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- PDB-4qje: 1.85 Angstrom resolution crystal structure of apo betaine aldehyd... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qje | ||||||
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Title | 1.85 Angstrom resolution crystal structure of apo betaine aldehyde dehydrogenase (betB) G234S mutant from Staphylococcus aureus (IDP00699) with BME-free sulfinic acid form of Cys289 | ||||||
![]() | (Betaine aldehyde ...) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / structural genomics / NAD / Center for Structural Genomics of Infectious / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Rossmann fold / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | ![]() cellular response to chemical stimulus / betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Chen, C. / Joo, J.C. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and functional analysis of betaine aldehyde dehydrogenase from Staphylococcus aureus. Authors: Halavaty, A.S. / Rich, R.L. / Chen, C. / Joo, J.C. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J.R. / Myszka, D.G. / Duban, M. / Shuvalova, L. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 97.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 149.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4neaC ![]() 4nu9C ![]() 4q92C ![]() 4qn2C ![]() 4qtoC ![]() 4ni4 C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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Components
-Betaine aldehyde ... , 2 types, 4 molecules ACDB
#1: Protein | Mass: 57178.156 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: G234S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: COL / Gene: betB, SACOL2628 / Plasmid: p15TV-LIC / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q5HCU0, UniProt: A0A0H2X0S3*PLUS, betaine-aldehyde dehydrogenase #2: Protein | | Mass: 57146.156 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: G234S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: COL / Gene: betB, SACOL2628 / Plasmid: p15TV-LIC / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q5HCU0, UniProt: A0A0H2X0S3*PLUS, betaine-aldehyde dehydrogenase |
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-Non-polymers , 5 types, 2492 molecules ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/B3P.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/B3P.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-B3P / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | THE PRESENCE IN THE ASYMMETRIC UNIT OF TWO PROTEINS WITH DISTINCT PATTERNS OF SIDE CHAIN ...THE PRESENCE IN THE ASYMMETRIC |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 7 mg/mL protein in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM sodium chloride, 0.5 mM TCEP, crystallization conditions: PACT Suite (C5): 0.1 M PCB buffer, pH 8.0, 25% w/v PEG1500, VAPOR DIFFUSION, ...Details: 7 mg/mL protein in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM sodium chloride, 0.5 mM TCEP, crystallization conditions: PACT Suite (C5): 0.1 M PCB buffer, pH 8.0, 25% w/v PEG1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 17, 2014 / Details: beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→30 Å / Num. all: 217702 / Num. obs: 217702 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 15.92 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 10794 / % possible all: 99.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4NI4 ![]() 4ni4 Resolution: 1.85→29.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.266 / SU ML: 0.068 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.1 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.14 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→29.83 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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