PDB-3dl9: Crystal structure of CYP2R1 in complex with 1-alpha-hydroxy-vitamin D2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dl9

タイトル

Crystal structure of CYP2R1 in complex with 1-alpha-hydroxy-vitamin D2

要素

Cytochrome P450 2R1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cytochrome p450 / vitamin d / vitamin s 25-hydroxylase / drug metabolism / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Disease mutation / Endoplasmic reticulum / Heme / Iron / Membrane / Metal-binding / Microsome / Monooxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

vitamin D 25-hydroxylase / vitamin metabolic process / response to cesium ion / calcitriol biosynthetic process from calciol / D3 vitamins binding / Vitamins / Defective CYP27B1 causes VDDR1B / organic acid metabolic process / vitamin D3 25-hydroxylase activity / Vitamin D (calciferol) metabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.721 Å

データ登録者

Strushkevich, N.V. / Tempel, W. / Gilep, A.A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of CYP2R1 in complex with 1-alpha-hydroxy-vitamin D2.
著者: Strushkevich, N.V. / Tempel, W. / Gilep, A.A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2008年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dl9.cif.gz	208.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dl9.ent.gz	166.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dl9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/3dl9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/3dl9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3czhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1fah-2 6dwn-2 5xa3-3 3wsp-2 4du2-1 6hn8-1 2hpd-1 5xa3-4 3czh-1 1iay-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (7) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 2R1

B: Cytochrome P450 2R1

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P450 2R1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
57.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome P450 2R1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
57.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.303, 163.040, 152.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

#1: タンパク質

Cytochrome P450 2R1 / Vitamin D 25-hydroxylase

分子量: 55141.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2R1 / プラスミド: pCW / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: Q6VVX0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...

#2: 多糖

Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin

#3: 化合物

ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME

分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄

#4: 化合物

ChemComp-V2H / (1S,3R,5Z,7E,22E)-9,10-secoergosta-5,7,10,22-tetraene-1,3-diol / 1-alpha-hydroxy-vitamin D2

分子量: 412.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₄O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.23 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 1.2M Ammounium sulfate, 0.1M ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.72→50 Å / Num. obs: 46055 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.163 / Χ²: 1.99 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.72-2.77	7.2	0.957	2276	1.41	100
2.77-2.82	7.4	0.857	2289	1.35	100
2.82-2.87	7.4	0.745	2281	1.383	100
2.87-2.93	7.4	0.633	2264	1.419	100
2.93-2.99	7.4	0.546	2274	1.453	100
2.99-3.06	7.4	0.453	2279	1.486	100
3.06-3.14	7.4	0.39	2290	1.481	100
3.14-3.22	7.4	0.335	2277	1.554	100
3.22-3.32	7.4	0.252	2308	1.669	100
3.32-3.43	7.4	0.218	2288	1.749	100
3.43-3.55	7.3	0.193	2281	1.89	100
3.55-3.69	7.3	0.157	2280	2.042	100
3.69-3.86	7.3	0.133	2289	2.19	100
3.86-4.06	7.2	0.118	2304	2.371	100
4.06-4.32	7.1	0.11	2310	2.69	100
4.32-4.65	6.9	0.092	2322	2.983	100
4.65-5.12	6.9	0.09	2306	2.939	100
5.12-5.86	6.9	0.093	2340	2.75	100
5.86-7.38	6.8	0.081	2358	2.506	100
7.38-50	6.5	0.048	2439	2.759	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.3.0037	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-3000		データ削減
REFMAC	5.3.0037	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3CZH

3czh

解像度: 2.721→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / WR_factor R_free: 0.192 / WR_factor R_work: 0.161 / SU B: 10.35 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. Programs coot, prodrg, molprobity have also been used in refinement. 3. THE 2-HYDROXYPROPYL-BETA-CYCLODEXTRIN WAS ADDED TO THE PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	1369	2.992 %	thin shells (sftools)
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.184	45761	99.213 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.005 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.837 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.163 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.675 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.721→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7453	0	386	120	7959

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	8106
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	5421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	2.048	11097
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.019	3	13168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.462	5	930
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.272	23.47	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.219	15	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.841	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	5604
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	4055
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	3844
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.176	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.284	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.085	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.331	2	4836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.198	2	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.171	3	7525
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.035	2	3826
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.555	3	3564

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.721-2.792		0	0.282	3196	3359	95.147
2.792-2.867		0	0.265	3214	3257	98.68
2.867-2.95	0.298	306	0.251	2848	3180	99.182
2.95-3.04	0.286	34	0.246	3014	3081	98.929
3.04-3.138		0	0.227	2989	3005	99.468
3.138-3.247	0.266	106	0.225	2781	2899	99.586
3.247-3.368	0.214	165	0.202	2639	2814	99.645
3.368-3.504		0	0.197	2684	2689	99.814
3.504-3.657	0.23	230	0.186	2378	2609	99.962
3.657-3.833		0	0.166	2471	2476	99.798
3.833-4.037		0	0.155	2366	2379	99.454
4.037-4.277	0.18	177	0.148	2074	2265	99.382
4.277-4.565		0	0.132	2114	2117	99.858
4.565-4.922	0.189	133	0.141	1857	1992	99.9
4.922-5.377		0	0.155	1831	1831	100
5.377-5.988	0.201	93	0.175	1593	1686	100
5.988-6.868	0.265	59	0.19	1428	1489	99.866
6.868-8.304		0	0.164	1284	1284	100
8.304-11.318	0.166	43	0.132	991	1037	99.711
11.318-30	0.169	23	0.186	640	675	98.222

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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