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- PDB-3c6g: Crystal structure of CYP2R1 in complex with vitamin D3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c6g
タイトルCrystal structure of CYP2R1 in complex with vitamin D3
要素Cytochrome P450 2R1
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome p450 / vitamin d3 / vitamin D 25-hydroxylase / drug metabolism / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Disease mutation / Endoplasmic reticulum / Heme / Iron / Membrane / Metal-binding / Microsome / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin D 25-hydroxylase / vitamin metabolic process / response to cesium ion / calcitriol biosynthetic process from calciol / D3 vitamins binding / Vitamins / Defective CYP27B1 causes VDDR1B / organic acid metabolic process / vitamin D3 25-hydroxylase activity / Vitamin D (calciferol) metabolism ...vitamin D 25-hydroxylase / vitamin metabolic process / response to cesium ion / calcitriol biosynthetic process from calciol / D3 vitamins binding / Vitamins / Defective CYP27B1 causes VDDR1B / organic acid metabolic process / vitamin D3 25-hydroxylase activity / Vitamin D (calciferol) metabolism / vitamin D metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / response to ionizing radiation / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cyclodextrin / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-VD3 / Vitamin D 25-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Strushkevich, N.V. / Min, J. / Loppnau, P. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. ...Strushkevich, N.V. / Min, J. / Loppnau, P. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of CYP2R1 in complex with vitamin D3.
著者: Strushkevich, N. / Usanov, S.A. / Plotnikov, A.N. / Jones, G. / Park, H.W.
履歴
登録2008年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年2月19日ID: 2OJD
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2R1
B: Cytochrome P450 2R1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,59115
ポリマ－110,2832
非ポリマー4,30813
水1,72996
1
A: Cytochrome P450 2R1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1426
ポリマ－55,1411
非ポリマー1,0015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 2R1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4489
ポリマ－55,1411
非ポリマー3,3078
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.680, 163.051, 152.755
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome P450 2R1 / Vitamin D 25-hydroxylase


分子量: 55141.266 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 32-501 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2R1 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: Q6VVX0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q6VVX0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む
#2: 多糖 Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,7,7/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a1-g4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0

-
非ポリマー , 4種, 107分子

#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-VD3 / (1S,3Z)-3-[(2E)-2-[(1R,3AR,7AS)-7A-METHYL-1-[(2R)-6-METHYLHEPTAN-2-YL]-2,3,3A,5,6,7-HEXAHYDRO-1H-INDEN-4-YLIDENE]ETHYLI DENE]-4-METHYLIDENE-CYCLOHEXAN-1-OL / VITAMIN D3


分子量: 384.638 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 1.1M Ammonium sulfate, 0.1M ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 47597 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Χ2: 1.584 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.84.90.80941161.73786.2
2.8-2.916.50.70447321.52499
2.91-3.047.30.53547621.44799.9
3.04-3.27.50.35447851.263100
3.2-3.47.50.21948271.324100
3.4-3.667.50.15747821.425100
3.66-4.037.40.11748121.838100
4.03-4.617.30.08448561.988100
4.61-5.87.30.06748821.674100
5.8-306.90.04950431.69899.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SUO

1suo


解像度: 2.8→29.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.734 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.534 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2-HYDROXYPROPYL-BETA-CYCLODEXTRIN WAS ADDED TO THE PROTEIN SAMPLE. DUE TO LIMITED RESOLUTION OF THE ELECTRON DENSITY MAP AND LACK OF A ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2-HYDROXYPROPYL-BETA-CYCLODEXTRIN WAS ADDED TO THE PROTEIN SAMPLE. DUE TO LIMITED RESOLUTION OF THE ELECTRON DENSITY MAP AND LACK OF A PRECISE CHEMICAL DESCRIPTION OF THE ADDITIVE, IT WAS MODELED HERE AS BETA-CYCLODEXTRIN. PROGRAMS PRODRG, COOT, MOLPROBITY HAVE ALSO BEEN USED IN REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2132 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 42392 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.036 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7556 0 303 96 7955
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0228105
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2592.01611041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8493.00113438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2955929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.24923.325379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.761151291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4671548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021707
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21756
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.25449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.23982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.24078
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0120.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2490.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.14126006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3221866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.61137536
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.60524145
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.31533501
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 179 -
Rwork0.309 2862 -
all-3041 -
obs--98.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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