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Yorodumi- PDB-6bpg: Crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase from Pseudomo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bpg | ||||||
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Title | Crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa with bound rubidium ions | ||||||
Components | NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / CATION BINDING SITE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / BADH | ||||||
Function / homology | Function and homology information betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.086 Å | ||||||
Authors | Lopez-Orduna, E.F. / Munoz-Clares, R.A. / Gonzalez-Segura, L. | ||||||
Funding support | Mexico, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystallographic identification of monovalent cation-binding sites in two betaine aldehyde dehydrogenases Authors: Lopez-Orduna, E.F. / Munoz-Clares, R.A. / Gonzalez-Segura, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bpg.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bpg.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bpg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/6bpg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/6bpg | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2wmeS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 53390.262 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (bacteria) Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: betB, PA5373 / Plasmid: pCALbetB / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): PLYSS / References: UniProt: Q9HTJ1, betaine-aldehyde dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-RB / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.085 M HEPES PH 7.5, 8.5% (V:V) ISOPROPANOL, 17% (W:V)PEG 4000, 15% (V:V) GLYCEROL, 0.150 M RUBIDIUM CHLORIDE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.086→29.22 Å / Num. obs: 76018 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 7.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.086→3.25 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 10109 / Rpim(I) all: 0.318 / % possible all: 89.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2WME Resolution: 3.086→29.22 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.21
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.086→29.22 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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