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- EMDB-22699: Structure of TyTx1 Fab in Complex with Typhoid Toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22699
タイトルStructure of TyTx1 Fab in Complex with Typhoid Toxin
マップデータFull map
試料
  • 複合体: Complex of TyTx1 Fab with Typhoid toxin
    • 複合体: Typhoid toxin
      • タンパク質・ペプチド: Pertussis like toxin subunit B
      • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin-like subunit ArtA
    • 複合体: TyTx1 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Fab Light Chain Variable Domain
      • タンパク質・ペプチド: Fab Heavy Chain Variable Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Enterotoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Pertussis like toxin subunit B / Pertussis toxin-like subunit ArtA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Nguyen T / Feathers JR / Fromme JC / Song J
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R03 AI135767 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 GM098621 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 GM116942 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: The structural basis of Salmonella AB toxin neutralization by antibodies targeting the glycan-receptor binding subunits.
著者: Tri Nguyen / Angelene F Richards / Durga P Neupane / J Ryan Feathers / Yi-An Yang / Ji Hyun Sim / Haewon Byun / Sohyoung Lee / Changhwan Ahn / Greta Van Slyke / J Christopher Fromme / ...著者: Tri Nguyen / Angelene F Richards / Durga P Neupane / J Ryan Feathers / Yi-An Yang / Ji Hyun Sim / Haewon Byun / Sohyoung Lee / Changhwan Ahn / Greta Van Slyke / J Christopher Fromme / Nicholas J Mantis / Jeongmin Song /
要旨: Many bacterial pathogens secrete AB toxins comprising two functionally distinct yet complementary "A" and "B" subunits to benefit the pathogens during infection. The lectin-like pentameric B subunits ...Many bacterial pathogens secrete AB toxins comprising two functionally distinct yet complementary "A" and "B" subunits to benefit the pathogens during infection. The lectin-like pentameric B subunits recognize specific sets of host glycans to deliver the toxin into target host cells. Here, we offer the molecular mechanism by which neutralizing antibodies, which have the potential to bind to all glycan-receptor binding sites and thus completely inhibit toxin binding to host cells, are inhibited from exerting this action. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM)-based analyses indicate that the skewed positioning of the toxin A subunit(s) toward one side of the toxin B pentamer inhibited neutralizing antibody binding to the laterally located epitopes, rendering some glycan-receptor binding sites that remained available for the toxin binding and endocytosis process, which is strikingly different from the counterpart antibodies recognizing the far side-located epitopes. These results highlight additional features of the toxin-antibody interactions and offer important insights into anti-toxin strategies.
履歴
登録2020年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月1日-
マップ公開2021年9月1日-
更新2021年9月22日-
現状2021年9月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0102
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0102
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7k7h
  • 表面レベル: 0.0102
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22699.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22699.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0102 / ムービー #1: 0.0102
最小 - 最大-0.0350301 - 0.058804728
平均 (標準偏差)-1.4970027e-06 (±0.0014786812)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.000249.000249.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0350.059-0.000

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添付データ

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追加マップ: Post-processed map

ファイルemd_22699_additional_1.map
注釈Post-processed map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Post-processed Masked Map

ファイルemd_22699_additional_2.map
注釈Post-processed Masked Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_22699_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_22699_half_map_2.map
注釈Half-map 2
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試料の構成要素

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全体 : Complex of TyTx1 Fab with Typhoid toxin

全体名称: Complex of TyTx1 Fab with Typhoid toxin
要素
  • 複合体: Complex of TyTx1 Fab with Typhoid toxin
    • 複合体: Typhoid toxin
      • タンパク質・ペプチド: Pertussis like toxin subunit B
      • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin-like subunit ArtA
    • 複合体: TyTx1 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Fab Light Chain Variable Domain
      • タンパク質・ペプチド: Fab Heavy Chain Variable Domain

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超分子 #1: Complex of TyTx1 Fab with Typhoid toxin

超分子名称: Complex of TyTx1 Fab with Typhoid toxin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody in complex with purified Typhoid toxin

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超分子 #2: Typhoid toxin

超分子名称: Typhoid toxin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4
詳細: S. Typhi A2B5 toxin pltA-E133A cdtB-H160Q double mutant (catalytically inactivated toxin)
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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超分子 #3: TyTx1 Fab

超分子名称: TyTx1 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody TyTx1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組換細胞: Hybridoma

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分子 #1: Pertussis like toxin subunit B

分子名称: Pertussis like toxin subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
分子量理論値: 12.563042 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
EWTGDNTNAY YSDEVISELH VGQIDTSPYF CIKTVKANGS GTPVVACAVS KQSIWAPSFK ELLDQARYFY STGQSVRIHV QKNIWTYPL FVNTFSANAL VGLSSCSATQ CFGPK

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分子 #2: Fab Light Chain Variable Domain

分子名称: Fab Light Chain Variable Domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.679397 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
DIVMSQSPSS LAVSAGEKVN MSCKSSQSLF NSRTRKNHLA WYQQKPGQSP KLMIYWASTG ECVVRDRFTG SGCGTDFTLT ISSVQDEDR AVYLCKQSHN RALTFGCGTK LEMKR

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分子 #3: Fab Heavy Chain Variable Domain

分子名称: Fab Heavy Chain Variable Domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.802131 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
EIQSQQCGPE LVKPGSSVKV SCKASGYAFT NYKALGSKQS HGKSLEWIGY IDPYNSDSSY NQQFKDKATL TVDKSSSTAY MYLNSLTSE DSAVYYCAGL ELTGTLPYWG QGTLVTVSA

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分子 #4: Pertussis toxin-like subunit ArtA

分子名称: Pertussis toxin-like subunit ArtA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
分子量理論値: 1.66597 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
FYDARPVIEL ILSK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
15.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
150.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 2.5 second before plunging.
詳細Freshly prepared size-exclusion-chromatography purified complex of TyTx1 Fab and Typhoid toxin catalytically inactivated toxin double mutant.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 49000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4k6l

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 326766
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4rhr


1mhh

chain_id: A

4h20

chain_id: H
詳細Initial local fitting was done using Chimera and then Coot was used for rebuilding Fab variable domains into correct sequences. Refinement was performed using Real Space Refine in PHENIX and was iterated with manual building in Coot.
得られたモデル

PDB-7k7h:
Density-fitted Model Structure of Antibody Variable Domains of TyTx1 in Complex with PltB pentamer of Typhoid Toxin

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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