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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ek1
タイトルCrystal structure of aldehyde dehydrogenase from brucella melitensis biovar abortus 2308
要素Aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate-semialdehyde dehydrogenase [NAD(P)+] / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Succinate semialdehyde dehydrogenase / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. ...Succinate semialdehyde dehydrogenase / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of aldehyde dehydrogenase from brucella melitensis biovar abortus 2308
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2008年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
E: Aldehyde dehydrogenase
F: Aldehyde dehydrogenase
G: Aldehyde dehydrogenase
H: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)431,23724
ポリマ－428,9078
非ポリマー2,33016
水56,6033142
1
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,61912
ポリマ－214,4534
非ポリマー1,1658
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19870 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area59290 Å2
手法PISA
2
E: Aldehyde dehydrogenase
F: Aldehyde dehydrogenase
G: Aldehyde dehydrogenase
H: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,61912
ポリマ－214,4534
非ポリマー1,1658
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19690 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area59380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.870, 93.010, 143.700
Angle α, β, γ (deg.)92.03, 107.58, 109.65
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase


分子量: 53613.355 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌)
株: BIOVAR ABORTUS 2308 / 遺伝子: gabD, BAB1_1655 / プラスミド: PET28-HISSMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2YRI3, succinate-semialdehyde dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PROPLEX-96 F9: 1.0M AMMONIUM SULPHATE, 100MM MES PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 298K, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9999 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 246609 / Num. obs: 231828 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.81 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 11.02
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 1.71 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 16866 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0046精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換, 分子置換
開始モデル: pdb entry 2opx, modified

2opx


解像度: 2.1→19.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.67 / SU ML: 0.123 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 11634 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
all0.164 246609 --
obs0.164 231826 94.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20.39 Å2-0.19 Å2
2---0.16 Å2-0.35 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28921 0 136 3142 32199
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02229561
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0219885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6271.98140130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.967348810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1153905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.53224.3531098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.935154977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6315166
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.24680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02133031
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.81.519214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2251.57953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.432230753
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.613310347
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1814.59359
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 847 -
Rwork0.221 15859 -
obs--92.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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