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- PDB-4qto: 1.65 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde de... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qto | ||||||
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Title | 1.65 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase (betB) from Staphylococcus aureus with BME-modified Cys289 and PEG molecule in active site | ||||||
![]() | Betaine aldehyde dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / BetB / structural genomics / NAD / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Rossmann fold / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | ![]() cellular response to chemical stimulus / betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and functional analysis of betaine aldehyde dehydrogenase from Staphylococcus aureus. Authors: Halavaty, A.S. / Rich, R.L. / Chen, C. / Joo, J.C. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J.R. / Myszka, D.G. / Duban, M. / Shuvalova, L. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 705.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 525.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 548.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 101.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 154.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4neaC ![]() 4nu9C ![]() 4q92C ![]() 4qjeC ![]() 4qn2C ![]() 4mpbS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 57504.582 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: betB, SACOL2628 / Plasmid: pMCSG19 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q5HCU0, UniProt: A0A0H2X0S3*PLUS, betaine-aldehyde dehydrogenase |
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-Non-polymers , 7 types, 2682 molecules ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | ChemComp-PGE / #4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-PG4 / | #7: Chemical | ChemComp-EDO / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 3.5 Details: 7 mg/mL protein in 10 mM betaine (not observed in structure), 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM sodium chloride, 5 mM BME, crystallization: The Classics II Suite D4 (40): 0.1 M citric acid, pH ...Details: 7 mg/mL protein in 10 mM betaine (not observed in structure), 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM sodium chloride, 5 mM BME, crystallization: The Classics II Suite D4 (40): 0.1 M citric acid, pH 3.5, 25% w/v PEG3350, cryoprotectant: well solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 16, 2014 / Details: beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→30 Å / Num. all: 307248 / Num. obs: 307248 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 16.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.68 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 15078 / % possible all: 97.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4MPB Resolution: 1.65→29.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.421 / SU ML: 0.042 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.068 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.754 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→29.71 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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