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- PDB-4cbb: APO FORM OF BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM Pseudomonas aeruginosa -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cbb | ||||||
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Title | APO FORM OF BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM Pseudomonas aeruginosa | ||||||
![]() | BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE OXIDATION | ||||||
Function / homology | ![]() 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gonzalez-Segura, L. / Diaz-Sanchez, A.G. / Munoz-Clares, R.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: The Structural Bases of the Dual Coenzyme Specificity of Betaine Aldehyde Dehydrogenase from Pseudomonas Aeruginosa Authors: Diaz-Sanchez, A.G. / Gonzalez-Segura, L. / Rodriguez-Sotres, R. / Mujica-Jimenez, C. / Munoz-Clares, R.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
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-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 251 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4cazC ![]() 2wmeS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 53259.066 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: RESIDUES 2-490 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 3715 molecules ![](data/chem/img/DTT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
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![](data/chem/img/K.gif)
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![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-DTT / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-PE4 / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-K / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.61 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.5 Details: CRYSTALS WERE GROWN IN 85 MM HEPES PH 7.5, 8.5% (V:V) ISOPROPANOL, 17% (W:V)PEG 4000, 15% (V:V) GLYCEROL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Nov 9, 2008 / Details: VERTICAL FOCUSING |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→20 Å / Num. obs: 392152 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 17.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 95.4 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2WME Resolution: 1.8→29.824 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→29.824 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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