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- PDB-4k6l: Structure of Typhoid Toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k6l
タイトルStructure of Typhoid Toxin
要素
  • (Putative pertussis-like toxin subunit) x 2
  • Cytolethal distending toxin subunit B homolog
キーワードTOXIN / complex / bacterial toxin / sugar
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / toxin activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cytolethal distending toxin B / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 ...Cytolethal distending toxin B / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Enterotoxin / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pertussis-like toxin subunit / Pertussis toxin-like subunit ArtA / Cytolethal distending toxin subunit B homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.393 Å
データ登録者Gao, X. / Song, J. / Galan, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structure and function of the Salmonella Typhi chimaeric A(2)B(5) typhoid toxin.
著者: Song, J. / Gao, X. / Galan, J.E.
履歴
登録2013年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22013年7月31日Group: Database references
改定 1.32014年10月29日Group: Structure summary
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative pertussis-like toxin subunit
B: Putative pertussis-like toxin subunit
C: Putative pertussis-like toxin subunit
D: Putative pertussis-like toxin subunit
E: Putative pertussis-like toxin subunit
F: Cytolethal distending toxin subunit B homolog
G: Putative pertussis-like toxin subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,81915
ポリマ－116,0827
非ポリマー7378
水6,882382
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18360 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area37440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.386, 261.076, 109.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-328-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Putative pertussis-like toxin subunit


分子量: 12563.042 Da / 分子数: 5 / 断片: unp residues 24-137 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
遺伝子: STY1891, t1107 / プラスミド: PET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8Z6A3
#2: タンパク質 Cytolethal distending toxin subunit B homolog / CDT B / Deoxyribonuclease CdtB


分子量: 28149.777 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 23-269 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
遺伝子: cdtB, STY1886, t1111 / プラスミド: PET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q8Z6A7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: タンパク質 Putative pertussis-like toxin subunit


分子量: 25117.145 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 19-242 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
遺伝子: STY1890, t1108 / プラスミド: PET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q8Z6A4, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.6 M sodium formate and 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→32 Å / Num. all: 43611 / Num. obs: 43127 / % possible obs: 0.989 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 41.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID, 1SR4, 1PRT, 3DWP

1sr4

1prt

3dwp


解像度: 2.393→31.908 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 2189 5.08 %
Rwork0.2075 --
obs0.2098 43127 96.06 %
all-43611 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.393→31.908 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8102 0 48 382 8532
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048357
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83911358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3182939
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3935-2.44550.34421290.29922375X-RAY DIFFRACTION91
2.4455-2.50230.33731480.29692518X-RAY DIFFRACTION96
2.5023-2.56490.31541270.28712501X-RAY DIFFRACTION96
2.5649-2.63420.38081280.27912531X-RAY DIFFRACTION96
2.6342-2.71170.3221450.2762532X-RAY DIFFRACTION96
2.7117-2.79920.30981240.282555X-RAY DIFFRACTION96
2.7992-2.89910.29861340.27372523X-RAY DIFFRACTION95
2.8991-3.01510.34081190.25692541X-RAY DIFFRACTION96
3.0151-3.15220.31961310.26392530X-RAY DIFFRACTION96
3.1522-3.31830.25731480.24192557X-RAY DIFFRACTION97
3.3183-3.52590.27841510.22162543X-RAY DIFFRACTION97
3.5259-3.79780.25181240.19682597X-RAY DIFFRACTION96
3.7978-4.17920.24511350.18152521X-RAY DIFFRACTION94
4.1792-4.78220.17951290.14392628X-RAY DIFFRACTION97
4.7822-6.01850.1981510.1592687X-RAY DIFFRACTION99
6.0185-31.91070.19321660.16742799X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5741.78380.6667.6857-1.32586.1517-0.20610.04780.39890.12510.25360.7224-0.8821-0.4154-0.06340.69390.0590.11570.22560.09830.95358.624370.878710.8082
21.82781.33260.91713.26860.51292.3640.08040.18630.7779-0.91350.15290.1691-0.4003-0.2324-0.23410.61870.11480.12510.38210.22870.74558.099661.167-4.0353
33.22981.79680.36173.3778-0.93361.3836-0.13310.25070.39520.18820.17240.1725-0.4092-0.0888-0.08550.9046-0.07080.20070.3260.25630.837614.094262.7245-5.8617
40.0113-0.0021-0.00390.0044-0.00320.0044-0.15230.30980.3578-0.33250.03990.9636-0.5576-0.76060.06830.81420.3995-0.17610.85720.03240.8026-4.601561.5887-7.1833
51.20231.71960.69694.68620.74581.86660.24860.3880.7825-0.39930.2631-0.5077-0.58780.1523-0.36190.575-0.05450.18390.30380.05830.716315.226159.8960.8589
63.54620.63911.25220.65351.48993.41-0.11950.13180.51180.13990.08150.2258-0.04660.1953-0.00640.49810.07720.01120.39880.18760.7764.272661.22882.8647
70.5413-0.1660.47081.5890.41430.61210.10930.17260.2098-0.35230.0208-0.2905-0.32030.14740.11821.361-0.01740.39150.48670.36451.149813.781672.1731-8.1056
83.83111.80380.37180.8918-0.14182.46290.5176-0.07380.495-0.2408-0.40580.1683-0.5088-0.2466-0.07510.52530.02110.07010.24540.02120.64652.038359.82317.7589
92.32720.5717-0.27681.2130.23751.32130.1262-0.23150.5405-0.0063-0.0291-0.0306-0.33080.1461-0.12120.3093-0.03940.00630.2433-0.04060.370310.462651.779919.5618
103.97860.94060.44833.1995-0.42043.65650.1704-0.19510.53190.0741-0.1199-0.4046-0.64060.3177-0.08650.3208-0.03560.00940.2455-0.03950.40997.776552.963319.8759
111.8596-0.82560.36343.5474-0.28532.62490.0928-0.11030.4640.07220.0059-0.1045-0.33120.3881-0.11180.1983-0.06510.03890.2815-0.0260.374511.829749.510519.3727
120.22190.41670.41282.8363-0.441.96560.30550.26020.54170.0056-0.1447-0.1391-0.61120.0718-0.04031.27060.17920.35490.72690.4840.973721.184662.7131-19.5056
130.4896-0.6962-0.95772.4374-0.19423.53090.43020.19910.5545-0.24870.1484-0.0562-0.7073-0.0522-0.47370.487-0.02350.18760.49620.21720.645828.023746.4751-14.565
143.8056-0.4672-1.04744.576-0.94722.09260.73580.86720.6985-0.406-0.1811-0.3106-0.8386-0.2155-0.53030.78340.02580.28860.74930.09510.582326.174950.6984-18.8555
152.4323-0.6309-1.04892.65820.84951.830.4564-0.11330.6658-0.1324-0.06710.1885-0.67040.0902-0.42070.6397-0.00930.19520.49410.22020.6522.923252.0638-7.9617
160.8909-1.73150.57863.5622-0.42182.88150.45630.06580.4553-0.58-0.0123-0.1208-0.7499-0.0624-0.3550.84850.15370.24130.75670.31670.614818.139554.6561-17.4828
171.50420.03330.40440.0884-0.08690.2101-0.0020.03120.07210.02250.0210.0309-0.10810.07490.06491.067-0.26290.58090.88660.17811.171436.136555.0979-20.6069
182.36290.37750.26530.794-0.28110.37540.19560.67840.553-0.56450.0704-0.1959-0.39220.0485-0.18040.90990.04960.37090.62710.24960.764729.962551.1475-19.018
190.22220.1597-0.06380.1151-0.04270.0712-0.30650.19550.0273-0.6692-0.0313-0.0298-0.4306-0.05290.29471.11510.4150.00610.8550.28630.8429.472459.2786-17.8062
201.30231.57880.35192.22921.08641.8728-0.132-0.2569-0.1640.09930.1258-0.22110.16690.52230.03570.21630.0265-0.05680.47650.02590.274727.811730.759516.5482
212.3148-1.5907-0.00045.63192.39982.8399-0.0912-0.51830.05840.0602-0.16460.0319-0.0240.05070.23510.2238-0.03990.0230.38550.03980.279122.503837.535620.0009
222.2686-0.74030.73951.67341.72372.9330.2224-0.2549-0.11590.5872-0.1017-0.24680.24810.295-0.12460.281-0.02580.00550.49010.04310.240224.199631.881920.0048
232.309-0.64121.4392.20121.35692.4250.2739-0.19360.3573-0.1513-0.0589-0.393-0.23570.4198-0.20020.2438-0.08570.05040.40940.00970.257125.596238.082910.6162
246.4811-1.46480.0724.0005-1.36874.5555-0.1558-0.2606-0.30410.04510.0710.05410.38640.31020.09360.280600.00170.29350.03080.339226.576127.392112.5238
251.0709-0.20190.59850.6638-0.42530.73260.0624-0.7573-0.29080.31950.2267-0.25610.18520.2746-0.25840.2332-0.0082-0.06160.66350.05110.366126.860634.530524.7506
262.59893.6241-0.38625.3234-1.5884.5803-0.21860.4016-1.3075-0.1199-0.11460.05351.47750.21980.27580.51730.07150.00310.3491-0.1020.568129.399421.15555.5291
272.1265-0.43860.18221.70850.32293.8946-0.0099-0.01950.2847-0.20550.0228-0.1785-0.07230.77120.01370.1999-0.01530.03810.3624-0.01690.362835.278933.5805-4.6624
287.041-3.6611-2.10275.0386-2.93815.81210.2282-0.3174-0.0252-0.37190.06630.27710.06530.5671-0.21660.19210.00080.04240.35560.03060.306635.718230.6933-4.2816
293.4172-0.38980.54551.577-0.65224.29820.19610.0681-0.2758-0.05510.0895-0.2771-0.27740.4354-0.27380.2205-0.06850.06980.4169-0.01220.447134.985435.1471-3.7165
303.39313.1408-2.50567.76260.85193.92610.03951.26830.2541-1.51950.3680.19020.3507-0.5182-0.37170.5501-0.0875-0.00710.81510.17610.419528.811436.1465-20.5144
311.7989-0.908-1.61082.01770.05393.3912-0.17840.1086-0.4112-0.62470.056-0.3370.360.09970.09220.4355-0.06620.06770.3988-0.10170.4229-12.48114.3566-19.0291
322.6426-2.169-1.50963.9471-0.42376.1087-0.14840.014-0.3753-0.376-0.00070.01810.60670.19590.1590.51920.02160.15340.321-0.14240.4738-9.6822-0.7177-16.7257
332.21990.1240.29333.24760.22371.9773-0.22540.3302-0.0906-0.50870.18930.35440.0655-0.14770.04020.3371-0.0871-0.02210.4013-0.05470.2989-25.446312.2242-16.3682
341.64270.41740.04161.57850.99691.73270.04560.0821-0.0610.0469-0.0703-0.15430.0358-0.23080.03070.206-0.0137-0.04840.30650.05760.1998-6.207230.24973.033
353.0171.41560.97024.68130.12011.8268-0.06660.34240.0087-0.32540.0801-0.2577-0.1405-0.0095-0.00780.23660.00870.00710.34420.01930.1636-3.882931.2644-3.7658
369.7717-2.6622-4.93789.3594-2.60174.5379-0.2576-0.09980.06190.5661-0.2437-1.3005-0.15911.24780.480.29190.0105-0.02030.45230.20530.424814.848442.1421-0.1445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 47 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 48 through 59 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 60 through 66 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 67 through 95 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 96 through 104 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 105 through 120 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 121 through 137 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 24 through 59 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 60 through 76 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 77 through 137 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 24 through 36 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 37 through 59 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 60 through 76 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 77 through 95 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 96 through 104 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 105 through 110 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 111 through 127 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 128 through 137 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 24 through 47 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 48 through 59 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 60 through 76 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 77 through 95 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 96 through 104 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 105 through 127 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 128 through 137 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 24 through 59 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 60 through 76 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 77 through 127 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 128 through 137 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 23 through 90 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 91 through 121 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 122 through 269 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 19 through 172 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 173 through 231 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 232 through 242 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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