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万見
- PDB-4mpy: 1.85 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mpy
タイトル1.85 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase (betB) from Staphylococcus aureus (IDP00699) in complex with NAD+
要素Betaine aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / NAD / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Betaine aldehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Betaine aldehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Betaine-aldehyde dehydrogenase / Betaine aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用
ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: Structure-based mutational studies of substrate inhibition of betaine aldehyde dehydrogenase BetB from Staphylococcus aureus.
著者: Chen, C. / Joo, J.C. / Brown, G. / Stolnikova, E. / Halavaty, A.S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Yakunin, A.F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural and functional analysis of betaine aldehyde dehydrogenase from Staphylococcus aureus
著者: Halavaty, A.S. / Rich, R.L. / Chen, C. / Joo, J.C. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J.R. / Myszka, D.G. / Duban, M. / Shuvalova, L. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F.
履歴
登録2013年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年10月9日ID: 3FG0
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22015年5月13日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Betaine aldehyde dehydrogenase
B: Betaine aldehyde dehydrogenase
C: Betaine aldehyde dehydrogenase
D: Betaine aldehyde dehydrogenase
E: Betaine aldehyde dehydrogenase
F: Betaine aldehyde dehydrogenase
G: Betaine aldehyde dehydrogenase
H: Betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,78135
ポリマ－460,0378
非ポリマー5,74427
水82,4014574
1
A: Betaine aldehyde dehydrogenase
B: Betaine aldehyde dehydrogenase
C: Betaine aldehyde dehydrogenase
D: Betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,85616
ポリマ－230,0184
非ポリマー2,83812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26210 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area60920 Å2
手法PISA
2
E: Betaine aldehyde dehydrogenase
F: Betaine aldehyde dehydrogenase
G: Betaine aldehyde dehydrogenase
H: Betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,92519
ポリマ－230,0184
非ポリマー2,90715
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26070 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area60740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.866, 159.146, 122.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Betaine aldehyde dehydrogenase


分子量: 57504.582 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: betB, SACOL2628 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5HCU0, UniProt: A0A0H2X0S3*PLUS, betaine-aldehyde dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1:1 v/v PEGsII Suite (condition D10) and protein (7.4 mg/mL in 0.25 M sodium chloride, 5 mM BME, 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 2 mM NAD+), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月10日 / 詳細: K-B mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→25 Å / Num. all: 324147 / Num. obs: 324147 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 12.84
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 3.21 / Num. unique all: 16115 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→24.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.292 / SU ML: 0.069 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16675 9843 3 %RANDOM
Rwork0.12564 ---
obs0.12688 314222 99.71 %-
all-314222 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.214 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å2-0 Å20.67 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31059 0 371 4574 36004
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01933382
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0231453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7221.97245246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.834372782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.71154262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74425.5171528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.88155831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.59815152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.24974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0238513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.027323
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 739 -
Rwork0.17 22471 -
obs-22471 97.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36750.00870.16230.2124-0.05160.5064-0.06910.04470.08010.0317-0.0308-0.076-0.12660.17080.09990.0405-0.0463-0.04480.06330.04130.068539.813736.629267.5564
20.2802-0.1121-0.0040.2792-0.06940.485-0.01540.0713-0.02-0.0422-0.034-0.02560.05330.06390.04940.0208-0.0020.00590.03340.00130.016923.733116.730843.0362
30.23380.0337-0.06280.224-0.07130.2681-0.0218-0.0718-0.01210.0166-0.0084-0.0399-0.01650.0150.03020.02710.0129-0.01530.023600.01484.763617.573190.0972
40.1491-0.0197-0.05290.3055-0.1530.3289-0.0020.02090.01720.04220.01930.0426-0.0894-0.0659-0.01730.04550.0206-0.01290.0150.00020.0212-10.664637.588865.1228
50.2404-0.0179-0.01580.2297-0.02660.3231-0.0029-0.0371-0.02640.0361-0.00860.01120.0224-0.00660.01150.019-0.0086-0.01220.01170.01230.0237-30.66075.872424.0791
60.20110.00750.00340.1595-0.00320.22390.00210.03370.0025-0.0441-0.00310.0217-0.0141-0.03220.0010.02870.0031-0.02140.01950.00160.0185-28.44029.3185-10.9514
70.3211-0.0708-0.03330.30420.02040.12050.0155-0.01430.04710.007-0.01230.0865-0.0441-0.0162-0.00320.03160.0094-0.01010.0114-0.00910.0604-45.326248.612315.9139
80.2680.08430.0280.22540.08650.13660.00890.00670.0203-0.0340.013-0.0209-0.0530.0116-0.02190.0364-0.0116-0.00940.00490.00850.0358-11.344548.63574.8801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 496
2X-RAY DIFFRACTION2B-3 - 496
3X-RAY DIFFRACTION3C-6 - 496
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 496
5X-RAY DIFFRACTION5E-4 - 496
6X-RAY DIFFRACTION6F-1 - 496
7X-RAY DIFFRACTION7G-6 - 496
8X-RAY DIFFRACTION8H-3 - 496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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