PDB-5f2c: Thermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp. 1860 cry...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f2c

タイトル

Thermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp. 1860 crystallized in microgravity (complex with NADP+)

要素

Aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Thermostable aldehyde dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrobaculum ferrireducens (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.898 Å

データ登録者

Petrova, T.E. / Bezsudnova, E.Y. / Boyko, K.M. / Mardanov, A.V. / Gumerov, V.M. / Ravin, N.V. / Popov, V.O.

引用

ジャーナル: Archaea / 年: 2016
タイトル: NADP-Dependent Aldehyde Dehydrogenase from ArchaeonPyrobaculum sp.1860: Structural and Functional Features.
著者: Bezsudnova, E.Y. / Petrova, T.E. / Artemova, N.V. / Boyko, K.M. / Shabalin, I.G. / Rakitina, T.V. / Polyakov, K.M. / Popov, V.O.

履歴

登録	2015年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f2c.cif.gz	821.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f2c.ent.gz	682.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f2c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f2c_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f2c_full_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示
XML形式データ	5f2c_validation.xml.gz	166.5 KB	表示
CIF形式データ	5f2c_validation.cif.gz	241.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f2c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eebC 5ek6C 5euyC 5exfC 4h73S 4nmk S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5exf-2 5euy-1 5eeb-1 5ek6-1 5exf-1 5ekc-2 4v6h-7 5ekc-1 4h73-6 5gtk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Aldehyde dehydrogenase

B: Aldehyde dehydrogenase

C: Aldehyde dehydrogenase

D: Aldehyde dehydrogenase

E: Aldehyde dehydrogenase

F: Aldehyde dehydrogenase

G: Aldehyde dehydrogenase

H: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

442 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aldehyde dehydrogenase

B: Aldehyde dehydrogenase

C: Aldehyde dehydrogenase

D: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
221 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Aldehyde dehydrogenase

F: Aldehyde dehydrogenase

G: Aldehyde dehydrogenase

H: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
221 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	185.356, 208.296, 163.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Aldehyde dehydrogenase 分子量: 54459.207 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrobaculum ferrireducens (古細菌) 遺伝子: P186_1147 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Dlt1270/prare2 / 参照: UniProt: G7VCG0
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallization details 50 mM HEPES pH 7.5; 50 mM NaCl; 100 mM Imidazole pH 6.5; 1.6M Sodium acetate trihydrate. The crystal was grown in a microgravity environment.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.898→29.145 Å / Num. all: 4133317 / Num. obs: 493450 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 1.898→1.9193 Å / % possible all: 22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4H73

4h73

解像度: 1.898→29.145 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2175	21753	5.01 %	Random selection
R_work	0.1836	-	-	-
obs	0.1854	433908	87.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.898→29.145 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30163	0	318	3184	33665

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	31811
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.023	43292
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.436	11790
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	4888
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5548

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8978-1.9193	0.2659	171	0.2418	3499	X-RAY DIFFRACTION	22
1.9193-1.9419	0.2903	309	0.2476	5941	X-RAY DIFFRACTION	38
1.9419-1.9656	0.2788	375	0.2453	6935	X-RAY DIFFRACTION	44
1.9656-1.9905	0.2704	401	0.2308	7934	X-RAY DIFFRACTION	51
1.9905-2.0166	0.284	506	0.2247	9208	X-RAY DIFFRACTION	59
2.0166-2.0443	0.2886	572	0.2323	10727	X-RAY DIFFRACTION	69
2.0443-2.0735	0.2636	626	0.2297	12335	X-RAY DIFFRACTION	79
2.0735-2.1044	0.2472	695	0.2225	13512	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1044-2.1373	0.2665	729	0.227	14343	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1373-2.1723	0.2518	850	0.2254	14818	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1723-2.2098	0.252	792	0.2251	15279	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2098-2.2499	0.2451	819	0.2163	15395	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2499-2.2932	0.269	801	0.2144	15543	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2932-2.34	0.2599	816	0.2149	15589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.3908	0.2488	820	0.2111	15521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3908-2.4464	0.2584	829	0.2119	15680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4464-2.5076	0.2541	775	0.2081	15671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5076-2.5753	0.2613	838	0.2004	15644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5753-2.651	0.2292	816	0.1956	15636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.651-2.7366	0.2359	857	0.1933	15622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7366-2.8343	0.2279	854	0.1941	15631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8343-2.9477	0.2249	832	0.1934	15651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9477-3.0817	0.2424	831	0.1976	15700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0817-3.2439	0.2303	823	0.1912	15680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2439-3.4469	0.1978	818	0.175	15682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4469-3.7125	0.2087	859	0.1683	15689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7125-4.0852	0.1785	790	0.1518	15781	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0852-4.6743	0.1658	838	0.1352	15760	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6743-5.8812	0.1766	848	0.1451	15856	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8812-29.1481	0.1786	863	0.166	15893	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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