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Yorodumi- PDB-4nu9: 2.30 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde de... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nu9 | ||||||
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Title | 2.30 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase (betB) from Staphylococcus aureus with BME-free Cys289 | ||||||
Components | Betaine aldehyde dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / structural genomics / NAD / Center for Structural Genomics of Infectious / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Rossmann fold / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | Function and homology information betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Stam, J. / Shuvalova, L. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2015 Title: Structural and functional analysis of betaine aldehyde dehydrogenase from Staphylococcus aureus. Authors: Halavaty, A.S. / Rich, R.L. / Chen, C. / Joo, J.C. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J.R. / Myszka, D.G. / Duban, M. / Shuvalova, L. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4nu9.cif.gz | 402.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4nu9.ent.gz | 329.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4nu9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4nu9_validation.pdf.gz | 439.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4nu9_full_validation.pdf.gz | 444 KB | Display | |
Data in XML | 4nu9_validation.xml.gz | 40.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4nu9_validation.cif.gz | 60.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/4nu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/4nu9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4neaC 4q92C 4qjeC 4qn2C 4qtoC 4mpbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 57428.457 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) Strain: COL / Gene: betB, SACOL2628 / Plasmid: pMCSG19 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21/magic References: UniProt: Q5HCU0, UniProt: A0A0H2X0S3*PLUS, betaine-aldehyde dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 7 mg/mL protein in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM sodium chloride, 0.5 mM TCEP, crystallized using the JCSG+ Suite (D6: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 20% w/v PEG8000), VAPOR ...Details: 7 mg/mL protein in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM sodium chloride, 0.5 mM TCEP, crystallized using the JCSG+ Suite (D6: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 20% w/v PEG8000), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 18, 2013 / Details: beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→30 Å / Num. all: 48647 / Num. obs: 48647 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 18.37 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 2474 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4MPB Resolution: 2.3→29.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 10.515 / SU ML: 0.134 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.218 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.281 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→29.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.362 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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