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- PDB-4h73: Thermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp. complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h73
タイトルThermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp. complexed with NADP+
要素Aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Fold / protein / aldehyde oxidation / NADP reduction / Intracellular / cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / NICKEL (II) ION / Aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum sp. (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Petrova, T. / Shabalin, I.G. / Bezsudnova, E.Y. / Boyko, K.M. / Mardanov, A.V. / Gumerov, V.M. / Ravin, N.V. / Popov, V.O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Thermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp. complexed with NADP+
著者: Petrova, T. / Shabalin, I.G. / Bezsudnova, E.Y. / Boyko, K.M. / Mardanov, A.V. / M Gumerov, V. / Ravin, N.V. / Popov, V.O.
履歴
登録2012年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
E: Aldehyde dehydrogenase
F: Aldehyde dehydrogenase
G: Aldehyde dehydrogenase
H: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)441,87220
ポリマ－435,6748
非ポリマー6,19812
水27,1491507
1
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4685
ポリマ－108,9182
非ポリマー1,5503
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8940 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area34120 Å2
手法PISA
2
G: Aldehyde dehydrogenase
H: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4685
ポリマ－108,9182
非ポリマー1,5503
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area34220 Å2
手法PISA
3
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4685
ポリマ－108,9182
非ポリマー1,5503
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area34260 Å2
手法PISA
4
E: Aldehyde dehydrogenase
F: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4685
ポリマ－108,9182
非ポリマー1,5503
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8990 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area34300 Å2
手法PISA
5
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,93610
ポリマ－217,8374
非ポリマー3,0996
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25650 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area60320 Å2
手法PISA
6
E: Aldehyde dehydrogenase
F: Aldehyde dehydrogenase
G: Aldehyde dehydrogenase
H: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,93610
ポリマ－217,8374
非ポリマー3,0996
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25780 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area60450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.210, 183.770, 206.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase


分子量: 54459.207 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The gene P186_1147 encoding the aldehyde dehydrogenase was cloned into the expression vector pQE60 (Qiagen) at NcoI/HindIII sites. Due to introduction of the NcoI cloning site the recombinant ...詳細: The gene P186_1147 encoding the aldehyde dehydrogenase was cloned into the expression vector pQE60 (Qiagen) at NcoI/HindIII sites. Due to introduction of the NcoI cloning site the recombinant protein contains valine instead of isoleucine after the first methionine.
由来: (組換発現) Pyrobaculum sp. (古細菌) / 株: 1860 / 遺伝子: P186_1147 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DLT1270/pRARE2 / 参照: UniProt: G7VCG0
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.01 M Nickel(II) chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 1.0 M Lithium sulfate monohydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9815 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月20日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9815 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→164.21 Å / Num. all: 667272 / Num. obs: 228986 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.282 / Net I/σ(I): 8.36
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.813 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique all: 35519 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→29.625 Å / SU ML: 0.79 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2605 11476 5.01 %Random
Rwork0.2121 ---
obs0.2146 228869 94.28 %-
all-228869 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.691 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.2897 Å2-0 Å2-0 Å2
2---8.5411 Å20 Å2
3----5.7486 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.79 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30084 0 252 1507 31843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00830979
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26542052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.62111304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0954728
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.42730.39763400.34326604X-RAY DIFFRACTION87
2.4273-2.45580.38193820.32767342X-RAY DIFFRACTION96
2.4558-2.48580.36623900.31277374X-RAY DIFFRACTION96
2.4858-2.51720.36873920.30157322X-RAY DIFFRACTION96
2.5172-2.55030.3343690.27877354X-RAY DIFFRACTION97
2.5503-2.58520.32433910.27067404X-RAY DIFFRACTION97
2.5852-2.62210.33224150.26637295X-RAY DIFFRACTION96
2.6221-2.66130.32073770.25387375X-RAY DIFFRACTION96
2.6613-2.70280.32863780.27137398X-RAY DIFFRACTION96
2.7028-2.74710.31693740.25327356X-RAY DIFFRACTION96
2.7471-2.79440.32663860.25887379X-RAY DIFFRACTION96
2.7944-2.84520.29833770.24117375X-RAY DIFFRACTION96
2.8452-2.89990.28283840.23077353X-RAY DIFFRACTION96
2.8999-2.9590.29284040.23587308X-RAY DIFFRACTION96
2.959-3.02330.28873800.23277365X-RAY DIFFRACTION96
3.0233-3.09360.28673930.23357329X-RAY DIFFRACTION96
3.0936-3.17080.32224030.23187300X-RAY DIFFRACTION96
3.1708-3.25650.27084090.22727259X-RAY DIFFRACTION95
3.2565-3.35220.27193720.21377321X-RAY DIFFRACTION95
3.3522-3.46020.27514070.21277227X-RAY DIFFRACTION95
3.4602-3.58370.24864170.20637193X-RAY DIFFRACTION94
3.5837-3.72690.23563870.2027224X-RAY DIFFRACTION94
3.7269-3.89620.21633720.18867205X-RAY DIFFRACTION93
3.8962-4.10110.23493890.17737117X-RAY DIFFRACTION93
4.1011-4.35730.2153970.16257089X-RAY DIFFRACTION92
4.3573-4.69250.18863580.15027105X-RAY DIFFRACTION91
4.6925-5.16250.20523470.1597125X-RAY DIFFRACTION91
5.1625-5.90430.23123590.19227150X-RAY DIFFRACTION91
5.9043-7.41950.23243710.19227142X-RAY DIFFRACTION91
7.4195-29.62740.18733560.17737003X-RAY DIFFRACTION86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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