B
B: Pertussis like toxin subunit B
C: Pertussis like toxin subunit B
D: Pertussis like toxin subunit B
E: Pertussis like toxin subunit B
L: Fab Light Chain Variable Domain
H: Fab Heavy Chain Variable Domain
G: Pertussis toxin-like subunit ArtA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9638
ポリマ－89,9638
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Pertussis like toxin subunit B / Subtilase cytotoxin subunit B


分子量: 12563.042 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
遺伝子: pltB, D4F19_07865, D4F39_13740, D4G09_02615, D4X81_03235, D5848_06295, D5891_16360, D5B50_14740, D5C10_10475, D6331_06440, D6K86_15515, D6P24_09080, D6Q71_07195, D7N07_01470, D8R98_02600, ...遺伝子: pltB, D4F19_07865, D4F39_13740, D4G09_02615, D4X81_03235, D5848_06295, D5891_16360, D5B50_14740, D5C10_10475, D6331_06440, D6K86_15515, D6P24_09080, D6Q71_07195, D7N07_01470, D8R98_02600, D8S38_09485, DL104_04040, DLF44_02615, DM364_15630, DMA85_08120, DMV05_17400, DN022_06665, DN116_07470, DN223_02675, DNJ32_13915, DNL67_05455, DNM39_02515, DNV82_15785, DNV95_15160, DOH59_08615, DP757_14390, DPC06_03915, DPJ15_14935, DPS97_10830, DQ802_09840, DQD72_07750, DQJ57_09285, DRE79_02610, DRW87_14355, DRX58_02590, DRX79_07315, DS260_02735, DS269_05775, DS339_07525, DS529_00005, DSM93_00460, DST18_05335, DTV88_06700, DU090_09370, DUQ83_10880, DUW14_00135, DVF55_05015, EDK96_01785, EIT32_03595, EIT43_00570, YL55_10165
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A286LNT9
#2: 抗体 Fab Light Chain Variable Domain


分子量: 12679.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab Heavy Chain Variable Domain


分子量: 12802.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: タンパク質・ペプチド Pertussis toxin-like subunit ArtA / Pertussis-like toxin subunit ArtA


分子量: 1665.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
遺伝子: artA, AFK99_24650, AN748_04695, AOB35_04685, AOC72_15785, AVA64_02290, AVS30_04695, AVS34_04420, AVS35_03980, AYK09_02505, BJP54_09640, BU463_03975, BW003_04370, BXS07_04190, C9E99_16570, ...遺伝子: artA, AFK99_24650, AN748_04695, AOB35_04685, AOC72_15785, AVA64_02290, AVS30_04695, AVS34_04420, AVS35_03980, AYK09_02505, BJP54_09640, BU463_03975, BW003_04370, BXS07_04190, C9E99_16570, C9F07_13170, C9F10_26685, CBK82_04610, CN028_04870, D6R15_03955, DFQ52_06390, DK703_09395, DLM27_02680, DN997_01215, DNM08_05965, DNM99_06525, DPT12_02550, DS310_07935, E0V17_06020, EDK86_05845, EJO30_06115
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Z0MXD9
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Complex of TyTx1 Fab with Typhoid toxinCOMPLEXFab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody in complex with purified Typhoid toxinall0MULTIPLE SOURCES
2Typhoid toxinCOMPLEXS. Typhi A2B5 toxin pltA-E133A cdtB-H160Q double mutant (catalytically inactivated toxin)#1, #41RECOMBINANT
3TyTx1 FabCOMPLEXFab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody TyTx1#2-#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
33
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)90370
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
12Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090Hybridoma
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
115 mMtris(hydroxymethyl)aminomethaneTris1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Freshly prepared size-exclusion-chromatography purified complex of TyTx1 Fab and Typhoid toxin catalytically inactivated toxin double mutant.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: blot for 2.5 second before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 49000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 53 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7Coot0.8.9.1モデルフィッティング
9PHENIX1.16-3549モデル精密化
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 326766 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: Initial local fitting was done using Chimera and then Coot was used for rebuilding Fab variable domains into correct sequences. Refinement was performed using Real Space Refine in PHENIX and ...詳細: Initial local fitting was done using Chimera and then Coot was used for rebuilding Fab variable domains into correct sequences. Refinement was performed using Real Space Refine in PHENIX and was iterated with manual building in Coot.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
14RHR

4rhr

4RHR1PDBexperimental model
21MHH

1mhh

A1MHH2PDBexperimental model
34H20

4h20

H4H203PDBexperimental model
4
5
6
7
精密化交差検証法: NONE
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036476
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5038807
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.6683791
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042979
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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