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- PDB-4q92: 1.90 Angstrom resolution crystal structure of apo betaine aldehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q92
タイトル1.90 Angstrom resolution crystal structure of apo betaine aldehyde dehydrogenase (betB) G234S mutant from Staphylococcus aureus (IDP00699) with BME-modified Cys289
要素Betaine aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / NAD / Center for Structural Genomics of Infectious / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Rossmann fold / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Betaine aldehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Betaine aldehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Betaine-aldehyde dehydrogenase / Betaine aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Chen, C. / Joo, J.C. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural and functional analysis of betaine aldehyde dehydrogenase from Staphylococcus aureus.
著者: Halavaty, A.S. / Rich, R.L. / Chen, C. / Joo, J.C. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J.R. / Myszka, D.G. / Duban, M. / Shuvalova, L. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F.
履歴
登録2014年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Betaine aldehyde dehydrogenase
B: Betaine aldehyde dehydrogenase
C: Betaine aldehyde dehydrogenase
D: Betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,23912
ポリマ－228,8894
非ポリマー3508
水28,6621591
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21630 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area62490 Å2
手法PISA
2
A: Betaine aldehyde dehydrogenase
B: Betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6206
ポリマ－114,4452
非ポリマー1754
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area33770 Å2
手法PISA
3
C: Betaine aldehyde dehydrogenase
D: Betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6206
ポリマ－114,4452
非ポリマー1754
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7910 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area34440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.363, 156.438, 88.417
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-768-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLYSLYSAA0 - 49621 - 517
21GLYGLYLYSLYSBB0 - 49621 - 517
12METMETSERSERAA1 - 49522 - 516
22METMETSERSERCC1 - 49522 - 516
13GLYGLYSERSERAA0 - 49521 - 516
23GLYGLYSERSERDD0 - 49521 - 516
14METMETSERSERBB1 - 49522 - 516
24METMETSERSERCC1 - 49522 - 516
15GLYGLYSERSERBB0 - 49521 - 516
25GLYGLYSERSERDD0 - 49521 - 516
16METMETSERSERCC1 - 49522 - 516
26METMETSERSERDD1 - 49522 - 516

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Betaine aldehyde dehydrogenase


分子量: 57222.273 Da / 分子数: 4 / 変異: G234S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: betB, SACOL2628 / プラスミド: p15TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic
参照: UniProt: Q5HCU0, UniProt: A0A0H2X0S3*PLUS, betaine-aldehyde dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 7.3 mg/mL protein in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM sodium chloride, 5 mM BME against PACT Suite A5/5 (0.1 M SPG, pH 8.0, 25% w/v PEG1500), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月17日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 155391 / Num. obs: 155391 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 7680 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NI4

4ni4
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.9→29.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 7.807 / SU ML: 0.122 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2229 7795 5 %RANDOM
Rwork0.1936 ---
obs0.1951 147596 98.73 %-
all-147596 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.801 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.22 Å20 Å2-0.1 Å2
2---2.58 Å2-0 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15456 0 20 1591 17067
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01916471
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0215604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5131.95722377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.108336085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4752129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.99125.503776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.525152894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1191575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.22453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023652
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A318890.07
12B318890.07
21A315840.08
22C315840.08
31A318130.07
32D318130.07
41B313060.08
42C313060.08
51B315990.07
52D315990.07
61C316220.07
62D316220.07
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 560 -
Rwork0.258 10678 -
obs-10678 97.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52450.0048-0.00851.48840.62711.04750.01430.1127-0.0517-0.0881-0.08840.17220.0124-0.20050.0740.0266-0.0112-0.03270.2743-0.03450.0529100.3007-141.5114188.611
20.56860.46740.00951.190.19340.33880.00630.1076-0.0075-0.1984-0.06020.0679-0.0248-0.13090.05390.08830.032-0.03720.2452-0.00340.0276108.5801-130.9396187.145
30.8723-0.07140.02270.99410.19690.54560.0150.0472-0.0181-0.2061-0.0219-0.02720.0697-0.0260.00690.0868-0.00310.02180.17420.00390.0107127.049-157.6793182.405
40.3069-0.3997-0.0531.47880.07820.3139-0.0154-0.00820.052-0.08190.0253-0.2041-0.02890.0436-0.00990.0241-0.0060.01010.1981-0.00290.0286126.3624-131.4175195.1127
50.19160.1032-0.02242.06690.00260.64070.01360.05380.0096-0.44430.0919-0.4323-0.20920.1815-0.10550.1877-0.07130.15520.2637-0.0060.147140.6104-108.2845188.028
60.3530.2479-0.10941.44920.46040.53450.03270.06650.0268-0.45440.0566-0.1969-0.21390.0893-0.08930.1862-0.01480.09530.24540.00070.0772132.5662-118.4383186.3208
71.38120.2052-0.23151.5763-0.0040.3223-0.04820.12930.1034-0.58850.0370.0791-0.16780.01340.01130.3599-0.0058-0.05060.17730.02910.0168114.0245-91.7833182.6665
80.205-0.2918-0.08351.65760.38560.3172-0.0036-0.0039-0.0107-0.2548-0.00270.1326-0.0751-0.02630.00630.0649-0.0036-0.02240.17520.01510.015114.634-117.804195.2897
90.73580.03990.35150.67670.09930.5786-0.01630.0365-0.01070.13060.0239-0.2657-0.09430.1001-0.00760.0684-0.0212-0.07580.1792-0.00130.1239142.0844-109.1255227.4046
100.57710.17980.13670.75950.11520.3695-0.0057-0.0123-0.02830.20720.0106-0.1853-0.0310.0507-0.0050.07410.0007-0.05840.1728-0.00110.0493130.4671-114.5583229.4656
110.47090.34610.22881.49110.2140.70560.0890.0317-0.09710.37390.0482-0.57450.13440.1724-0.13710.13260.0447-0.19960.2366-0.04620.3094153.4469-138.2083232.483
120.4396-0.25030.03421.00820.00370.27510.04080.03030.00040.15850.0046-0.1820.07520.0215-0.04540.0703-0.0043-0.05220.1831-0.01090.0462129.6351-134.0618223.6235
130.48380.0957-0.25130.7797-0.39340.5562-0.00050.00630.0070.15890.08950.18920.0309-0.1273-0.0890.0771-0.00870.04550.22290.01840.055199.3259-140.7556228.6702
140.59750.1627-0.10690.76530.04750.24480.001-0.0160.02380.21830.01170.02220.0323-0.0485-0.01270.06760.00550.00510.17860.01570.0031112.7257-134.9745229.4036
150.72410.06950.19413.122-0.3450.2858-0.0504-0.1650.00060.70050.12030.5585-0.1577-0.0771-0.06990.22440.07450.18470.29480.05250.177789.9606-111.1786234.2398
160.5201-0.47820.0041.32910.0480.3151-0.0404-0.00150.04360.21750.04490.0014-0.0697-0.0277-0.00440.06220.00160.00670.18950.00430.0058113.2825-115.7478223.9186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2A127 - 257
3X-RAY DIFFRACTION3A258 - 403
4X-RAY DIFFRACTION4A404 - 496
5X-RAY DIFFRACTION5B0 - 129
6X-RAY DIFFRACTION6B130 - 257
7X-RAY DIFFRACTION7B258 - 401
8X-RAY DIFFRACTION8B402 - 496
9X-RAY DIFFRACTION9C1 - 129
10X-RAY DIFFRACTION10C130 - 257
11X-RAY DIFFRACTION11C258 - 381
12X-RAY DIFFRACTION12C382 - 496
13X-RAY DIFFRACTION13D-4 - 125
14X-RAY DIFFRACTION14D126 - 258
15X-RAY DIFFRACTION15D259 - 383
16X-RAY DIFFRACTION16D384 - 496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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